В феврале 1513 года Марио Эквикола написал Изабелле, что Альфонсо «думает только о покупке картин и антиков». Главным его намерением стало приобретение для camerino серии картин работы великих мастеров на классические сюжеты. Прибыв в 1513 году в Рим на коронацию Льва X, он предпринял безуспешную попытку привлечь Микеланджело. Осуществление мечты началось с картины Джованни Беллини «Пир богов», законченной в 1514 году, и продолжилось тремя величайшими полотнами Тициана — «Триумф Венеры», «Вакхи Ариадна» и «Праздник на Андросе» («Вакханалия»). Для этой же комнаты он заказал у Доссо Досси фриз и полотно.
Об участии Лукреции в работах по переоформлению замка и палаццо Корте информации почти нет. Известно, что ее первым значительным приобретением стала серия из восьми полотен на исторические сюжеты, выполненных темперой. Предназначались они для сводчатых потолков ее комнат в башне Маркезана и были закончены в 1506 году. Ее возросшая религиозность нашла отражение и в выборе сюжетов картин. В то время как муж интересовался картинами только классического направления, Лукреция приобрела у фра Бартоломео, который останавливался в Ферраре в начале 1516 года, «Голову Спасителя».
Забота Лукреции о духовной жизни подданных заставила ее принять сторону своего духовника, фра Томазо, выступившего против неподобающего поведения доминиканских монахов Феррары. В присутствии Альфонсо знатных горожан и викария ордена монахов предупредили, что если кто-то из братьев продолжит бесчинства, то в течение трех дней он покинет город. Другие монахи испугались, что и с ними поступят подобным образом. «Дай-то, Господи, чтобы все священнослужители и обычные христиане возродились духовно», — написал Проспери. Осенью 1517 года Изабелла приезжала в Феррару. Благодаря ее ходатайству Лукреция добилась от кардинала Гонзага согласия на то, чтобы фра Томазо во время поста выступал в Мантуе с проповедями.
Взаимоотношения между Лукрецией и Изабеллой стали более дружескими, хотя соперничать они так и не перестали. Однако после разрыва с мужем положение Изабеллы несколько пошатнулось, а у Лукреции упрочилось. Испытывая унижение. Изабелла обращалась к Лукреции, чтобы получить необходимое от Франческо. Сейчас на маркиза все большее влияние оказывал враг Изабеллы, Толомео Спаньоле. Однажды Изабелла обратилась к Лукреции с тем, чтобы Франческо помиловал осужденного человека. Лукреция ответила, что у нее никогда не было желания вмешиваться в дела правосудия. Она не склонна обходить закон, используя для этого Франческо, и напрасно Изабелла составила себе о ней такое представление. Тем не менее она постарается сделать все, что в ее власти. Лукреция прочитала петицию, составленную Изабеллой в защиту «приговоренного к смерти бедняги» («quel poveretto condunnato a morte») и написала прочувствованное письмо Франческо: ее искренне тронула судьба осужденного. Она даже обратилась к «достопочтенному господину Эрколе», попросила, чтобы и он написал, а тем временем подготовила еще письмо и направила его синьору Толомео. «Ваше Сиятельство, не можете себе представить, какое удовольствие я испытываю, когда делаю то, от чего сама не имею никакой выгоды», — написала она Изабелле. Написала она и Гонзага, и Толомео, просила снисхождения к бедняге, некоему Габриелю Комачо, осужденному на смерть за убийство коннетабля. Толомео она просила, чтобы он привлек к этому делу внимание Гонзага, а обращаясь к Франческо. страстно молила его о помиловании. Комачо был выходцем «из хорошей семьи, все знали его как человека, ни разу не совершившего никакого правонарушения, убийство было ненамеренным, произошло оно в драке, на которую осужденного спровоцировали». Изабелла, похоже, выказывала сильное недовольства, на что Лукреция ответила с некоторой жестокостью: «Ваше Сиятельство можете быть уверены, что когда Вы просите меня о том. чего я не могу сделать, то очень об этом сожалею. И если бы я написала достопочтенному господину маркизу ради себя самой, то не нашла бы для этого более теплых и убедительных слов, чем я сделала это ради Габриеля Комачо. Чтобы убедить в этом Ваше Сиятельство, вкладываю в конверт письма, которые получила, и такого ответа я никак не желала…»
Перейдя к более приятной теме, Лукреция поблагодарила ее за рецепт настойки (el Juleppo), который Изабелла прислала ей в надежде, что она укрепит здоровье герцогини Феррары. Лукреция чувствовала себя неважно, с тех пор как Изабелла уехала, но была уверена, что Juleppo поможет ей, «потому что настойку прислали Вы, любящая меня как сестру. Я скоро ею воспользуюсь, как только погода станет немного прохладнее». Она не знала, что с ней не так. но шутила: должно быть, как поет «Катерина (одна из ее певиц), “такова воля судьбы”». За последние несколько лет Проспери все чаще ссылается на плохое здоровье Лукреции. 4 марта он написал, что Альфонсо, охотившийся с соколами в Барко и собиравшийся идти на волка, отложил свои планы из-за слабого здоровья Лукреции. Она даже вынуждена была нарушить пост.
Тем не менее пять дней спустя герцогиня вновь появляется в обществе. 14 марта Лукреция послала в Неаполь гонца. Проспери предположил, что целью были переговоры относительно «ее брата, дона Джованни», хотя более вероятно, что речь шла о Родриго Бисельи. Джованни Борджиа, как и Родриго Бисельи, находился под опекой кардинала Козенца, а в ноябре 1501 года вторым его опекуном стал Ипполито д'Эсте (сделано это было, вероятно, в преддверии бракосочетания Лукреции с Альфонсо). В душе Джованни так и остался испанцем и подписывался: «Дон Хуан де Борджиа». Письмо его к Альфонсо с соболезнованиями по случаю смерти Лукреции написано не по-итальянски, а на кастильском наречии, корявым детским почерком. Альфонсо с трудом переносил этого члена семьи Лукреции. Зато ему нравился сын Чезаре, Джироламо, он взял его к себе, после того как Альберто Пио уехал из Карпи в Рим. Джованни Борджиа правильнее было бы назвать обузой. Он вернулся в Феррару, потому что в мае кто-то из его слуг убил человека, нанятого в услужение к сыновьям герцога. Возмущенный «жестоким и вызывающим случаем», затрагивающим его семью, Альфонсо вознамерился арестовать его и предал пыткам других слуг Джованни, заподозренных в том, что они способствовали побегу обвиняемого. В июне Проспери доложил, что Лукреция тоже разгневана: «Альберто Петрато, слугу госпожи герцогини, посадили в тюрьму за то, что он помог скрыться слугам дона Джованни [Борджиа], убившим на площади человека, нанятого в услужение сыновьям герцога. Похоже, Ее Светлость до сих пор на него очень сердита». Тем не менее Лукреция, со свойственным ей милосердием, позднее освободила заключенного. Джованни Борджиа уехал в Рим, не дождавшись возвращения герцога из Венеции, «все решили, что сделал он это, оттого что герцог более к нему не расположен». Он оставался в Риме до начала сентября. Проспери сообщает, что в это время король Франции выделил ему субсидию и готов взять его к себе придворным. Когда Альфонсо приехал к королю, Джованни был для него источником постоянного раздражения, и только глубокая привязанность к Лукреции заставила его хлопотать за недостойного юнца. Александр Борджиа, его отец, назначил его, еще младенца, герцогом Камерино, и среди бумаг Лукреции имелось несколько документов, доказывающих это, но с падением Борджиа семья Варано, свойственники Эсте, быстро вернули себе эту собственность.
Лукреция хлопотала не только о безответственном сводном брате, она защищала также интересы другого брата, Родриго Борджиа, ребенка Александра, рожденного им в последний год папства. Из двух писем преданного семье Борджиа Хуана Лас Касаса, написанных в мае и сентябре 1518 года, выясняется, что Родриго Борджиа уехал из Рима в Салерно (в Неаполитанском королевстве). Лукреция в письме потребовала, чтобы ей докладывали, как продвигается его учеба. Хуан Лас Касас привел различные отговорки, в том числе и болезнь, помешавшие ему ответить вовремя. Он выразил большое желание приехать в Феррару, навестить герцогиню и «поговорить о старых временах». В сентябре Лас Касас снова письменно заверил Лукрецию в том, что капеллана, посланного по ее желанию к дону Родриго в качестве учителя, проинструктировали, чтобы он воспитывал мальчика «в любви и страхе перед Богом» и заставлял бы его ежедневно читать молитвы.
