Еще раньше, в мае 1691 года, царица Евдокия лишилась своей матери Устиньи Богдановны. Поскольку речь уже шла не об обычной дворянке, а о матери царицы, то и последние почести ей должны были воздаваться по-особому. В кремлевском Вознесенском и Новодевичьем монастырях хоронили только великих княгинь и цариц или царских дочерей. Некрополь семьи бояр Романовых с древности существовал в Ново-Спасском монастыре. Для погребения тещи царя выбрали Спасо-Андроников монастырь, так как еще ранее там был похоронен Илларион Дмитриевич Лопухин. Так начиналась особая страница в истории этой обители, и позднее связанной с родом Лопухиных. В 1691–1694 годах в Спасо-Андрониковом монастыре была перестроена трапезная с церковью, после ее надстройки получился целый храмовый комплекс. «Программа» его посвящений достаточно определенно говорит о целях строительства. С востока к трапезной был пристроен новый храм во имя архистратига Михаила: так в Спасо-Андрониковом монастыре была устроена своя «архангельская» усыпальница Лопухиных. У церкви был придел Петра и Павла, ибо почитание небесного покровителя мужа — апостола Петра — было для царицы свято. Над сводами нового храма был надстроен четверик с церковью во имя Алексия митрополита. Увенчание нового объема храма церковью во имя небесного покровителя сына, царевича Алексея Петровича, тоже многое объясняет. Так, исподволь, в 1690-х годах создавался монастырь, в котором царица Евдокия могла и хотела бывать очень часто. Но судьба приготовила ей совсем другое монастырское житье…
Несчастный для царицы Евдокии 200-й (1692) год, отнявший ее второго сына царевича Александра, имел далекие последствия. Обычный дворцовый церемониал по поводу ее тезоименитства 4 августа 1692 года решили отменить. Прошло мало времени с траурных дней, чтобы по обычаю принимать бояр и стольников во дворце. Поэтому церемонии в Кремле в день Евдокии, включая традиционное жалование «кубками фряжских питей» и водкою, провел царь Иван Алексеевич. Царская семья уехала еще 22 июля из Москвы, как было объявлено, на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. На самом деле царь Петр повез мать царицу Наталью Кирилловну и царицу Евдокию с сыном царевичем Алексеем в Переславль-Залесский, где строились корабли и новый дворец. В середине августа 1692 года сюда же по распоряжению Петра прибыл Бутырский полк Патрика Гордона, чуть позже приехал любимый царем Франц Лефорт, для которого царь распорядился выстроить собственный дом («очень красивое здание», как говорил о царском подарке сам Лефорт). Царь Петр давал для своих новых любимцев обеды на «адмиральском» корабле и палил из пушек в их честь. Франц Лефорт командовал кораблем под названием «Марс». Хотя флотилия из кораблей и «бригантин» была, как и полки, «потешной». Однажды петровский флот даже простоял целых два дня на противоположной стороне озера, ожидая попутного ветра. Конец этого лета в Переславле-Залесском (как оказалось, последнего из тех, которые царица Евдокия провела рядом с мужем) завершился еще одним празднеством именин царицы Натальи Кирилловны 26 августа. После этого 1–3 сентября двор (сначала царь Петр, а следом — царицы) вернулся в Преображенское на новолетие наступавшего 201-го (1692/93) года, которое при Петре стало праздноваться с иллюминацией, фейерверками и пальбой из пушек.
Царский двор продолжали преследовать несчастья. В конце 1692 года заболела любимая тетушка царя Петра — Анна Михайловна. Петр был на ее постриге в Вознесенском монастыре 18 октября, провожая ее «пешешествием». Это был редкий момент, когда оба царя, царицы и все царевны собрались вместе. Царица Евдокия тоже провожала царевну-инокиню; она, как и старшая царица — жена царя Ивана Прасковья Федоровна, ехала в своем возке. Печальный повод снова собрал всех вместе, когда спустя неделю царевна-инокиня умерла. Петр приехал и на ее погребение, но потом вернулся в Преображенское, а двор тем временем погрузился в положенный сорокадневный траур. В конце ноября ко всем несчастьям серьезно заболел и сам Петр I. Поговаривали даже, что Гордон и Лефорт держали наготове лошадей, чтобы немедленно бежать из столицы при получении страшного известия о смерти их покровителя. Царица Евдокия, напротив, была рядом с мужем. Но все обошлось, царь выздоровел и уже скоро кутил со своими друзьями по-прежнему как ни в чем не бывало.
В Великий пост царь Петр опять один уехал в Переславль-Залесский, но вид замерзшего во льдах Плещеева озера перестал его вдохновлять. Он вынужден был возвратиться в Москву, так как весной 1693 года заболела еще и мать царя — царица Наталья Кирилловна. Пришлось отменить празднование именин царевича Алексея Петровича и царский выход в Алексеевский монастырь 17 марта. Дождавшись, когда мать поправится, Петр получил ее разрешение на новое путешествие. Наслушавшись рассказов Гордона, не раз плававшего по Балтийскому и Северному морям к берегам родной Шотландии, царь сам захотел увидеть море и настоящие корабли. 4 июля 1693 года Петр I двинулся со своим двором из Москвы в сторону Архангельска. Жена царица Евдокия осталась в Москве, по-прежнему рядом с правительницей Натальей Кирилловной.
Вдовствующая царица, видимо, мало думала о чувствах невестки и сама занялась воспитанием внука, а в «мамки» царевичу Алексею была назначена одна из ее родственниц — Прасковья Алексеевна Нарышкина. Когда Наталье Кирилловне было выгодно, она даже использовала трехлетнего ребенка, чтобы возвратить задержавшегося Петра I из казавшегося ей чрезвычайно опасным похода в Архангельск. Тогда от имени царевича Алексея было написано письмо (почерком самой бабушки): «Пожалуй, радость наша, к нам государь, не замешкав; ради того, радость мой государь, у тебя милости прошу, что вижу государыню свою бабушку в печали». Про свою «государыню матушку» царицу Евдокию мальчик в этом письме «не вспоминал»… Петр отвечал, что ждет гамбургские корабли, вышедшие в Архангельск, и обещал скорое возвращение с подарками: «…искупя, что надабет, поеду тот час день и ночь». С своеобразным юмором царь утешал родительницу: «Изволила ты писать, что предала меня в паству Матери Божией; и такова пастыря имеючи, почто печаловать?»
На самом деле Петр пробыл в Архангельске столько, сколько позволяла северная погода, до конца сентября 1693 года. Вернувшись в столицу, Петр проводил время в полюбившихся ему занятиях, устраивая военные смотры с залповой стрельбой из ружей, изучал артиллерийские инструменты, ездил из Преображенского на обеды к друзьям Гордону и Лефорту. Царица Евдокия все больше должна была чувствовать себя оставленной. Начало отлучек Петра и разлада в семье князь Борис Куракин связывал с дружбой Петра с одним из его «робят» — сержантом-преображенцем Бужениновым: «Многие из робят молодых, народу простаго, пришли в милость к его величеству, а особливо Буженинов, сын одного служки Новодевичья монастыря… И помянутому Буженинову был дом сделан при съезжей Преображенскаго полку, на котором доме его величество стал ночевать и тем первое разлучение с царицею Евдокиею началось быть». Царь, по словам автора «Гистории…», «токмо в день приезжал к матери во дворец, и временем обедовал во дворце, а временем на том дворе Буженинаго». Царица Евдокия по-своему пыталась удержать и разжалобить Петра, чтобы побыть с ним рядом, но, увы, ей не очень-то удавалось найти для этого нужные слова. В своих грамотках она не выходила за этикетные ласковые слова, a Piter'a, которым уже видел себя царь Петр, это совсем не трогало. Напрасно царица Евдокия униженно просила мужа о встрече, обращаясь к нему: «государь мой», «радость», «свет мой» и уж совсем невыносимо для «преображенца» и судового плотника Петра — «лапушка».
