Герцог Карел умер в 1538 году, не оставив наследника. Его преемником в качестве герцога Гелдерланда стал Йохан III, а чуть позже, в 1539 году — Вильгельм фон дер Марк, герцог Клевский. Герцог Вильгельм был последним князем, который противился объединению Нидерландов под Габсбургами. Стратегически позиция Карла V на севере в 1539 г. была значительно устойчивее, чем в начале его правления. С другой стороны, Вильгельм в некотором отношении представлял большую угрозу господству Габсбургов, чем герцог Карел. Объединив Гелдерланд с владениями Клеве, Марк, Берг и Юлих, он обладал сравнительно большой территорией на границе Нидерландов и Германии. Кроме того, новый герцог принял лютеранство в 1541 году, так что под его покровительством оно стало стремительно развиваться в Гелдерланде, а также в соседних немецких герцогствах. Было неудивительно, что учитывая это, а также альянсы герцога с немецким протестантским Шмалькальденским союзом[28], Францией и Данией, Карл сделал вывод, что независимость Гелдерланда стала слишком опасной. В 1542 году прошли последние рейды гелдерландцев под руководством Мартена ван Россума на габсбургскую территорию, во время которых был ненадолго захвачен Амерсфорт. Уже в следующем году император со своей немецкой армией прошел вниз по Рейну от Бонна, разгромил противника и по договору в Венло от сентября 1543 года получил признание своего суверенитета над Гелдерландом[29].
Процесс объединения практически завершился, последним штрихом в 1548 году стало обнародование Генеральными Штатами и Рейхстагом Священной Римской империи так называемой Прагматической санкции, в которой Габсбургские Нидерланды признавались как отдельная и неделимая общность, а также был заложен принцип, согласно которому власть над всеми Габсбургскими Нидерландами будет переходить к наследнику императора, от него к его наследниками, и так до бесконечности. Этот документ также имел целью определить будущие отношения между Нидерландами и всей остальной Священной Римской империей. Статьи Прагматической санкции были затем скреплены подписями, и в течение 1549 года все провинциальные ассамблеи и высшие суды всех семнадцати провинций присягнули в верности ей.
Объединение, завершившееся в 1548 году, повлекло за собой значительные изменения в политической, экономической и культурной жизни Нидерландов. Наиболее важным стало окончание политической нестабильности и эндемических беспорядков, граничащих с беззаконием, выпавших на долю северо-восточных провинций в течение столетий. Старая вражда фракций — фризских схирингеров и веткоперов, и их эквивалентов в других провинциях — прекратилась в середине шестнадцатого века. Гелдерланд последним, но достаточно быстро, в 1540-х и 1550-х годах, перешел от печально известной и опасной территории, где дворяне решали свои споры мечом, к «земле правосудия», где споры решались в судебном порядке. В то же время, пограничные районы, как, например, Тил или Залтбоммел на западе Гелдерланда, разоряемые войнами с 1490-х гг., начали восстанавливаться. Голландия получила множество преимуществ, включая повышение уровня безопасности, отсутствие препятствий торговле вдоль рек, а также улучшенное управление плотинами и шлюзами вдоль границы с Утрехтом.
Хотя Карл не отрицал особую роль Голландии в усмирении и удержании провинций, его главной целью при реорганизации северных Нидерландов после 1522–1523 годов было привязывание новых регионов к Брюсселю, а не к Гааге, чтобы создать более интегрированное государство в Габсбургских Нидерландах. Провинциальные Штаты Фрисландии не смогли удержать право назначать местных магистратов (гритманов). С 1523 года это полномочие принадлежало брюссельскому регенту, совместно со штатгальтером и судом (Хофом) Фрисландии. Назначая штатгальтера, гритманов, главных городских магистратов и судей нового Хофа, созданного в окончательном виде в 1527 году, император имел гораздо больше рычагов влияния и возможностей для патронажа в провинции Фрисландии, чем какой бы то ни было прежний режим. Кроме того, даже после присоединения Гронингена в 1536 году император оставил три гарнизона в цитаделях в Леувардене, Харлингене и Ставорене.
С самого начала Гронинген представлял административную проблему, поскольку он состоял из двух отдельных частей, которые постоянно враждовали друг с другом, — сам город с завоеванными еще в 15 веке округами Горехт и Олдамбт и Оммеланды. Оммеланды имели свою ассамблею и в свою очередь делился на три «четверти» — Хюнсинго, Фивелинго и Вестерквартир (см. карту 8), — каждая из которых также имела свою ассамблею. И хотя раньше город был настроен против Габсбургов больше, чем Оммеланды, после 1536 года габсбургское правительство пыталось контролировать провинцию путем поддержки претензий города. Так, Император подтвердил юрисдикцию Гронингена в округах Горехта и Олдамбта, оспариваемую Оммеландами, а также поддержал широчайшие штапельные права этого города так, что большая часть экономической активности, включая пивоварение и торговлю частью сельскохозяйственной продукции, была разрешена в городе и запрещена в Оммеландах. В то же время Габсбургское правительство подтвердило контроль ведущих оммеландских йонкерских семей над сельскими магистратурами и местными учреждениями Оммеландов. Отношения между городом и Оммеландами оставались неразрешимой проблемой, и в этом регионе власть Габсбургов была слабее, чем в остальных провинциях вплоть до 1572 года. Затруднения центрального правительства было усугублены судебными разбирательствами, инициированных оммеландцами в 1561 году перед судами Брюсселя и Мехелена, наняв в качестве представителя известного фризского юриста Аггея де Альбаду. Судебная канитель так и оставалась неразрешенной, когда в 1560-х годах беспорядки наводнили Габсбургские Нидерланды.
В Оверэйсселе Габсбургское правительство едва ли добилось большего. Три главных города — Девентер, Зволле и Кампен — гордились своими связями с Ганзейским союзом и Рейхстагом, и в 1528 году они попытались (без успеха) подчинить Оверэйссел Карлу как императору Священной Римской империи, а не как графу Фландрии и Голландии и герцогу Брабанта. В отличие от Фрисландии и Гелдерланда, именно города, а не дворянство, играли решающую роль в политической жизни. Но их целью всегда была максимизация своей автономии, а не власти провинциальных Штатов. Карл и его советники одновременно с этим боролись за усиление провинциального правительства и ослабление власти городов, делая при этом административные институты провинции более зависимыми от центрального правительства. Ключевым изменением стало лишение провинциальных Штатов их функций высшего провинциального суда и создание отдельного Хофа по аналогии с Фрисландией и Утрехтом. Новый Хоф Оверэйссела, распространявший свои полномочия также на Дренте и Линген, и в теории, как и Хоф Утрехта, подчинявшийся Большому совету в Мехелене, был учрежден в Зволле в 1553 году. Но Штаты стали настолько труднопреодолимой преградой, что суд едва начал свою работу только в 1566 году.
