Вскоре личный состав флота убедился, что адмирал Чухнин стремится развивать в офицерах и нижних чинах личную инициативу и распорядительность. Став главным командиром флота на пороге революционных волнений, обладая твердым характером и сильной волей, адмирал стремился поддерживать на флоте порядок и дисциплину, но остановить надвигающийся вал революционных событий он уже не смог. Черноморский флот непосредственно участия в шедшей на востоке войне не принимал, но постоянно питал своим кадровым составом, уходящие на Дальний Восток балтийские эскадры. Некомплект команды на кораблях пополнялся запасными и новобранцами, что резко снизило уровень боевой готовности флота и способствовало быстрому распространению революционных идей. Выводя в море Практическую эскадру, Г. П. Чухнин за три недели плавания убеждается в плохой подготовке всего личного состава.
Эпизоды, с которыми ему пришлось столкнуться, совершенно не укладывались в элементарные понятия о службе: «Во время ночной тревоги по сигналу личный состав на флагманском корабле не высказал подготовленности; нижние чины, были не в духе, что их беспокоили, были апатичны и даже не все были на своих местах; правда, была дурная погода, ветрено и мокро; видимо, они к таким тревогам не приучены. Суда управлялись и маневрировали неудовлетворительно, вахтенные офицеры и сигнальщики часто неправильно понимали смысл флажных сигналов».
С присущей ему решительностью он начал ломать сложившуюся годами на флоте систему несения службы, обучения и воспитания личного состава, встречая на каждом шагу непонимание и даже сопротивление со стороны офицеров и глухой ропот, и недовольство матросов. Одновременно Г. П. Чухнин принимал неотложные меры по скорейшему вводу в строй строившихся в Севастополе и Николаеве новых кораблей – броненосца «Князь Потемкин Таврический» и крейсеров «Очаков» и «Кагул» для усиления 2-й Тихоокеанской эскадры. На Дальнем Востоке Россия терпела одно поражение за другим и на суше, и на море. В стране назревала революционная ситуация. Чтобы не допустить возможных совместных выступлений моряков и рабочих Севастополя, вице-адмирал Г. П. Чухнин 1 ноября 1904 года издал приказ, запрещавший увольнения в город, однако это распоряжение получили не все экипажи, из-за этого началось массовое неповиновение, выразившееся возмущением матросов и бунтом в казармах Черноморской флотской дивизии 3 ноября 1904 года.
Реакция адмирала была мгновенной: 4 ноября были арестованы несколько сотен матросов, из них 35 предстали перед военным судом. До осени 1905 года вице-адмиралу Григорию Чухнину удавалось контролировать ситуацию на Черноморском флоте. Где всяческими уговорами, где силой ему удавалось сдерживать натиск революционного движения. Но, уже осенью 1905 года началось Севастопольское восстание. Ситуация для Григория Павловича была крайне беспокойная, революционно настроенные матросы парализовали целые корабли. Но, не боясь возможных покушений, Чухнин объезжает корабли. Изумленные сказанными речами матросы, провожали Григория Павловича под крики «Ура!».
1905-й год начался кровавым воскресеньем в Санкт-Петербурге, массовыми забастовками и стачками в крупных промышленных центрах и поражением русских войск в Мукденском сражении. В стране началась первая русская революция 1905–1907 гг.
В июне 1905 года на Черноморском флоте вспыхнуло вооруженное восстание на броненосце «Потемкин». Г. П. Чухнин с данными ему императором полномочиями «примерно наказать бунтовщиков» принял чрезвычайные меры и не допустил распространения восстания на другие корабли флота. Виновные были жестоко наказаны: руководители восстания расстреляны, сотни матросов пошли под суд, были сняты с постов и должностей старшие офицеры вплоть до флагманов.
Мало кто на флоте считал бунт матросов организованным выступлением. Г. П. Чухнин, располагая большей информацией, не питал иллюзий в отношении его инициаторов. В телеграмме управляющему Морским министерством от 6 ноября он сообщил: «Из предварительного дознания выясняется, что беспорядки в казармах имеют серьезный характер. Были подготовлены. Принимало участие несколько тысяч. Можно опасаться при подстрекательстве революционной партии повторения в худшем виде». Адмирал оказался прав, и летом и осенью 1905 года произошла серия мощных вооруженных выступлений матросов Черноморского флота.
Восстание на броненосце «Князь Потемкин Таврический» (14–24 июня 1905 года) застало командующего флотом в Петербурге, куда Чухнин убыл на обсуждение новой судостроительной программы. Экстренно вернувшись в Севастополь, он начал принимать все меры для поиска и захвата мятежного броненосца, отстранив от командования старшего флагмана Практической эскадрой вице-адмирала Кригера, упустившего «Потемкина» около Одессы. Под своим началом Г. П. Чухнин вновь вывел эскадру в море для решительного поиска восставших, однако «Потемкин» к этому времени уже прибыл для интернирования в Констанцу. Никакого, даже отдаленного сочувствия к командам, поднявшим красный флаг, Чухнин не испытывал. Отсюда быстрые и решительные действия по подавлению матросских выступлений.
Царский манифест «О свободах» 17 октября 1905 года и Всероссийская политическая стачка, прокатившаяся по всей стране, не обошли стороной и Севастополь.
Из воспоминаний современников об отношениях Григория Павловича Чухнина и П. Шмидта:
«… На Тихоокеанской эскадре П. Шмидт попал под покровительство контр-адмирала Г. П. Чухнина, бывшего сослуживца его дяди. Служба у мичмана и здесь не заладилась. Он кочевал с корабля на корабль, везде отвергаемый офицерскими коллективами. Только благодаря заботам Г. П. Чухнина он удерживался на службе и даже получил чин лейтенанта. Но, после очередного нервного припадка, когда лейтенанта Шмидта пришлось поместить в клинику, последовало его увольнение…
…Поддержка дяди, ставшего к этому времени сенатором, помогла Шмидту во время стоянки в Суэце эскадры Рожественского списаться с корабля по болезни и вернуться в Россию, где он получил назначение на Черноморский флот. Подобного «подарка» командующий флотом вице-адмирал Чухнин не ожидал. Как и когда-то на Тихом океане ему предстояло заниматься судьбой болезненного и неуживчивого офицера. Чухнин находит выход из положения, назначив Шмидта командиром отряда из двух устаревших миноносцев, базирующихся в Измаиле. Место тихое, должность необременительная, но самостоятельная, так что можно спокойно дожидаться конца войны. Но, Шмидту в Измаиле не сидится, он похищает отрядную кассу, в которой всего-то 2,5 тысячи золотых рублей, и отправляется «путешествовать» по югу России…
…Командующий Черноморским флотом адмирал Чухнин попытался разрешить ситуацию миром и даже послал по требованию Шмидта на «Очаков» для переговоров бывших однокашников лейтенанта по корпусу. Прибывших на корабль офицеров восставшие матросы взяли в заложники, а Шмидт пообещал вешать их на реях, если по кораблю откроют огонь. Чтобы обострить обстановку, Шмидт попытался взорвать транспорт «Буг», загруженный морскими минами. Возможных последствий этого он, видимо, не представлял. А пострадать могли не только корабли, находящиеся в бухте, включая и сам «Очаков», но и часть города. К счастью, команда «Буга» успела затопить свой корабль. Тогда Шмидт направил миноносец в атаку на корабли эскадры. Миноносец сразу же потопили залпом корабельных орудий. После этого вести переговоры с восставшими было бессмысленно, и Чухнин приказал открыть огонь шрапнелью по крейсеру. С крейсера в ответ успели сделать шесть безрезультатных выстрелов и прекратили сопротивление. Но, огнем с «Очакова» руководил уже не Шмидт. При первых выстрелах по крейсеру он перешел на стоящий у борта «Очакова» миноносец и попытался уйти в Турцию. Миноносец был подбит и захвачен. Находившегося на нем Шмидта, успевшего переодеться в матросскую робу, арестовали…».
