Царь поспешил тайно отправить любимого им Морозова в Кириллов монастырь, а народу выдал окольничего Траханиотова. Новая пошлина на соль отменена была в том же году. После того как народное волнение стихло, Морозов возвратился ко двору, пользовался царским расположением, но не имел первенствующего значения в управлении.
Царь Алексей возмужал и уже более не нуждался в опеке. Мягкая, общительная натура царя нуждалась в советчике и друге. Таким, особенно любимым, другом стал Никон. Будучи в то время митрополитом в Новгороде, где со свойственной ему энергией он в марте 1650 года усмирял мятежников, Никон овладел доверием царским, посвящен был в патриархи 25 июля 1652 года.
Еще в конце 1647 года казацкий сотник Зиновий Богдан Хмельницкий бежал из Украины в Запорожье, а оттуда в Крым. Возвратившись с татарским войском и избранный в гетманы казацкой радой, он поднял всю Украину, поразил польские войска при Желтых Водах, Корсуне, Пилаве, осаждал Замостье и под Зборовом заключил выгодный мир; потерпевши неудачу под Берестечком, он согласился под Белой Церковью.
Мир этот возбудил народное неудовольствие; гетман принужден был нарушить все условия и в стесненных обстоятельствах обратился с просьбой о помощи к «царю восточному». На соборе, созванном по этому поводу в Москве, 1 октября 1653 года решено было принять казаков в подданство и объявлена война Польше. 18 мая 1654 года сам царь выступил в поход, съездив помолиться к Троице и в Саввин монастырь. Войско направилось к Смоленску. После сдачи Смоленска 23 сентября царь возвратился в Вязьму.
Весной 1655 года предпринят был новый поход. 20 июля царь совершил торжественный въезд в Вильну, затем взяты были Ковно и Гродно. В ноябре царь возвратился в Москву. В это время успехи Карла X, короля Шведского, завладевшего Познанью, Варшавой и Краковом, изменили ход военных действий. В Москве стали опасаться усиления Швеции за счет Польши.
15 июля 1656 года царь двинулся в поход к Ливонии и, по взятии Динабурга и Кокенгузена, осадил Ригу. Осада снята была из-за слуха, что Карл X идет в Ливонию. Дерпт занят был московскими войсками. Царь отступил в Полоцк и здесь дождался перемирия, заключенного 24 октября 1656 года. Окончательный мир заключен в Кардисе в 1661 году; по этому миру царь уступил все завоеванные им места. Невыгодные условия Кардисского мира вызваны были смутами в Малороссии и новой войной с Польшей. По смерти Богдана Хмельницкого, в июле 1657 года Иван Выговской провозгласил себя гетманом, изменил Москве, но вскоре изгнан был самими казаками, которые избрали на его место Юрия, сына Богдана Хмельницкого. Юрий присягнул Москве, но вскоре постригся в монахи и заменен на правой стороне Днепра Тетерей.
Пользуясь смутами в Малороссии, Польша отказалась признавать Алексея Михайловича наследником престола и не уступала Москве ее завоеваний. Отсюда возникла вторая польская война. В июне 1660 года князь Хованский потерпел поражение у Подонки, в сентябре – Шереметев под Чудновом. Дела приняли еще более опасный оборот благодаря продолжавшимся в Малороссии смутам.
Царь Алексей Михайлович. Рисунок из «Титулярника»
Тетеря присягнул королю, который появился на левой стороне Днепра, но после неудачной осады Глухова, в начале 1664 года, и успешных действий его противников – Брюховецкого, избранного гетманом на левой стороне Днепра, и князя Ромодановского, ушел за Десну.
Ордин-Нащокин советовал царю отказаться от Малороссии и обратиться на Швецию. Алексей Михайлович отклонил это предложение; он не терял надежды. Благоприятному исходу борьбы способствовали внутренние беспорядки в Польше и переход гетмана Дорошенко, преемника Тетери, в подданство турецкому султану. 13 января 1667 года заключен был мир в деревне Андрусове.
Царь Алексей по этому миру приобрел Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и, кроме того, Киев на два года.
Во время войн 1654–1658 годов царь часто отсутствовал в Москве, находился, следовательно, вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Возвратившись из походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему царя и непочтительно стали относиться к патриарху.
Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды; 10 июля 1658 года он отказался от своего сана и уехал в Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 году на духовном соборе под председательством александрийского и антиохийского патриархов Никон лишен архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь.
В тот же период войн царь Алексей лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, особенно в Вильне и здесь ознакомился с новым образом жизни; по возвращении в Москву он сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои и мебель на немецкий и польский образец. Снаружи резьба не производилась лишь на поверхности дерева по русскому обычаю, а стала фигурной, во вкусе рококо.
Гдва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на соловецкое возмущение и бунт Разина. С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осажденный с 1668 года, он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 года; мятежники были перевешаны.
В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбивши караван гостя Шорина в 1667 году, Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принес повинную. В мае 1670 года он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял черемису, чувашей, мордву, татар, но под Симбирском разбит был князем Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнен в Москве 6 июня 1671 года.
Царь Алексей Михайлович с боярами на соколиной охоте близ Москвы. Художник Н. Е. Сверчков
Сидение царя Алексея Михайловича с боярами в его государевой комнате. Художник А. П. Рябушкин
Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из-за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенки. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному.
Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове, снова перешел на сторону Москвы, но свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 года избран Иван Самойлович. Между тем турецкий султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украины. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собесский, бывший коронным гетманом. Война окончилась двадцатилетним миром лишь в 1681 году.