Нкавандаме отказался признать решения съезда и провозгласил Кабу-Делгаду независимой республикой. Он приказал закрыть границу между Танзанией и провинцией Кабу-Делгаду и расстреливать всех членов ФРЕЛИМО, которые попытаются нарушить этот приказ. Для этой цели организовали специальные вооруженные отряды, которые должны были патрулировать южную границу Танзании в поисках членов ФРЕЛИМО, осмелившихся ее пересечь без разрешения Нкавандаме. По его распоряжению 22 декабря 1968 г. на границе был убит командующий вооруженными силами ФРЕЛИМО Паулу Канкомба.
Исполком ЦК ФРЕЛИМО, проанализировав обстоятельства убийства Канкомбы и роль, которую сыграли в этом Нкавандаме и старейшины маконде, решительно осудил это преступление и пришел к выводу, что Нкавандаме стал врагом ФРЕЛИМО и мозамбикского народа и ступил на путь борьбы с ними. Исполком освободил Нкавандаме от обязанностей члена ЦК ФРЕЛИМО, провинциального секретаря и председателя Провинциального кооперативного комитета и просил правительство Танзании арестовать этого деятеля и его сподвижников и репатриировать их в Мозамбик.
Будучи исключен из ФРЕЛИМО, Нкавандаме начал открыто сотрудничать с португальскими колонизаторами.
Главной движущей силой антиколониальной революции ФРЕЛИМО считал крестьянство. Это определило и выбор тактики вооруженной борьбы, которая должна была вначале охватить сельские районы и лишь на последнем этапе революции постепенно распространиться на промышленные центры. «Борьба в сельских зонах, где враг слаб, позволяет нам освобождать обширные территории со значительным населением, — писал С. Машел. — Мы все более изолируем противника и уменьшаем возможность для него эксплуатировать наш народ. Численность освобождённого населения растет, что приумножает наши силы… Партизанская война вынуждает врага сражаться в окружении народа, который ему враждебен».
Исходя из этой тактической линии, ФРЕЛИМО еще за несколько месяцев до начала вооруженной борьбы направил своих агитаторов в сельские районы с целью политической мобилизации крестьян. Такая работа была связана с большими трудностями и не всегда давала результаты из-за неграмотности, низкого классового и национального сознания крестьян, их этнических предрассудков и определенной восприимчивости к вражеской пропаганде, использовавшей этнические противоречия.
Побывавшая в Мозамбике в тот период журналистка Б. Корнуэлл писала: «Поскольку большинство мозамбикцев не умеют ни читать, ни писать, это означало, что агитаторы не могли воздействовать на них с помощью листовок, подпольно издаваемых газет или других подобных каналов. Они не могли влиять на аудиторию и на общественных митингах, так как португальцы быстро прервали бы революционную деятельность. Необходим был личный и устный контакт, осуществляемый агитаторами, шедшими из деревни в деревню, из района в район, и все это тайно и пешком». Как правило, ФРЕЛИМО направлял агитаторов в те районы, где они выросли, были знакомы с языком, обычаями населения и, что было не менее важно, с местностью и лесными тропами. Работа агитаторов была связана с большим риском, так как, по словам Б. Корнуэлл, «реальная опасность исходила от самих черных жителей деревень, которых организовывали агитаторы, поскольку среди этой запуганной массы находились десятки людей, готовых передать их властям за несколько долларов. По местным стандартам это была существенная сумма, которая могла быть равна годовому заработку.
А если агитатор был из другого племени или провинции, он подвергался еще большему риску. Многие из них в те дни были схвачены солдатами, подвешены за ноги и сожжены заживо. Те, кому удавалось избежать патрулей, передвигались только ночью и питались лесными мышами, кореньями — диетой, которая иногда дополнялась миской риса, принесенной в джунгли тайным сочувствующим».
Тем не менее неистребимая вера в победу, смелость и настойчивость этих голодных, оборванных и босоногих политагитаторов постепенно завоевывали сердца и мысли крестьян, поскольку в своих лекциях у лесного костра они говорили о вопросах, волновавших их слушателей: о хроническом голоде, огромной детской смертности, принудительном труде, подводя слушателей к пониманию целей ФРЕЛИМО.
Так же как в Анголе и Гвинее-Бисау, португальские колонизаторы применяли варварские репрессии против мирного населения Мозамбика с целью заставить его отказаться от поддержки повстанцев. При этом в Мозамбике широко использовался опыт войны американских агрессоров во Вьетнаме. В частности, африканцев заставляли селиться в «алдеаментуш», чтобы легче было осуществлять над ними контроль и препятствовать их связям с партизанами. Насильно согнанным в «алдеаментуш» крестьянам строжайшим образом запрещали вернуться в родные места.
Назначенный в 1970 г. главнокомандующим португальской армией в Мозамбике генерал К. де Арриага начал широко применять методы «психологической войны». Как он сам впоследствии вспоминал, «специфические военные операции проводились под девизом: “Убеждать умы и завоевывать сердца”».
Португальцы сбрасывали с самолетов тысячи листовок, призывавших партизан прекратить борьбу и обменять оружие на денежные награды. В то же время колониальные власти стали создавать из африканцев «милицию» и другие полувоенные формирования, чтобы использовать их в войне с ФРЕЛИМО. Мозамбикский миллионер Ж. Жардин, известный тесными связями с правительством Португалии, в своих воспоминаниях пишет, что даже М. Каэтану признавал, что эти формирования «имеют жестокую концепцию войны и сохраняют свои племенные предрассудки». 23 августа 1973 г. был издан закон о призыве на военную службу всех мозамбикцев в возрасте от 20 до 44 лет.
В то же время была развернута кампания террора и насилия против мирного населения. Широкую волну возмущения и протестов во всем мире вызвало сообщение двух испанских миссионеров о кровавом преступлении в деревне Вирияму, где 16 декабря 1972 г. каратели зверски убили 400 мозамбикцев.
Летом 1970 г. К. де Арриага предпринял решительное наступление на освобожденные районы, контролируемые ФРЕЛИМО. В этой операции, имевшей кодовое название «Гордиев узел», участвовало 35 000 до зубов вооруженных солдат. Португальским войскам удалось блокировать ряд дорог, окружить некоторые партизанские базы и захватить склады оружия, которые позже были выставлены для всеобщего обозрения. Арриага объявил о военной победе, которая «нуждалась лишь в дополнении психологическими и социальными операциями, чтобы стать окончательной». Однако генерал выдавал желаемое за действительное. Вспоминая об этом, А.Ж. Чипанде отмечал: «“Гордиев узел” был операцией по принципу “убивай всех, сжигай все, уничтожай все” и имел целью проникновение в освобожденные зоны, чтобы уничтожить не только базы ФРЕЛИМО, наши вооруженные силы, кадры и организации, но и, устроив массовую резню, уничтожить все, что там сделано. Но К. де Арриага опоздал. Если бы “Гордиев узел” был начат в начале нашей борьбы, возможно, мы были бы сокрушены. С профессиональной и военной точки зрения это была хорошо подготовленная и хорошо выполненная операция. Но мы были гораздо сильнее идейно — обстоятельство, значение которого враг никогда не мог понять». Генерал Кошта Гомеш назвал операцию «Гордиев узел» «самым крупным поражением империи».