Подготовка к проведению осенних маневров регламентировалась постановлением кабинета министров от 14 марта, что вызвало новые организационные изменения. Теперь кайзер сам лично назначал командующего флотом. Как и ожидали, им был назначен командующий военно-морской береговой станции Балтийского моря вице-адмирал Кёстер, которого одновременно назначили генеральным инспектором военно-морских сил.
Особенностью проведенных в июле в Северном море маневров 1-й эскадры явилось то, что в оборонительных и наступательных фазах учений приняли участие части Х-го армейского корпуса. Первый этап маневров проходил в Балтийском море и продолжался до 30 августа. Второй этап с переходом вокруг мыса Скаген и учениями в Немецкой бухте продолжался до 7 сентября. Третий этап первоначально должен был также состояться в Северном море. Но распоряжением начальника недавно созданного морского генерального штаба эти планы изменили, и место третьего этапа маневров перенесли в проливы Каттегат и Большой Бельт.
При первом начальнике морского генерального штаба вице-адмирале Бендемане был разработан новый оперативный план, предусматривающий занятие большей частью германского флота оборонительной позиции в проливе Большой Бельт, в то время как меньшая его часть должна была прикрывать мобилизацию на побережье Северного моря и обеспечить усиление береговой обороны. Быстрое соединение обеих частей флота обеспечивалось наличием Кайзер- Вильгельм канала. Этот план строился в расчёте на то. что противник разделит свои силы между Северным морем и проливами Каттегат и Скагеррак, и действиями из пролива Большой Бельт удастся достичь успеха против части британского флота.
Таким способом пытались проверить концепцию, согласно которой основная часть германского флота действовала позади защищенного минными полями пролива Большой Бельт, в то время как меньшая его часть начинала боевые действия из Вильгельмсхафена, что позволяло в случае, когда это было необходимо, отвлечь противника меньшей частью своих сил.
По результатам этого этапа маневров и стоящими за этим планом целями, как обычно, после проработки их в морском генеральном штабе его начальник контр-адмирал Бендеман сделал доклад кайзеру. Однако заложенная в нём целевая установка не нашла у него поддержки. Против высказался также рейхсканцлер князь Клодвиг фон Гогенлоэ-Шиллингсфюрст, поскольку опасался дипломатических осложнений с северными соседями, особенно с Данией. Наконец, статс-секретарь вице-адмирал Тирпиц также имел серьёзные сомнения относительно реальности выполнения этого плана, поскольку при подобном развитии дел и он опасался возвращения к стратегии "малой войны"у побережья и уклонения от "намерения сражаться". 16 сентября осенние маневры 1899 г. закончились проведением "блокады" Киля.
В осенний период изменения расписания командных должностей и корабельного состава привели к дальнейшим организационным изменениям. С поста командующего 1- й эскадрой ушёл в отставку вице-адмирал Томсен, получив пост начальника военно- морской береговой станции Северного моря. Его сменил контр-адмирал Гофман, возглавлявший до этого 2-ю инспекцию морского ведомства. Сменили также начальника 2- й дивизии контр-адмирала фон Витерсгейма, а на его место назначили начальника общего департамента и заместителя статс-секретаря имперского морского министерства контр-адмирала Бюшеля.
Корабельный состав 1-й дивизии остался прежним. В состав 2-й дивизии ввели первый линкор новой серии типа "Кайзер" "Кайзер Фридрих III", что явилось очень важным событием. На период предстоящих этому- линкору цикла длительных сдаточных испытаний "Байерн" стал флагманским кораблем вместо выведенного из состава дивизии "Бадена". С начала октября в состав 2-й дивизии снова вошёл модернизированный к тому времени "Вюртемберг", который, сменив "Байерн", с 14 сентября 1899 г. по 24 января 1900 г. являлся флагманским кораблем дивизии.
Броненосец "Бранденбург"
В сентябре при завершении периода обучения этого года артиллеристы линкора "Курфюрст Фридрих Вильгельм" (старший артиллерийский офицер корабля капитан-лейтенант Фельдт) сохранили за собой учрежденный в 1894 г. приз кайзера за лучшую артиллерийскую стрельбу среди кораблей 1-й эскадры.
1 октября на борту линкора "Курфюрст Фридрих Вильгельм" поднял свой флаг новый командующий эскадрой вице-адмирал Гофман. 15 ноября последовали учения в составе дивизий и всей эскадры. С 8 по 12 декабря 1-я эскадра проводила учения в проливе Скагеррак, при этом 1-я дивизия посетила Кристиансанд, а 2-я Арендаль. Несмотря на плотный туман, возвращение в Киль прошло без задержек, причём вице-адмирал Гофман впервые сумел провести эскадру достаточно сложным для плавания в такую погоду проливом Большой Бельт, тем самым подтвердив свою репутацию отличного штурмана.
Как обычно, в зимний период командующему эскадрой приходилось часто менять свой флагманский корабль, когда "Курфюрст Фридрих Вильгельм" ставили в док или производили на нём плановый ремонт. Можно проследить последовательнось смены флагманских кораблей 1-й эскадры: до 20 октября "Байерн", с 20 октября по 14 декабря "Курфюрст Фридрих Вильгельм", с 14 декабря 1899 г. по 27 января 1900 г. снова "Байерн", с 27 по 31 января опять "Курфюрст Фридрих Вильгельм", с 31 января по 26 февраля "Саксен", с 26 февраля снова "Курфюрст Фридрих Вильгельм".
Если 1899 г. для линкора "Вайсенбург" прошёл без особых происшествий, то с линкором "Вёрт" произошла авария. 25 ноября "Вёрг" на переходе в Киль из Эккерфёрде, где он проводил учебные торпедные стрельбы, сел на мель в месте, оказавшемся вследствие сгона воды дувшими перед тем сильными западными ветрами более мелководным, чем показано на карге. При этом днище корабля при ударе о подводные камни получило пробоины между IX и X отсеками, причём двойное дно под котельными и машинным отделениями оказались залитыми водой. После снятия корабля с мели на переходе в Киль работали все судовые помпы. На верфи в Киле его отремонтировали, но с декабря 1899 г. по февраль 1900 г. "Вёрт" прошел более основательный ремонт на имперской верфи в Вильгельмсхафене, так что в новом году он не смог принять участие в зимнем походе эскадры.
"Бранденбурги" выходят в море. С открытки того времени
1900-1901 гг.
Согласно решению морского кабинета от 25 июня 1900 г., командование флота произвело некоторые организационные изменения: 2-ю дивизию, как оперативное соединение, упразднили, и она оставалась лишь как тактическая боевая единица. Её начальник теперь носил служебное звание "младший флагман" эскадры.
В 1900 г. служебная деятельность линкоров 1-й эскадры началась ранней весной с обычной боевой подготовки по программе одиночного корабля и учений в составе эскадры. Во второй половине марта и апреле после сбора всех эскадр в Киле произвели учебные торпедные и артиллерийские стрельбы, затем последовал поход всего флота в среднюю часть Балтийского моря. С 7 по 26 мая снова состоялся длительный учебный поход в северную часть Северного моря, причём эскадра сначала посетила Шетландские острова (с 12 по 15 мая Лервик), затем норвежские воды (с 18 по 22 мая Сёгне-фиорд и Берген).
