Весной 1506 г. (7 апреля он уже был в Вильнюсе) Александр вернулся в Литву. Разочаровавшийся в польской короне (великая княгиня Елена так и осталась некоронованной королевой), парализованный монарх попал под еще большее влияние Михаила Глинского (Иван Глинский был назначен киевским воеводой, Василий Глинский – брестским старостой). Однако это не ослабило солидарность рады панов против притязаний Польши. Сигизмунд был условно признан преемником бездетного Александра (в декабре 1505 г. молдавские послы получили охранную грамоту от имени Александра и Сигизмунда). Здоровье великого князя, которого пытался лечить шарлатан Балинский, еще более ухудшилось в мае 1506 г. В июне, по возвращении старого врача Матфея Блонского, правитель испытал некоторое улучшение, однако было очевидно, что дни его сочтены. Понимая это, Александр решил созвать сейм в Лиде и передать власть Сигизмунду. Прибыв в этот замок, он 24–25 июля составил завещание, в котором передал всё свое наследие младшему брату. Завещание заверили канцлер Польши Ян Ласский, Альберт Табор, Иван Заберезинский, Михаил Глинский, Николай Радзивилл из Гонёндзи Младший.
Поездка Александра в Лиду совпала с начавшимся в мае месяце вторжением крымских татар. В начале третьей декады июля они (около 4000 воинов) встали лагерем близ Клецка; крымчанами командовали два ханских сына. Великого князя пришлось спешно на /514/ носилках доставлять в Вильнюс, а паны собрали свои силы в Лиде 29 июля. 30 июля они выступили, а 31-го достигли Новгородка. Пополнившееся за время похода литовское войско выросло до 7000 воинов. Им командовал гетман Станислав Кишка, а по его болезни – Михаил Глинский. Главной задачей литовцев было не дать татарам отступить. Ночью с 4-го на 5-е и 5-го августа было пройдено около 60 км. Литовцы с юга подошли к реке Лане, в двух местах переправились через нее и атаковали татарский лагерь. После разгрома главных сил противника были уничтожены его разрозненные отряды, пытавшиеся вернуться в лагерь. Отдельные группы, наводившие страх на округу, были выловлены до 8 августа. Пленников освободили.
Победа под Клецком была впечатляющей. Она показала, что с татарами можно сладить, и вселила уверенность в литовское воинство. Хотя она и не предотвратила дальнейших набегов, однако вынудила татар действовать осторожнее; масштаб нападений крымчан заметно уменьшился. Ничего в принципе не изменив, она была воспринята современниками как перелом, положивший конец военным неудачам Литвы. Умирающий Александр II 12 августа еще успел выслушать донесение Михаила Глинского о битве под Клецком. 19 августа великий князь умер (он единственный из Ягеллонов был похоронен в Вильнюсском кафедральном соборе). Узнав об агонии брата, Сигизмунд отбыл из Силезии (где управлял двумя княжествами от имени Владислава) и в день смерти монарха был уже в Мазовии. Рада панов и ее влиятельнейшая верхушка (Михаил Глинский, Иван Заберезинский, Радзивиллы, Альберт Гаштольд), признавая Сигизмунда, стремились подчеркнуть полную независимость страны от Польши. С одобрения других панов Глинский послал гонца к Сигизмунду, приглашая его прибыть в Вильнюс. Демонстрируя свою верность, фаворит покойного монарха встретил королевича с отрядом из 700 всадников. Ягеллон появился в Гродно, а 10 сентября уже был в Вильнюсе.
20 октября 1506 г. сейм избрал Сигизмунда великим князем Литовским. Увенчанный т. н. шапкой Гедимина, Сигизмунд II выпустил привилей, подтверждающий ранее обретенные дворянами права. Отдельной статьей гарантировался суверенитет Литовского государства (с обещанием ничем не унижать раду панов, если придется управлять еще и другой страной). На престол взошел человек с немалым жизненным опытом (младший сын Казимира, рожденный в 1467 г., в истории получил прозвище Старого). Он хорошо разбирался в экономике, неплохо ориентировался в человеческих качествах, умел прибегать к необходимым мерам, не оставлял государственных дел ради развлечений, а роскошь сочетал с гигиеной (каждую неделю купался и менял белье). Сигизмунд был /515/ избран великим князем, невзирая ни на какие договоры с Польшей, обязывавшие одну из сторон не выбирать монарха без уведомления другой стороны. Рада панов делала это, сознательно отметая Мельницко-Петроковские акты. Политический и военный союз с Польшей перед лицом российской угрозы был весьма желателен, однако литовская знать понимала, что поляки сами не замедлят избрать Сигизмунда королем. Сравнивая нынешний случай 1506 г. с избранием Александра II, рада панов основывала свои действия на суверенитете самого государства, а не на возвышении отдельного монарха. Прибывшие в Польшу послы (Луцкий епископ Альберт Радзивилл, гетман Станислав Кишка, великий маршалок Иван Заберезинский) выказали благосклонный взгляд на равноправный союз обеих стран. Сигизмунд появился в Польше в сопровождении военной дружины, большую часть которой составляли литовцы. Поляки избрали Сигизмунда королем 8 декабря 1506 г. Они подчеркнули, что возобновление союза понимают именно как унию, и провозгласили, будто Сигизмунд одновременно избирается и великим князем Литовским. Итак, литовцы обошлись без участия поляков в выборах своего великого князя, а поляки – проигнорировали его избрание в Литве; в такой ситуации Сигизмунду Старому пришлось браться за решение сложной проблемы взаимоотношений обеих стран. Польская делегация, прибывшая в Литву на /516/ Мельницкий сейм (на рубеже 1506–1507 г.), во главе с канцлером Яном Ласским и вице-канцлером Матфеем Джевицким увязывала избрание Сигизмунд с унией и тем обнаруживала смысл польских притязаний. Однако Сигизмунд Старый сразу проявил умение обходить острые углы и, тем самым, удовлетворять обе стороны, – как когда-то его отец. Их энергию он направил в русло заключения военного союза, т. е. оценил важнейшие приоритеты, продиктованные эпохой. Мельницкий сейм принял решение о войне с Россией, ибо она была неизбежна. Василий III стремился к избранию на литовский престол (об этом хлопотала вдова Александра II Елена), что практически означало бы присоединение Литвы к России. Поскольку мирным путем достичь этого не удалось, следовало ожидать удара со стороны крепнущего Московского государства. Возобновленный союз России с Германской империей шел наперекор интересам всех Ягеллонов. Положение Литвы несколько улучшила перемена позиции Крымского ханства. Победа под Клецком показала, что период неудержимых татарских набегов окончен, а Менгли-Гирею не по душе попытки России присоединить Казанское ханство. Теперь крымчане без труда могли достигнуть земель, отнятых Россией у Великого княжества Литовского. Осенью 1506 г. Литва заключила военный союз с Крымом, принеся в жертву Шиг-Ахмата (он был заключен в Каунасе).
Как в Польше, так и в Литве Сигизмунд Старый унаследовал большие долги своего предшественника. Пришлось одалживаться и ему самому. Для расчета с обиженными наемниками Александра II, он взял 5000 золотых у краковского бурмистра Бонара, но и их не хватило. Летом 1507 г. литовский сейм возложил на себя серебщину. С этой поры в сейм стал избираться более широкий круг дворянства. Сигизмунд II сразу сумел привлечь к государственному управлению (и платить за это) дворянскую элиту, уже достаточно созревшую для такой работы. Одобряя, по примеру брата, церковную унию, Сигизмунд вместе с тем искал способы поощрения православных к лояльности. Вскоре он отменил запрет на строительство новых церквей. Должности в русинских землях неукоснительно замещались местными людьми. Бежавший из России /517/ в 1507 г. князь Константин Острогский вновь получил должность гетмана и был назначен луцким старостой, а также волынским маршалком. Литовское государство Константин называл своей родиной.