Гаинас выставлял все свои заслуги Римскому престолу; мудрый пастырь напомнил ему убогую вначале долю и настоящее его величие, как достойную награду заслугам гражданским; предлагал вступить в общение с православными, чтобы все храмы их были ему открыты, но никак не согласился уступить ни одной церкви вопреки канонам. Когда же немного времени спустя тот же Гаинас явно поднял оружие на своего Государя и все трепетали его гнева, один Иоанн не убоялся идти в стан раздраженного, чтобы преклонить к миру, и суровый Готф, тронутый его великодушием и святостью сана, вышел с честью к нему навстречу, поверг своих детей к ногам пастырским и отступил, хотя впоследствии одна только смерть прекратила его мятеж.
Не об одной только Церкви Константинополя заботился с такой ревностью бдительный пастырь, но и о всех дальних и ближних своего обширного экзархата, водворяя благочиние в шести епархиях Фракии, в одиннадцати Азии и одиннадцати Понта. Не были забыты и дикие Скифы, которых старался всеми средствами отвлечь от арианства и язычества, посылая к ним пресвитеров, диаконов и чтецов, знающих их наречие, простирая отеческие попечения и к тем из них, которые кочевали еще в шатрах на берегах Дуная; мужи апостольские явились к ним для проповеди и собственный их епископ Феотим, наследовавший Вританиону в городе Томах, скиф родом, под варварскою одеждой славился святостью жизни, так что и дикие Гунны, исполненные к нему уважения, называли его богом Римлян.
Огорченный долгим разрывом Запада с Церковью Антиохийскою, Златоуст старался примирить любимого им епископа Флавиана с Римом и прочими первостепенными кафедрами Италии, и по его внушению, Феофил, архиепископ Александрийский, отправил в Рим епископа Верейского Акакия и пресвитера Исидора, которые принесли, наконец, общительные грамоты Запада святому Флавиану. Он принял также живое участие в св. епископе Порфирии, который будучи посвящен неволей в город Газу, исполненную требищ идольских, пришел со своим митрополитом Иоанном Кесарийским просить указа царского о разрушении капищ. Гостеприимно принял их святитель столицы и через сановников царских обеспечил доступ к императрице, тогда беременной; она же, обрадованная их прорицанием о счастливом рождении сына, в день крещения новорожденного Феодосия, исходатайствовала им желанный указ, и пали скверные кумиры Газы, на месте главного капища св. Порфирии соорудил великолепную церковь во имя Крестителя.
К Иоанну прибегали окрестные епископы епархий Азийских, и он невольно принужден был сделаться их посредником. Евсевий Лидийский обвинил пред ним в симонии и святотатстве митрополита своего Антония Эфесского, и тщетно кроткий пастырь старался умирить Евсевия; он настоятельно требовал суда, обещая представить свидетелей, но не явился с ними в назначенный срок, потому что втайне примирился с Антонием, и сам подвергся законному осуждению. Между тем умер Антоний, и Церковь Эфесская, расстроенная беспорядками бывшего митрополита, умоляла Златоуста прийти лично водворить в ней спокойствие. Иоанн поспешил на жалостный зов ее, ибо от митрополии Ефесской зависели многие Церкви Азийские, еще обуреваемые арианами. Оставив на своем месте в Царьграде мнимого друга Севериана, епископа Гавальского, он прибыл с тремя другими епископами в Ефесс, куда собрались до семидесяти святителей Азии, Лидии, Фригии и Карий; там, исследовав подробно дела Антония, поставил на его кафедру благочестивого диакона своего Ираклида, бывшего пустынножителем Скитским, усмирил ариан и новатиан, и на обратном пути, несмотря на ропот народа, отрешил Геронтия епископа Никомидийского, который, будучи изгнан великим Амвросием, происками снискал себе эту кафедру. Но после трехмесячного отсутствия возвратясь к своей пастве, Иоанн познал коварство Севериана, который искал заместить его и понравиться народу красноречивыми проповедями, а вельможам лестью. Архидиакон Серапион первый обличил ему тайного врага, и коварный был удален из столицы, но, по ходатайству императрицы, добродушный пастырь принял его опять в свое общение, хотя и не мог более доверять ему.
Скоро воздвигалась из Египта сильная буря на Златоуста, которая наконец низвергла его с престола. Долго ходили тучи по небосклону; Феофил Александрийский, искони ему неприязненный, собирал их, слагая собственные вины на священную главу Иоанна и прикрывая частную вражду усердием против ереси Оригена. Так начались козни. Престарелый пресвитер Александрийский, Исидор странноприимец, подвергся гневу своего владыки за то, что утаил от него тысячу златниц, пожертвованных в пользу вдов и сирот одною именитою женою, которая, зная страсть Феофила к бесполезным постройкам, заклинала в час смертный Исидора употребить втайне врученное ему наследие. Раздраженный епископ, забыв прежнюю благосклонность к святому старцу, обвинил его в тяжком грехопадении и осудил заочно, так что осужденный, опасаясь дальнейших преследований, принужден был бежать в пустыню Нитрийскую, но и там не оставил его в покое Феофил. Сперва потребовал он в Александрию старейших иноков Нитрии и соборно осудил, будто бы за мнения Оригеновы, четырех великих братьев: Диоскора епископа, Аммония, Евсевия и Евфимия, так названных по их росту и по высокой жизни, и потому что были братья по плоти. Недовольствуясь тем, сам он, с вооруженною силой, пошел в пустыню искать Исидора, сжег убогие кельи, разогнал отшельников; осужденные бежали в Палестину и с ними до пятидесяти иноков, но никто из епископов не смел укрывать их, опасаясь сильного Феофила. Отовсюду гонимые притекли в столицу к Златоусту. Видя столько старцев, почтенных сединами, в крайнем убожестве, взывающих о милости и защите, тронулся кроткий святитель, и, услышав добрый о них отзыв от находившихся в Царьграде клириков Египетских, решился дать приют изгнанным, не вступая, однако же, в общение с ними до разрешения их пастыря, а к Феофилу написал кроткое письмо, в нем убеждал, как сын и брат и сослужитель, преклонится на милость. Но епископ не хотел слышать о мире; напротив того, посвятив наскоро пять иноков, ему единомышленных, в различные степени церковные, послал их в столицу, как обвинителей на великих братьев, которых обличал в оригенизме; Златоусту же отвечал гневным письмом, напоминая, что и каноны Никейские запрещают епископам судить чуждых клириков; писал о том же и к св. Епифанию, прося его осудить соборно мнения Оригеновы, что и исполнил добродушный старец, не подозревая, какое недостойное чувство возбуждало Феофила.
Между тем великие братья, не видя себе сильной защиты со стороны Златоуста, обратились с жалобами к императору и после должного исследования, обвинители их, обличенные в лжесвидетельстве, заключены были в темницу до прибытия главного виновника Феофила; сановник царский потребовал его на суд в Константинополь. Но пока он медлил, смущенный упреками совести и собирая около себя приверженных ему епископов, старец Епифаний поспешил прибыть в столицу. Сильно предубежденный против Иоанна, не принял он его почетной встречи, не хотел остановиться в приготовленном для него доме и даже видеть
