После завершения второй модернизации "Конго" принимал участие в многочисленных маневрах объединенного флота в составе соединения линкоров, в который входили однотипные корабли.
Конец 30-х годов характеризовался значительным ростом международной напряженности, поэтому на "Конго" время от времени велись частичные доработки в преддверии предстоящих морских баталий. В 1939 году пост управления системы ПВО был перенесен на верхушку фок-мачты.
В начале 1941 года провели усиление бронирования барбетов башен. Усилие бронирования проводилось на уровне палубы батареи. Конкретные работы и новая толщина бронирования точно не известны. Достоверно только, что вес брони на корабле увеличился на 419 тонн и достиг 10732 тонны. Одновременно в самих башнях установили оборудование экстренного пожаротушения. Осенью того же года провели размагничивание корпуса "Конго". Несмотря на то, что защита корабля и модернизировалась с целью противостоять попаданиям 356-мм снарядов на дистанциях от 20000 до 25000 метров, следует признать, что такое бронирование оказалось явно недостаточным. Особенно это касалось вертикального бронирования, которое было слабейшим местом "Конго", поскольку подвергалось наименьшим переделкам с момента вступления корабля в строй.
В итоге японцы сделали весьма нелицеприятный для себя вывод: бронирование "Конго" может быть пробитым снарядами американских линкоров практически с любой дистанции. Такое заключение полностью подтвердилось в ноябре 1942 года во время одного из боев у Гуадалканала, когда однотипный с "Конго" линейный корабль "Киришима" был потоплен огнем американских линейных кораблей "Вашингтон" и "Саут Дакота", несших 406-мм орудия.
В годы войны
С вступлением Японии в войну в декабре 1941 года четыре быстроходных линкора типа "Конго" оказались весьма нужными для флота кораблями. В то время как другие линкоры объединенного флота тщетно ожидали во Внутреннем море момента, когда же можно будет вступать в решающее сражение с американским противником (а шанс этот так и не представится), "Конго" и его собратья выполняли самые разнообразные боевые задания.
Именно эти четыре линкора принимали самое активное участие в боевых действиях не только в начальном периоде войны, но и в течение всех четырех лет боевых действий. В конечном итоге они стали главными "рабочими лошадками" среди линейного флота японской империи. Имея подавляющее преимущество в скоростных качествах, благодаря отличной мобильности, они, образно говоря, на всех парах проносились на запад, юг и восток, выполняя многочисленные задания командования. И можно лишь с небольшим преувеличением сказать, что не будь в составе японского флота этих кораблей, и без того неважные дела обстояли бы еще хуже.
В начале войны "Киришима" и "Хией" приняли участие в самой первой и самой знаменитой операции японского флота – нападении на Перл-Хабор. В то же время "Конго" и "Харуна" были переброшены в Южно-Китайское море и стали единственными линкорами в составе южных морских сил вторжения. Их главной задачей было осуществление поддержки японских экспедиционных сил при высадке в Малайе – одной из основных целей Японии в войне.
Получив известие о том, что в Сингапур прибыли английские линкор "Принс оф Уэльс" и линейный крейсер "Рипалс", японцы поставили перед собой задачу: разыскать противника и навязать им артиллерийский поединок и тем самым устранить возможную помеху задуманным планам, ибо в противном случае реальность высадки войск, а значит и вся цель командования в этой военной кампании была бы под большой угрозой. Однако мощные корабли англичан, не получив соответствующей воздушной поддержки, были потоплены японской морской авиацией берегового базирования.
В последующий период корабли типа "Конго" участвовали в стремительной операции по высадке десантов на британское Борнео и в Голландской восточной Индии. В конце февраля-начале марта 1942 года линкоры действовали совместно с авианосцами для прикрытия высадки десанта на юге острова Ява. Во время этой операции "Конго" сделал свои первые выстрелы в этой войне, уничтожая артиллерийским огнем береговые объекты союзников на острове Рождества в Индийском океане.
1 марта 1942 года однотипные "Хией" и "Киришима" в стычке с британскими эскадренными миноносцами показали весьма печальные результаты в артиллерийской стрельбе. Открыв огонь из своих 356-мм орудий, они выпустили по противнику соответственно 210 и 87 снарядов, но не добились ни одного попадания. Этот инцидент вызвал серьезные размышления среди артиллерийских специалистов по поводу эффективности стрельбы из орудий главного калибра.
В конце марта вся четверка кораблей типа "Конго" покинула бухту Стерлинг на острове Целебес и в составе оперативного авианосного соединения начала новую операцию в Индийском океане, в ходе которой был совершен рейд на Коломбо и Тринкомали на острове Цейлон и были потоплены британские авианосец "Гермес" и два тяжелых крейсера "Корнуолл" и "Дорсетшир". После завершения операции линкоры вернулись в Японию.
В боевом строю
После небольшой передышки все четыре корабля типа "Конго" в составе объединенного флота приняли участие в операции по захвату атолла Мидуэй в 1942 году. "Конго" и "Харуна" вошли в состав главных сил вторжения, а "Хией" и "Киришима" – в состав оперативного авианосного соединения. Однако военное счастье отвернулись от японцев: авианосное соединение попало под удар авиации американского флота, и в результате четыре лучших японских авианосца были потоплены бомбами американских палубных самолетов. Для линкоров типа "Конго" все обошлось благополучно: они избежали повреждений и вернулись в Метрополию.
Поражение у Мидуэя изменило ход войны в неблагоприятную для японцев сторону. Императорский флот, имевший до этого инициативу, отказался от наступательных действий и перешел к обороне. Неожиданная высадка американских войск на Гуадалканале запоздало подключила к ведению боевых действий японскую армию. Командование не колеблясь бросило в бой крупные силы авиации, армии и флота: бои за остров шли днем и ночью – ожесточенное сражение развернулось на суше, в воздухе и на море.
Линкоры типа "Конго" также приняли участие в боях, развернувшихся вокруг "кровавого острова", их действия в водах Гуадалканала можно отметить как наиболее активные для кораблей этого класса. Попытки японцев усилить оборону острова путем доставки войсковых подразделений морем были по сути дела сведены на нет американской авиацией, потому командование флотом приняло решение хотя бы на время вывести из строя взлетно-посадочные полосы противника. Для достижения этой цели японский флот решил использовать 356-мм орудия быстроходных линкоров типа "Конго". Они должны были обстрелять главным калибром аэродром Гандерсон ночью, а затем на высокой скорости выйти из зоны действий американской авиации, прежде чем последняя успеет атаковать. В условиях господства неприятеля в воздухе операция представлялась весьма рискованной – рискованной еще и потому, что линкорам предстояло действовать в одиночку, без собственного воздушного прикрытия.