Когда спустя 4 месяца после своего ухода из Екатеринодара Добровольческая армия вернула столицу Кубани, то у Деникина была возможность раз и навсегда покончить с местным сепаратизмом. Для этого достаточно было посадить там своего наказного атамана. Но ни он, ни бывший тогда еще в живых генерал Алексеев не пошли на это, так как справедливо полагали, что такой шаг вызовет возмущение казаков, как рядовых, так и тех, кто находился у власти. Деникин и его окружение считали все же, что с Филимоновым сотрудничать было можно. Он не стремился к обострению отношений с командованием Добровольческой армии, мог идти на компромиссы. Однако этого нельзя было сказать о Кубанской Раде, ни об одной из ее палат, ни о Краевой, ни о Законодательной. И в той и в другой большим влиянием пользовались те политики, которые были категорически не согласны с тем, какие диктаторские полномочия присвоил себе командующий Добровольческой армии. Они настойчиво требовали от своего атамана решительных действий по созданию Юго-Восточного Союза, куда Кубань, по их планам, должна войти на федеративных началах. Добровольческое командование очень не хотело разрыва с Кубанью, так как прекрасно понимало, что это обернется огромными потерями, в том числе и в численности личного состава. К сентябрю 1918 г. в Добровольческой армии было 12 общероссийских полков, в том числе только 2 конных. Кубанских же кавалерийских полков имелось 16 и 8 пластунских батальонов. При этом практически все кубанские части были перемешаны с общероссийскими. Кроме того, часть казаков входило в состав пехотных полков, таких, к примеру, как 1 Кубанский стрелковый и Партизанский. В целом в боевом составе армии кубанцы составляли 30% личного состава, а в офицерских частях их было еще больше — 60—65%. Несложный анализ показывает, настолько бы поредели «добровольческие» части без кубанцев особенности конница. Правда, и Кубанской армии, в случае получения ею самостоятельности, тоже пришлось бы нелегко. Она теряла при этом Генеральный штаб, технические части и большинство артиллерии. Ее пластунские батальоны покинули бы почти все офицеры — не казаки. Сам атаман Филимонов говорил в это время: «Мы так срослись с Добровольческой армией, что каждое расхождение кровоточит».
Нужно иметь в виду также, что Кубань, по сути дела, кормила Добровольческую армию, так как располагала огромными возможностями для снабжения войск продовольствием. Даже после всех реквизиций, которые провели большевики во время пребывания там у власти, к весне 1919 г. в ее закромах еще оставалось 30 млн пудов хлеба от 4-х последних урожаев. В достаточном количестве имелось также растительных масел и табака, которые можно было использовать для товарообмена.
Учитывая это, Кубанское правительство в конце августа 1918 г. издало распоряжение, по которому закрывались все границы области для вывоза сырья и продовольствия. В результате нарушилась установившаяся система снабжения тех частей Добровольческой армии, которые находились за границами Кубани. Но правительство сделало еще один шаг, ведущий к углублению раскола, — 13 сентября оно подчинило себе железные дороги, проходившие по территории края. В итоге из Новороссийска, например, в Ростов через станцию Торговая поезда проходили по территории трех суверенных государств с донскими и кубанскими таможнями. И это в то время, когда фронту было крайне необходимо оперативное снабжение оружием, боеприпасами и продовольствием.
Как уже говорилось, средоточием сепаратистских настроений в Екатеринодаре была Рада, обе ее палаты. В пылу политической борьбы каждая из них, в свою очередь, тоже разделилась на два непримиримых лагеря — «линейцев» и «черноморцев». «Линейцы» — это потомки выселенных некогда с Дона казаков и дополнявших их в разные периоды выходцев из крестьян центральных губерний и Ставрополья. Они располагались по линии специально сооружаемых укреплений для несения кордонной службы в предгорьях Северного Кавказа. Расположение линий периодически менялось, продвигаясь все ближе к горам. В описываемый период слово «линеец» стало синонимом либерала, русского центриста. Политическим центром «линейцев» был г. Армавир. В Раде они были в меньшинстве, в оппозиции и интеллектуально слабее. Их считали друзьями Добровольческой армии, и они концентрировались вокруг атамана — генерала Филимонова.
«Черноморцы» — это потомки запорожцев, переселившихся на Кубань во времена Екатерины II. Они населяли северо-западную часть Кубанского края. Слово «черноморец» во время Гражданской войны стало синонимом украинофила, сепаратиста и даже социалиста. «Черноморцы» объединялись вокруг председателя правительства Л.Л. Быча и председателя Законодательной Рады Н.С. Рябовола. Причем именно последний давал импульс всем сепаратистским настроениям, очевидно, за это он и поплатился жизнью. Во время конференции по поводу создания Юго-Восточного союза в г. Ростове 27 июня 1919 г. он был убит. Убийцу тогда не нашли, но в Екатеринодаре не сомневались, что в роли заказчика убийства выступило руководство ВСЮР.
После того как Добровольческая армия и воевавшие в ее рядах кубанские казаки взяли Екатеринодар, Деникину дали недвусмысленно понять, — кто на Кубани хозяин. В городе сразу же были расклеены листовки, подписанные генералом П.А. Букретовым. Они начинались словами: «Долгожданные хозяева Кубани, казаки и с ними часть иногородних, неся с собою справедливость и свободу, прибыли в столицу Кубани». Деникин писал по этому поводу с горечью: «Так Добровольческая армия с легкой руки Букретова стала частью иногородцев».
Генерал Букретов сыграл пусть не всегда позитивную, но заметную роль в кубанской истории времен Гражданской войны. Когда 14 марта 1918 г. войска Юго-Восточной армии красных заняли Екатеринодар, бывший тогда членом Кубанской Рады генерал Букретов не покинул город, по некоторым данным он пытался приспособиться к новому режиму и занялся производством молокопродуктов. После того как Добровольческая армия вернула кубанскую столицу, Букретов представился ее руководству как организатор некой тайной военной организации, работавшей подпольно в городе при красных, и попросился к Деникину на службу. Однако сепаратистские «заслуги» генерала были хорошо известны командованию «добровольцев», и от его услуг категорически отказались. Но к Букретову очень благоволил Председатель кубанского правительства Л.Л. Быч, и назначил его ответственным за заготовки продовольствия. На этом посту Букретов вскоре был замечен во взяточничестве, но за свою последовательную «антидобровольческую» политику избежал наказания, а впоследствии, в мае 1920 г., даже стал Войсковым атаманом, сменив Филимонова.
Неурегулированность отношений между «добровольческим» командованием и руководством Кубанской Рады стала все более негативно сказываться на положении в Кавказской армии, почти полностью состоявшей тогда из кубанских казаков. Как писал К.Н. Соколов, бывший управляющий Отделом законов деникинского правительства: «...постепенно разлагающая работа «самостийников» стала сказываться на фронте. Осенью (1919г. — Н.К.) командный состав Кавказской армии, осаждавшей Царицын, горько жаловался на то, что в результате екатеринодарского «политикантства» Кубань «забыла» армию и не шлет ей ни пополнений, ни продовольствия. Действительно, ряды армии редели, станицы кишели дезертирами». Тот же Соколов подчеркивал, что редкое пополнение, если изредка и прибывало на фронт, то было уже разложено сепаратистскими настроениями.
