Главный броневой пояс выше конструктивной ватерлинии от кормы к носу имел переменную толщину 300-350-400-350-300 мм, ниже конструктивной ватерлинии 180- 200-180 мм при общей ширине всего 2,5 м. Оба пояса установили на 200-мм прокладке из тикового дерева, причём общая толщина брони и прокладки доходила до 600 мм. В носовой части поясную броню для большей прочности соединили с тараном.
На броненосцах "Бранденбург" и "Вейсенбург" оба главных броневых пояса и остальные барбеты на всех кораблях изготовили из крупповской цементированной брони. Таким образом, благодаря применению крупповской цементированной брони толщина главного броневого пояса по конструктивной ватерлинии уменьшилась с 400 до 225 мм. В этом случае, экономия в весе брони приводила либо к уменьшению водоизмещения, либо к увеличению площади бронирования. Исходя из заданных условий, появилась возможность использовать большую часть водоизмещения на бронирование, а не на вооружение. Распределение веса брони, артиллерии и боеприпасов имело следующее соотношение. Вес броневой защиты корабля составлял 3174 т или 31,7% нормального водоизмещения, артиллерии и боеприпасов 1151 т или 11,5%.
Небронированные части борта защитили проходящей ниже ватерлинии бронированной палубой, коффердамами (узкими боковыми проходами) и угольными ямами, а также пробкой и частыми водонепроницаемыми переборками.
Броненосец типа "Бранденбург" . (Продольный разрез и план с указанием бронирования).
Между промежуточной палубой и расположенной ниже палубной платформой за главными броневыми поясами на протяжении IV-VII отсеков с каждого борта расположили два достаточно широких коффердама, внешний и внутреннй. Они служили камерой расширения при взрыве пробивших главные броневые пояса крупных снарядов, а их стенки в качестве противоосколочных переборок. Эти переборки дополняли бортовую броню и защищали внутренние части корабля от давления газов и действия осколков. Между внутренними коффердамами и котельными отделениями, занимавшими VI и VII отсеки, расположили угольные ямы, дополнительно защищавшие от проникновения осколков.
Логическим дополнением системы бортового бронирования явилась установка сплошной 65-мм средней (бронированной) палубы, расположенной ниже верхней. Верхнюю и промежуточную палубы также сделали сплошной из стального листа толщиной 8-12 мм. Таким образом, средняя палуба являлась главной бронированной палубой корабля. прикрывающей котлы, машины, погреба боезапаса и торпедное вооружение. Для защиты от продольных попаданий снарядов в середину корабля в носовой и кормовой части установили поперечные переборки толщиной 50-120 мм (три слоя 40-мм стальных плит).
Артиллерию главного калибра прикрыли барбетами (внутренний диаметр 7200 мм), имевшими толщину бронированнной стенки 305 мм. Броню барбета установили на 210-мм прокладку из тикового дерева. Конструкция колпаков башен представляла собой оптимальное сочетание формы и размеров, имея толщину 300 мм в передней части, 203-мм боковых сторон и 70-мм крышу.
Противоминную артиллерию калибра 105-мм прикрыли 76-мм броневыми плитами ограниченных размеров, а 88-мм небольшими 40-мм стальными плитами. Толщина стенки передней боевой рубки составляла 300 мм, её крыши 30 мм. Первоначально задняя боевая рубка не была бронирована.
Энергетическая установка
На броненосцах типа "Бранденбург" в двух последовательно расположенных котельных отделениях (КО), раздёленных продольной переборкой по диаметральной плоскости пополам, установили 12 поперечно расположенных огнетрубных котлов цилиндрического типа (36 топок, площадь нагревательной поверхности 2291-2358 кв.м, площадь колосниковой решетки 70 кв.м), вырабатывающие пар давлением 12 атм. Это было значительным шагом вперед по сравнению е котлами ящичного типа, которые имели броненосцы типа "Баден". Но по сравнению е водотрубными котлами, которые на крупных военных кораблях стали устанавливать с середины 90-х годов, они все же имели ещё довольно большой вес. Котлы каждого КО имели общий дымоход на свою дымовую трубу.
Два КО длиной 14,4 м каждое расположили между погребами боезапаса носовой и средней башен. Переднее КО занимало большую часть VII отсека между 49 и 61 шп. От погреба боезапаса носовой башни от борта до борта между 61-62 шп. его отделяла угольная яма шириной 1,2 м. Примыкавшее не- посредственно к переднему заднее КО занимало весь VI отсек между 37 и 49 шп. От заднего КО и до погреба боезапаса средней башни, также от борта до борта, между 35- 37 шп. разместили вторую угольную яму шириной 2,4 м. Общая длина котельных отделений с примыкающими к ним угольными ямами составляла 32.4 м или 30% длины корпуса корабля между перпендикулярами. Котлы и механизмы построили по проекту судостроительного завода "Германия- верфь" в Киле, признанному лучшим на конкурсе.
Машинная установка состояла из двух паровых поршневых машин тройного расширения, которые на флоте ввели в эксплуатацию в 80-х годах. Они находились в двух машинных отделениях (МО), и каждая машина вращала трёхлопастной гребной винт диаметром 5 м.
Броненосцы типа "Бранденбург" оказались последними кораблями германского флота, имевшими два гребных винта. Построенный почти одновременно с ними крейсер "Кайзерин Аугуста" явился первым кораблем с тремя винтами. С этих пор и до проекта линейного корабля типа "Н" (1939 г.) немецкий военно-морской флот выбирал для своих крупных кораблей энергетическую установку с тремя винтами.
Исключение было сделано только для линейных крейсеров кайзеровского флота и ряда проектов непостроенных линейных кораблей 1915-18 гг., а также авианосца "Граф Цеппелин" (1937 г.), имевших четыре гребных винта. В других военно-морских флотах энергетические установки с тремя винтами встречались довольно редко. В Англии они совсем не нашли применения. Англичане устанавливали на своих броненосных кораблях сначала два, затем четыре гребных винта.
Машинное отделение расположили между погребами боезапаса средней и кормовой башен. Оно занимало весь IV отсек (между 21 и 31 шп.) длиной 12 м или 11.1% длины корпуса между перпендикулярами. Такая компановка КО и МО вызвала необходимость увеличения длины главного паропровода и проведения его через погреба боезапаса средней башни "В", занимавших V отсек (между 21 и 37 шп.) длиной 7,2 м. Главный паропровод проходил в трюме корпуса корабля ниже ватерлинии.
Согласно Эверс [5], по первоначальному проекту мощность на валах составляла 9000 л.с. или 0,9 л.с./т нормального водоизмещения, что должно было обеспечить броненосцам скорость хода 14,9 уз. Прибавка в скорости хода по сравнению с броненосцеми типа "Саксен", составила почти 2 узла.
Однако качественно изготовленные добросовестными и трудолюбивыми немецкими рабочими и техниками паровые машины развили фактическую мощность на валах 10000 л.с. или 1 л.с./т нормального водоизмещения, против 0,62 л.с. у броненосцев типа "Саксен". Это при частоте вращения валов около 110 об/мин. обеспечивало броненосцам скорость хода свыше 16 уз. Согласно Groner [3], мощность машин в 10000 л.с. обеспечила скорость хода 16,5 уз. Фактически все корабли этой серии развивали от 16,3 до 16,9 уз. Согласно источнику [7], скорость хода броненосцев составляла даже 17 уз.