1941 год прошел под знаком подготовки к войне.
7 декабря 1941 года "Исе" встретил в составе 2-й дивизии линейных кораблей Первого флота. Он вместе с остальными кораблями своего соединения находился на рейде Хасирадзимы. Но после получения информации об успехе нападения на Перл Харбор выходит в море, чтобы прикрыть возвращение авианосного соединения адмирала Нагумо. 13 декабря происходит торжественное возвращение соединения на базу.
В начале 1942 г. "Исе" стоит на рейде в полной боевой готовности, изредка выходя в море на учения и стрельбы. 5 марта 1942 года американские авианосцы адмирала Хэлси атаковали объекты на атолле Маркус. Из лагуны Трука на перехват вышли японские авианосцы, которые должны были перехватить их, если они продолжат движение к японскому побережью. 11 марта на поиск вражеских кораблей выходят "Исе" и "Хьюга", на следующий день они встречаются с крейсерами "Тама", "Кисо" и эсминцами охранения. Поиск оказался безрезультатным. 16 марта японские корабли прибыли в бухту Исе. 20-24 марта состоялся переход Исе-Хасирадзима.
18 апреля стартовавшие с авианосца "Хорнет" (CV 8) армейские бомбардировщики сбросили бомбы на Токио и еще несколько японских городов. С рейда Хасирадзимы в море вышли все линкоры 2-й дивизии, сопровождаемые 10 эсминцами. Поиск оказался безрезультатным, вражеские корабли не были обнаружены. Единственной их добычей стало советское торговое судно "Ангарстрой".
24 апреля "Исе" прибыл в Хасирадзиму.
5 мая 1942 года линкоры 2-й дивизии, а также "Нагато" и "Мутсу" вышли в море, на очередные стрельбы. Они были завершены раньше запланированного времени, после затяжного выстрела в башне линкора "Хьюга". Он, сопровождаемый линкором "Фусо", пошел в Куре на ремонт, остальные корабли вернулись на базу. 11 мая на "Исе" обнаружилась неисправность клапанов турбин во 2-м машинном отделении, и линкор пошел в Куре на ремонт. Во время ремонтных работ на корабле установили радиолокационную станцию "Тип 21" обнаружения морских и воздушных целей. 25 мая работы были завершены, в этот же день провели ходовые испытания и пробу нового оборудования.
К сожалению, единственный корабль императорского флота, имевший радиолокатор, был включен в группировку, действовавшую на второстепенном направлении, но не был зачислен в состав авианосного соединения. Вероятно, наличие "Исе" позволило бы обнаружить вражеские пикировщики гораздо раньше, что могло значительно изменить ход сражения при атолле Мидуэй. Но линкор в составе своей 2-й дивизии был отправлен прикрывать высадку на Алеутских островах.
Операция по вторжению на Мидуэй и Алеуты получила кодовое обозначение "MI" и была проведена с 29 мая по 5 июня и закончилась после полного разгрома авианосного соединения адмирала Нагумо. "Исе" контактов с врагом не имел. В начале июня линкор вернулся на базу. 17 июня была проведена серия испытаний радиолокационной станции, результаты которой оказались удовлетворительными. 22-24 июня состоялся межбазовый переход Куре-Хасирадзима. По прибытии на рейд линкор был оставлен в состоянии готовности к немедленному выходу в море.
Тем временем в Токио, в стенах морского министерства, а точнее, отдела Морской авиации, решалась его судьба. Из этого отдела "наверх" ушло предложение перестроить "Исе" в авианосец, могущий принять на борт 54 самолета. Это позволило бы хоть как-то восполнить потери, понесенные в сражении у Мидуэя. Но это предложение не прошло, было принято компромиссное решение переоборудовать их в гибрид линкора с авианосцем.
14 июля линкоры типа "Исе" были переподчинены непосредственно командующему Объединенным флотом. До конца года "Исе" занимался боевой подготовкой в водах Метрополии, пройдя докование в Куре с 21 по 29 ноября 1942 года.
Первые два месяца нового 1943 года прошли спокойно. 23 февраля корабль был выведен в резерв 4 категории (самой низкой). Этот день считается началом переоборудования корабля в линкор-авианосец.
Работы шли достаточно быстро. 7 августа экипаж корабля и рабочие завода были свидетелями завершения немецкой операции "Марко Поло" — в Куре прибыла немецкая подводная лодка "U-511". Позднее она будет подарена А. Гитлером императору Хирохито и зачислена в состав японского флота как "RO 500".
10 августа во время очередной реорганизации императорского флота "Исе" зачислили во 2-ю дивизию линейных кораблей Первого флота. Переоборудование завершили, и 23 августа начались испытания. Во время пробегов на мерной линии корабль развил скорость 25,3 узла. 26 августа он вернулся в Куре, для устранения замеченных недостатков.
Но успели сделать немногое, 31 августа "Исе" отправили в Хасирадзиму. С 15 сентября он был приписан к Военно-морской академии в Этадзиме. На нем проходили практику курсанты.
8 октября переоборудование было полностью завершено. 15-20 октября состоялся переход "Исе" на Трук в составе конвоя "TEI 3". Хотя назвать это конвоем очень сложно, торговых судов в его составе не было, грузы перевозили сами военные корабли. В этом конкретном случае это были 2 линкора, 1 авианосец, 1 крейсер и 3 эсминца. Переход прошел без происшествий.
До 26 октября "Исе" находился в лагуне, когда главные силы Объединенного флота в очередной раз пытались перехватить американские авианосцы. 26 октября после безуспешного поиска они вернулись на Трук. 31 октября переформированное соединение (2 линкора, 2 авианосца, 2 крейсера, 4 эсминца) вышло в море. Первые дни перехода прошли спокойно. 5 ноября корабли Японии находились в проливе Бунго, когда американская подводная лодка "Хэллибат" (SS 232, командир капитан-лейтенант Кэллантин), используя данные, полученные из дешифрованных японских радиограмм, пошла на перехват. Субмарине удалось занять позицию для атаки и произвести шеститорпедный залп. Одна торпеда поразила авианосец "Дзунье" в кормовую часть, выведя из строя рулевое устройство. Вторая, к счастью не взорвавшаяся, попала в линкор "Ямаширо". Поврежденный авианосец был отбуксирован в ближайший порт.
6 ноября "Исе" прибыл в Куре. В течение ноября были проведены полные испытания линкора. По их завершении начался очередной период бездействия.
25 февраля 2-я дивизия линейных кораблей Первого флота была передана в состав Объединенного флота. 1 мая оба линкора-авианосца были включены в состав 4-й дивизии авианосцев Пятого флота, контр-адмирала М. Чиаки. В этот же день к "Исе" и "Хьюге" была приписана воздушная 634 группа. 31 мая 1944 года корабль прибыл в Куре для прохождения текущего докования и работ по усилению зенитного и электронного вооружения. На корабле установили 47 25-мм зенитных автоматов (12 3-х ствольных, 11 одноствольных). Также установили 2 радиолокационные станции "Тип 22", скорее всего, в это же время были смонтированы две станции наблюдения за воздушной обстановкой "Тип 13" и радиолокационные приборы управления огнем "Е 27".
7 июня 1944 г. работы завершили, и начались испытания. Первый самолет взлетел с "Исе" 23 июня. 10 июля в состав 4-й дивизии авианосцев был включен "Дзунье". Тем временем "Исе" по мере возможности продолжал боевую подготовку, правда в основном на якоре, в Японии начал ощущаться дефицит нефти. 10 августа в составе 4 дивизии авианосцев появился еще один авианосец "Рюхо", а число самолетов в приданной авиагруппе увеличилось до 130.
