Правил царь Петр и включенные в Манифест признательные показания Степана Глебова, убирая второстепенные детали и имена людей, привлеченных к розыску, и сокращая текст допроса в Преображенском 20 февраля, когда Глебов под ударами кнута во всем сознался и подписал показания «своею рукою». Не это было важно царю, он подчеркивал, что «бывшая царица» обменялась перстнями со своим любовником: «…а против того взяла у него она бывшая царица перстень же с лазоревым яхонтом». По смыслу выходило вроде бы так, как здесь сказано, только в постскриптуме показаний Степана Глебова 20 февраля уточнялось, что этот перстень царица Евдокия взяла не у него самого, а у его жены. Царю Петру такая деталь оказалась не нужна. Составителям Манифеста надо было ни у кого не оставить сомнений, что царица Евдокия и назначенный государственным преступником майор Степан Глебов действовали заодно. «Да у него ж Глебова выняты писма от нее к нему, о том блуде, так же и перстни у них сысканы: ее бывшей царицы у нево Степана, а Степанов у нее. Да у нево ж Степана выняты писма ж о возмущении народа против царского величества». Фраза построена таким образом, что можно подумать, что сам майор Степан Глебов призывал к подобному возмущению. Из материалов же дела было известно другое: Глебов всего лишь высказывал недовольство отягощением народа от податей да действиями самого Петра I, вступившего в новый брак при живой жене.
Два других больших блока Манифеста 5 марта 1718 года были связаны со следствием по делам епископа Досифея и царевны Марьи Алексеевны, которую, конечно, не допрашивали с пристрастием, как остальных, но в итоге все равно примерно наказали, посадив по воле царя на несколько лет в заключение в Шлиссельбургскую крепость. В Манифесте публиковались их собственноручные показания и допросные пункты. Царь Петр лично дописал, что царица Евдокия стремилась возвратиться с сыном «царствовать» (!) по «обольщению» епископа Досифея: «…против чего она спрашивана, для чего она монашеское платье скинула, и она сказала, что как ее епископ пророчествами и видениями святых и гласами от образов подтвержал, что будет по прежнему царицею и с сыном вместе будет царствовать, и она де тому полстилась и монашеское платье скинула». Также рукой Петра добавлены слова о письме епископа Досифея, который «признал себя винна», а личное признание было достаточным для обвинения. Таким образом, обычное утешение царицы Евдокии в церкви превращалось в государственную измену. Что на самом деле думал епископ Досифей, показывают его слова, брошенные другим архиереям, лишившим его сана: «Только я один в сем деле попался. Посмотрите, и у всех, что на сердцах? Извольте пустить уши в народ, что в народе говорят, а на имя не скажу».
Поправил царь Петр и раздел Манифеста, касавшийся показаний царевича Алексея о встрече с царевной Марьей Алексеевной «не доехав Ли-бо[в]у». Царевич откровенно передавал слова тетушки, говорившей о царице Евдокии: «…забыл де ты ее не пишешь, и не посылаешь к ней ничего…», а также рассказывал, что его принудили «написать письмецо к матери». Все это царь Петр перечеркнул и вписал другое, что царевна Марья говорила ему «между иными словами» об «откровении» царицы, по которому она мечтала вернуться во дворец. И дальше все подводилось к вине в этом расстриженного епископа Досифея. «Желает государю смертного конца» правилось в более определенное — «смерти». Царь не допустил появления в тексте Манифеста разговоров своих недоброжелателей, а в них, оказывается, слова «смертного конца» были всего лишь предположением или риторическим оборотом. Далее снова высказывались мысли о возвращении царя, перед угрозой смерти, к первой законной жене. Лучше было бы, говорили в своем кругу епископ Досифей и царевна Марья Алексеевна, чтобы царь «дошел до смертного конца, или бы пришел в чювство для того, что бутто государь живет не з законною женою и о церквах не радит и народ вопиет и церковники обложены». В черновике Манифеста все, что было сказано Досифеем об «отягощении народа» и о «добродетелях к людям» царицы Евдокии, оказалось вымаранным.
Таким образом, большинство обвинений царице Евдокии и ее сторонникам и «сообщникам» оправдывалось государственной целесообразностью, в которую царь Петр свято верил. Тем, кто желал царю Петру смерти (или только смел рассуждать об этом), понятно, уже было не выжить. 14 марта 1718 года в Москве собрались петровские министры для рассмотрения дел по «Кикинскому розыску» о сторонниках царевича Алексея и по Суздальскому розыску о царице Евдокии. «Птенцы гнезда Петрова», конечно, не перечили Петру I и утвердили смертные приговоры. Под приговорами стояли имена князя Ивана Ромодановского, генерал-фельдмаршала Бориса Шереметева, графа Ивана Мусина-Пушкина, генерал-адмирала графа Федора Апраксина, графа Гаврилы Головкина, Тихона Стрешнева, князя Петра Прозоровского, барона Петра Шафирова, Алексея и Василия Салтыковых. К ним можно добавить имя графа Петра Толстого, ведшего розыск на Генеральном дворе в Преображенском. Казнь постигла нескольких людей из окружения царицы Евдокии — Степана Глебова, ростовского епископа Досифея, ключаря Федора Пустынного. Последнего царь лично допрашивал в день казни 17 марта, добившись собственноручно подписанного признания «о том, что бывшая царица, старица Елена, пострижена ведал, а архиерею суздальскому об ней, бывшей царице, что не пострижена, сказал, проча впредь бывшую царицу». Даже состоявшееся решение по делу не остановило следствия. На Генеральный двор продолжали привозить подозреваемых в причастности к делу царицы Евдокии, и к розыску был привлечен еще и правящий суздальский архиерей Игнатий. Но ему повезло: пока он был защищен саном, его не допрашивали с пристрастием, в отличие от расстриженного епископа Досифея, получившего перед казнью 25 ударов.
Приговоренного к смерти певчего царевны Марьи Федора Журавского всё же пощадили, отправив на каторгу. Князю Семену Щербатову тоже сохранили жизнь, урезав язык и вырвав ноздри, после чего сослали на Пустоозеро. Другие подследственные по Суздальскому розыску оказались кто на каторге, кто в ссылке, а упоминавшийся в допросных пунктах царицы Евдокии Михаил Босой попал «на галеру в вечную работу». Наказали и тех, кто произносил «предерзостные слова» или всего лишь «не доносил» о том, что слышал от других, пересылал письма бывшей царице. Пострадали власти и слуги Покровского монастыря. Игуменью Покровского монастыря Марфу и старицу Каптелину, разлученную с царицей Евдокией, сослали в тюрьму в Александровском Успенском монастыре. Михаила Воронина, взятого под стражу Скорняковым-Писаревым, отправили на каторгу, а остальных притянутых к следствию служителей Покровского монастыря — «в Ревель на работу». Наказали батогами суздальских ландратов (по-старому воевод) и их жен — за то, что осмеливались являться на поклон с подарками к царице Евдокии. Им, правда, после наказания «за плутовство и недонесение царскому величеству» оставили свободу. Петровские следователи не остановились на этом и, как уже говорилось, еще несколько лет разыскивали крамолу в Суздале и других местах.
Австрийский резидент Отгон Плейер оказался в дни Суздальского розыска в Москве и записал подробности казни Степана Глебова и наказания других лиц, причастных к делу царевича Алексея Петровича и царицы Евдокии: «За два дня до отъезда моего в С.-Петербург происходили в Москве казни: майор Степан Глебов, пытанный страшно, кнутом, раскаленным железом, горящими угольями, трое суток привязанный к столбу на доске с деревянными гвоздями, и при всем том ни в чем не сознавшийся, 26 (15) марта посажен на кол часу в третьем пред вечером и на другой день рано утром кончил жизнь. В понедельник 28 (17) марта колесован архиерей Ростовский, заведовавший суздальским монастырем, где находилась бывшая царица; после казни он был обезглавлен, тело сожжено, а голова взоткнута на кол. Александр Кикин, прежний любимец царя, тоже колесован; мучения его были медленны, с промежутками, для того, чтобы он чувствовал страдания. На другой день царь проезжал мимо. Кикин еще жив был на колесе: он умолял пощадить его и дозволить постричься в монастыре. По приказанию царя его обезглавили и голову взоткнули на кол. Третьим лицом был прежний духовник царицы, сводничавший ее с Глебовым: он также колесован, голова взоткнута на кол, тело сожжено. Четвертым был простой писарь, который торжественно в церкви укорял царя в лишении царевича престола и подал записку: он был колесован…
