Результатом действий колонизаторов явился поток беженцев из Мозамбика в соседние страны—Танзанию и Малави. Наряду с массовыми репрессиями колонизаторы применяли и индивидуальный террор в отношении лидеров национально-освободительного движения. 3 февраля 1969 г. в Дар-эс-Саламе был злодейски убит основатель и первый председатель ФРЕЛИМО Э. Мондлане.
После гибели Мондлане Исполком ЦК ФРЕЛИМО «в соответствии с Уставом ФРЕЛИМО до следующего пленума ЦК» 11 февраля 1969 г. возложил «функции президента» на У. Симанго. На состоявшемся в апреле 1969 г. III пленуме ЦК Симанго был подвергнут резкой критике за то, что в 1968 г. защищал и оправдывал действия Гвенжере и Нкавандаме. ЦК осуществил свое уставное право решать, как будет организовано президентство до следующего съезда. Он создал Президентский совет, в котором У. Симанго контролировался С. Машелом и М. душ Сантушем как наиболее испытанными и последовательными членами руководства.
Однако У. Симанго, нарушив существовавшие во ФРЕЛИМО правила, опубликовал в танзанийской прессе в ноябре 1969 г. статью о внутренних делах в организации, назвав ее «Мрачная ситуация во ФРЕЛИМО». В статье он обвинил фронт в том, что он заражен «сектантством, регионализмом и трайбализмом», вызывающими междоусобицы. Он обвинил вдову Мондлане в том, что она является «источником колоссальной коррупции», а Машела и М. душ Сантуша в том, что они «готовят преступные заговоры».
В области идеологии Симанго объявлял себя приверженцем «традиционного национализма» и «элитизма» Гвенжере и Нкавандаме. Он требовал отставки Машела и М. душ Сантуша. Выступление Симанго против руководства организации было проявлением борьбы правонационалистических сил против революционных демократов во ФРЕЛИМО. Однако последние взяли верх в этой борьбе.
За свою раскольническую деятельность и попытки захватить единоличную власть Симанго был выведен решением Исполкома ЦК ФРЕЛИМО в ноябре 1969 г. из Президентского совета, а в мае 1970 г. по решению Исполкома ЦК исключен из организации как «предатель народа Мозамбика».
Симанго выступил с ультралевыми декларациями на сессии Комитета освобождения Африки ОАЕ, а после исключения из ФРЕЛИМО и выдворения его из Танзании упражнялся в злобных выпадах против живых и покойных лидеров ФРЕЛИМО. В конечном счете Симанго присоединился к КОРЕМО.
На чрезвычайном заседании Исполкома ЦК ФРЕЛИМО в мае 1970 г., исключившем Симанго из организации, председателем фронта был избран Самора Машел, а вице-председателем — ветеран движения М. душ Сантуш.
С. Машел родился в 1933 г. на юге Мозамбика в крестьянской семье. Проучившись шесть лет в католической начальной школе, он отказался продолжить учебу в семинарии, хотя это давало право стать католическим священником. Благодаря своему статусу «ассимиладу», упорству и незаурядным способностям он сумел окончить среднюю школу и медицинские курсы, получив относительно привилегированную профессию брата милосердия, что дало ему возможность свободно и много ездить по стране. Все, что он видел, потрясало и возмущало. Очень скоро он понял, что в основе политики португальских властей лежит расовая дискриминация. За одну и ту же работу белые получали в несколько раз больше, чем черные. Расовая дискриминация на всех уровнях, во всех областях вызывала в душе молодого человека не только горькое ощущение несправедливости, но и дух активного протеста.
Позже Машел вспоминал: «Постепенно я осознал, что ничто не может помочь, кроме коллективных действий. Человек, опирающийся лишь на свои силы, не в состоянии чего-либо достичь. На той стадии (это было после 1956 г.) я начал понимать ключевые экономические и политические проблемы и причины, по которым африканцы находятся в столь невыгодном положении. Затем 1960 год — независимость Конго… Я начал всерьез задумываться о возможностях добиться независимости Мозамбика… В это время португальские власти усилили репрессии против всех грамотных африканцев. Было еще нечто, что разжигало наше любопытство: мы старались понять, почему власти не хотят, чтобы мы читали газеты и слушали иностранное радио. Ну а затем пришел 1961 год в Анголе». Вскоре после основания ФРЕЛИМО С. Машел вступает в него и включается в активную борьбу с колонизаторами. В составе группы членов ФРЕЛИМО он отправляется в Алжир для прохождения военной подготовки. С началом вооруженной борьбы С. Машел стал командиром первой военной базы на мозамбикской территории.
В 1964 г. возглавляемая Машелом группа мозамбикских партизан развернула боевые действия против колонизаторов, переросшие вскоре во всенародную национально-освободительную борьбу. Проявив незаурядные военные способности, Машел стал заместителем главнокомандующего вооруженными силами ФРЕЛИМО, а после его гибели — главнокомандующим национально-освободительной армией. В 1968 г. на II съезде был избран членом ЦК ФРЕЛИМО и секретарем департамента обороны ЦК. Он выступал в поддержку линии Мондла-не против националистической платформы Нкавандаме.
После майского 1970 г. заседания Исполкома ЦК ФРЕЛИМО эта организация окончательно превратилась в революционно-демократическую. В тот же период руководство ФРЕЛИМО во главе с С. Машелом приступило к изучению вопроса о целесообразности создания авангардной партии трудящихся. Иначе говоря, в руководстве фронта обдумывалась перспектива перерастания мозамбикской национально-демократической революции в революцию народно-демократическую.
Постепенно выкристаллизовывалась идеологическая доктрина ФРЕЛИМО, вобравшая в себя в синтезированном виде многие положения научного социализма (например, в области партийного и государственного строительства, отрицания капиталистического общества и буржуазной морали, отказа от каких бы то ни было эксплуататорских отношений, идеи о переходе к социализму, минуя капитализм, и т.д.).
О том, что уже тогда руководство фронта взяло курс на создание авангардной партии трудящихся, свидетельствует, например, послание Машела ФРЕЛИМО 25 сентября 1971 г., в котором говорилось: «Седьмой год (1970—1971 гг. — А.Х.) был точкой отсчета сознательного развития характера нашей организации, ее превращения в авангардную партию трудящихся масс в нашей стране, авангардную партию с авангардной идеологией».
В июне 1971 г. делегация ФРЕЛИМО во главе с С. Машелом посетила СССР, Болгарию, Румынию и ГДР. К 1973 г. лидеры фронта открыто говорили о необходимости создать революционную партию и о том, что ФРЕЛИМО идет в этом направлении. В 1970 г. ФРЕЛИМО провел ряд крупных военных операций в провинциях Тете, Ньяса и Кабу-Делгаду. Несмотря на то что португальцы стянули в Мозамбик 50-тысячную армию, они несли значительные потери. Только за год — с июня 1970 по июль 1971 г. — бойцы ФРЕЛИМО уничтожили 1500 солдат и офицеров противника. В начале 1972 г. войска ФРЕЛИМО развернули активные боевые действия южнее Замбези.
Особое значение ФРЕЛИМО придавал военным операциям в Тете. Стремясь сорвать строительство плотины Кабора-Басса, партизаны с сентября 1971 г. стали устраивать завалы на дороге Шангара — Зомба (одном из двух путей, по которым португальцы доставляли стройматериалы) и нападать на сопровождаемые солдатами противника обозы. В феврале 1972 г. отрядам фронта, действовавшим в Тете, удалось также перерезать железную дорогу Блантайр — Солсбери, взорвать мост и таким образом приостановить доставку материалов для строительства плотины. К июлю 1974 г. эта дорога была взорвана в 75 местах.