Хотя сопротивление на мысе Херсонес все еще продолжалось, Манштейн по вполне понятным причинам поспешил доложить в ставку фюрера о взятии Севастополя. 1 июля вечером из сообщения немецкого радио он узнал, что ему присвоен чин генерал-фельдмаршала. По плану после ликвидации остатков советских войск на Херсонесе соединениям 11–й армии предоставлялось некоторое время на приведение себя в порядок, но летчикам VIII авиакорпуса отдых и не снился. Большей части остававшихся авиагрупп предстояло в ближайшие дни перебазироваться в район Харькова, а это значило, что немцы добровольно отказывались от завоеванного с таким трудом господства в воздухе над Черным морем. В распоряжении фон Вильдта, который вернулся к исполнению должности «Fliegerfuhrer Sud», оставались только три ударные группы — ветераны боев над Черным морем III/LG1 (до 12 июля), II/KG26 и I/KG100. Решить все поставленные на последующий период задачи было бы затруднительно, и фон Вильдт не удержался от соблазна оставить у Черноморского флота «добрую память» о VIII авиакорпусе в виде массированного удара по кавказским портам. В качестве официального предлога для организации налетов служили стремления сорвать возможную десантную операцию русских в Крым и эвакуацию войск СОРа.
Между 09.20 и 11.35 2 июля 78 двухмоторных и 40 одномоторных бомбардировщиков в сопровождении примерно трех десятков «мессершмиттов» с некоторыми интервалами по времени атаковали порты Новороссийск, Анапа, Тамань, Темрюк, Ахтари и Ейск, а также анапский аэродром перехватчиков. Несмотря на то что немецкая авиация крупными силами проявляла активность у наших берегов на протяжении двух часов, а в районе Анапы имелась радиолокационная установка «РУС-2», налеты на все пункты оказались совершенно внезапными и сопровождались необычайно тяжелыми потерями. В Анапе немцы потопили транспорт «Эльборус» (970 брт), торпедный катер и шхуну «Днестр», в Темрюке — канонерскую лодку № 4, а в Таманском заливе — торпедный катер № 112. Самые же чувствительные потери были понесены в Новороссийске. Там погибли тяжело поврежденный 27 июня лидер «Ташкент», эсминец «Бдительный», транспорт «Украина» (4727 брт) и спасательный буксир «Черномор». Множество кораблей и судов получили повреждения. Несмотря на то что немецким пикирующим бомбардировщикам все-таки не удалось разбомбить аэродром в Анапе, действия советских перехватчиков оказались на редкость неудачными. Они не только не смогли сорвать налет на Новороссийск, поскольку прибыли туда с большим опозданием, но и сами потеряли два «яка», «миг» и «лагг», сбитых «мессершмиттами» из II/JG77. Немцам налет обошелся в один Ju-88 KG76, уничтоженный зенитками над Новороссийском, и один Bf-109, подбитый огнем с земли над Анапой. Летчик с последнего был спасен после посадки в море летающей лодкой. Столь тяжелые потери ЧФ объяснили «преступно-халатным отношением к своим обязанностям» со стороны командира Новороссийского базового района ПВО полковника Гусева, который в момент подлета самолетов спал (перед этим не спал несколько дней), а его подчиненные запоздали с объявлением воздушной тревоги, поскольку приняли прибывающие самолеты за свои. По приказу Октябрьского Гусев был предан суду военного трибунала и приговорен к расстрелу.
Вернемся к событиям на Херсонесе. В последующие несколько дней организованного сопротивления там уже не было. Тем не менее отдельные группы бойцов, собравшиеся вокруг уцелевших командиров, предпринимали попытки прорваться в горы. В одной из таких попыток 3 июля погиб комиссар 3-й ОАГ Б. Е. Михайлов. Остальные же солдаты скопились под скалами у самого уреза воды и ждали, что за ними придут корабли и катера. Катера действительно показывались почти каждую ночь, но из-за высокого наката и непрекращающегося артиллерийского обстрела не могли подойти к берегу вплотную. В последний раз принять людей с берега удалось в ночь на 3 июля, подобрать с обездвиженных плавсредств — вечером 4-го. Некоторое количество защитников смогло самостоятельно уплыть на Кавказ на подручных плавсредствах. Всего же в период с 1 по 10 июля морским путем из Севастополя спаслось 1726 человек. Спасенные по своим линиям докладывали о ситуации в верхние инстанции. Во второй половине 4 июля маршал Буденный получил шифровку из Генерального штаба за подписью начальника оперативного управления генерала Н. Ф. Ватутина:
«На побережье СОРа есть еще много отдельных групп бойцов и командиров, продолжающих оказывать сопротивление врагу. Необходимо принять все меры для их эвакуации, послав для этой цели мелкие суда и морские самолеты.
Мотивировка моряков и летчиков невозможности подхода к берегу из-за волны неверная, можно подобрать людей, не подходя к берегу, а принять их на борт в 500—1000 м от берега.
Прошу приказать не прекращать эвакуацию, а сделать все возможное для вывоза героев Севастополя».
Буденный немедленно «спустил» шифровку Октябрьскому, который отреагировал на нее довольно нервно:
«Москва, Генштаб. Ватутину, Буденному, Исакову, Алафузову.
Операции по съемке и вывозу отдельных групп начсостава, бойцов СОРа не прекращались и не прекращаются, хотя это связано с очень большими трудностями и потерями корабельного состава.
Подводные лодки прорваться в Севастополь не могут. Все фарватеры противник закрыл своими катерами. О трех подлодках еще не получены сведения, где они, хотя все сроки их возвращения прошли (все находившиеся в тот момент у Севастополя подводные лодки позднее вернулись в свои базы. — М. М.). Вернувшиеся лодки весь путь преследовались авиацией, катерами-охотниками, на каждую лодку сброшены сотни бомб.
Еще не вернулись два катера МО. Сегодня послал еще шесть катеров МО, которые вернулись. Каждый доставил больше сотни человек. Буду продолжать операции. Докладываю, что сопротивление врагу оказывается нормально».
Тем не менее именно в эти сутки оставшиеся без боеприпасов, продовольствия и воды защитники Севастополя начали массово сдаваться в плен. По данным Манштейна, только 4 июля на полуострове Херсонес немцы пленили около 30 тысяч человек. Общее же количество пленных за период штурма, по немецким подсчетам, составило 97 тысяч человек. Вне всякого сомнения, оно было сильно завышено, поскольку немцы включили в число пленных и все гражданское население, которое укрывалось под скалами вместе с войсками. Общее же количество пленных и пропавших без вести, включая тех, кто погиб в боях в дни после окончания организованного сопротивления, составило около 79,5 тысячи. В число пропавших без вести вошло несколько сотен военнослужащих 3-й ОАГ, в первую очередь наземного персонала 12 и 20-й авиабаз.
Логической же точкой в борьбе советской авиации в небе Севастополя можно считать налет на дворец в Ливадии, где вечером 5 июля Манштейн решил провести торжественный прием по случаю окончания крымской кампании. На мероприятие были приглашены все командиры вплоть до батальонного звена, а также все кавалеры Рыцарского креста и Немецкого креста в золоте. Тайну встречи при столь большом скоплении народа сохранить не удалось. Между 17.54 и 18.06 семь ДБ-3 и пять Пе-2 ВВС ЧФ сбросили на бывший царский дворец четыре ФАБ-1000, 32 ФАБ-100, 75 осколочных и 33 зажигательные бомбы. Летчики донесли, что они наблюдали «одно прямое попадание ФАБ-1000 по дворцу, здание разрушено». К счастью, они ошиблись — все бомбы упали мимо, иначе негде было бы главам союзных держав проводить конференцию в феврале победного 1945 года. Летом 1942 г об этом, конечно же, никто не думал, хотя вера в неизбежность поражения нацизма не покидала советских людей даже в этот, один из самых тяжелых моментов Великой Отечественной войны.