С 29 мая по 14 июня 1942 г. "Хьюга" принимал участие в операции "MI", захвате Мидуэя и Алеутских островов. 2-я дивизия линкоров прикрывала высадку на Алеутские острова, но операцию быстро прервали после разгрома авианосного соединения.
В июле командование приняло решение, чтобы хоть как-то восполнить потери авианосцев, перестроить в них оба линкора типа "Исе". Но этот план требовал слишком много времени и для военных условий был слишком сложным, отчего пришлось ограничиться перестройкой кораблей в линкоро-авианосцы. 14 июля "Хыогу" исключили из списков 2-й дивизии и передали в непосредственное подчинение командующего Объединенным флотом. Вторая половина 1942 года прошла для корабля спокойно. С 26 октября по 1 ноября линкор прошел докование в Куре. 10 декабря командира "Хьюги" капитана 1 ранга Матсуда назначили командиром суперлинкора "Ямато".
До 30 июня 1943 года "Хьюга" простоял на рейде Хасирадзимы в полной боевой готовности, изредка выходя в море на учения и стрельбы. В апреле 1943 года с линкора сняли 140-мм казематные орудия. 28-29 апреля состоялся переход из Куре в Сасебо. По прибытии линкор становится к стенке военно-морской верфи, при этом он был выведен в резерв самой низшей 4-й категории. На корабле началось переоборудование. 1 июля командиром корабля назначается капитан 1 ранга А. Тсутай, при этом он командует еще одним кораблем и занимает высокий пост в портовой иерархии.
Корпус линкора "Хьюга" на стапеле. Конец 1916 г. (вверху) "Хьюга" в конце 1930-х гг. (в центре) и в годы Второй мировой войны
Тем временем "Хьюгу" поставили в док, где с него сняли 6-ю башню главного калибра и начали сооружение полетной палубы. 1 сентября командиром линкора назначили капитана 1 ранга Накагава. 1 ноября корабль вывели из дока, к 18 ноября работы были завершены, и начались испытания. Они заняли менее двух недель. По их завершении, 30 ноября "Хьюга" был зачислен в состав 2-й дивизии линейных кораблей 2-го флота. Началась планомерная боевая подготовка, правда, в основном на якоре, в империи начался топливный кризис. 5 декабря пслучивший звание контр-адмирала Накагава отбыл к новому месту службы, позднее он погибнет на Сайпане. Его преемником стал капитан 1 ранга Томекеша.
С декабря 1943 года по июнь 1944 года корабль занимался боевой подготовкой и временами привлекался к выполнению обязанностей учебного корабля. На "Хьюге" в этот период было усилено зенитное вооружение, появились новые 127-мм орудия и 25-мм зенитные автоматы. Так, в июле 1944 года линкор-авианосец нес 104 25-мм автомата.
25 февраля 1944 года была проведена очередная реорганизация императорского флота. 2-ю дивизию линейных кораблей передали из состава 2-го флота в непосредственное подчинение командующему Объединенным флотом. 1 мая 1944 года из линкоро-авианосцев типа "Исе" была сформирована 4-я дивизия авианосцев Третьего флота. К ней была приписана 634-я авиагруппа. Командиром вновь сформированной дивизии назначили контр-адмирала Мутсуда.
В конце мая "Хьюга" проходит докование в Куре. Помимо работ по корпусу, было выполнено усиление зенитного и радиоэлектронного вооружения. На "Хьюге" появились радиолокационные станции "Тип 22", вероятно, в это время на борту корабля установили радары "Тип 13" и станцию радиоразведки "Е 27".
В конце июня началась боевая подготовка палубной авиагруппы. 25 июня "Хыога" становится флагманом 4-й дивизии авианосцев. 10 июля соединение пополнилось авианосцем "Дзунье", а через месяц авианосцем "Рюхо".
В сентябре 1944 года на борту "Исе" появилось новое вооружение 6 127-мм пусковых ракетных установок. До начала октября боевая подготовка происходила в основном на якоре, выходы в море были редки. 5 октября "Хьюга" вошел в состав соединения адмирала Одзавы. 20 октября оно выходит в море в рамках оперативного плана "Сё 1", на эту авианосную эскадру без самолетов были возложены функции приманки. По мнению японских адмиралов, судьба этого решающего сражения должна будет решена в артиллерийском бою.
Линейный корабль "Хьюга". 1936 г. (Наружный вид и вид сверху)
Линкор "Хьюга" после переоборудования в линкор-авианосец.
20 октября при выходе в море, в проливе Бунго была зафиксирована работа американских лодочных радиолокаторов. 21 октября группа радиоразведки "Хьюги" вновь перехватила вражеские радиопереговоры. Во время пополнения запасов топлива сигнальщики обнаружили следы торпед, но все они прошли мимо.
24 октября линкоро-авианосцы находились в авангарде, на случай появления вражеских артиллерийских кораблей, когда эскадра была обнаружена американской авиаразведкой.
25 октября Одзава разделил своё соединение на две группы, "Хьюга" вместе с авианосцами "Читозе" и "Чийода", легким крейсером "Исудзу", эсминцем и тремя эскортными миноносцами вошел в состав 6-й группы. Весь этот день соединение атаковала американская палубная авиация. "Хьюга" вел огонь по самолетам из всех орудий, включая и главный калибр. Прямых попаданий в "Хьюга" не было — он смог защитить себя, но не авианосцы, которые не пережили этот день. Соединение адмирала Одзавы сыграло свою роль, потеряв большую часть своих кораблей.
Следующий день 26 октября прошло спокойно.
27 октября остатки флота прибыли в Амами- Ошима и флаг Одзавы был поднят на "Хьюге". После пополнения запасов топлива 29 октября эскадра вышла в море и взяла курс на метрополию. Американские подводные лодки несколько раз обнаруживали соединение, выходили в атаку, но ни одна из торпед цель не поразила. 29 октября корабли прибыли в Куре и в начале ноября совершили переход в Сасебо, где адмирал Одзава покинул корабль. 7 ноября с линкора сняли две катапульты для увеличения углов обстрела 3-й башни. С этого дня на "Исе" и "Хьюгу" было возложено выполнение роли быстроходных транспортов, и на них приняли грузы и войска для гарнизона Манилы.
11 ноября оба линкора выходят в море, в охранении 1 эсминца и 3 эскортных миноносцев. Когда "Исе" и "Хыога" со "свитой" подходили к Филиппинам, их направили в бухту Спретли, так как Манилу каждый день бомбила американская авиация. 15 ноября из состава 4-й дивизии были исключены "Рюхо" и "Дзунье". 16 ноября линкоры прибыли в пункт назначения, и началась выгрузка войск и техники. Затем 20 ноября линкоры, стоявшие в Спретли, передали в состав соединения адмирала Т. Куриты.
