Гораздо более печальная участь постигла тех, кто остался на аэродроме Херсонесский маяк. До утра наземный состав 3-й ОАГ занимался уничтожением неисправных самолетов — их просто сбрасывали со скалистого обрыва. В этот момент часть из них была уничтожена артиллерийским огнем (три Як-1 и один И-153) и утренним штурмовым ударом «мессершмиттов» (один УТ-16, три У-26 и один тренировочный УТ-2). Тем не менее на аэродроме все еще оставались три исправных УТ-16. Они входили в состав сводной эскадрильи 23-го шап, которую командование 3-й ОАГ решило оставить на аэродроме, чтобы продолжать ночные удары по войскам противника. Командовать эскадрильей остался сам командир полка капитан М. И. Ахапкин. Не исключено, что оставшиеся машины совершили еще несколько вылетов в ночи на 1 и 2 июля, но их учет вести было уже некому. В связи с общим коллапсом судьба остатков эскадрильи и самого Ахапкина осталась неизвестной. Из свидетельств очевидцев и оперативной сводки ВВС ЧФ ясно только, что на рассвете 2 июля последний уцелевший УТ-16, пилотируемый сержантом Шапкариным, совершил попытку перелететь в Анапу. При этом Шапкарин перевозил в самодельной кабине, прорубленной в гаргроте самолета, адъютанта эскадрильи Гривцова. То ли у самолета отказал старый мотор, то ли он не был рассчитан на такую нагрузку, но у побережья Кавказа «утенок» потерпел катастрофу… Судьба последней машины севастопольской авиагруппы оказалась печальной.
1 июля стал последним днем, когда самолеты люфтваффе принимали участие в массированных налетах против остатков войск СОРа. Даже несмотря на то, что лишенные командиров и боеприпасов советские подразделения утратили способность оказывать организованное сопротивление, темп налетов не спадал. Всего же за пятидневный период финального штурма (28 июня — 2 июля) VIII авиакорпус произвел 4805 самолето-вылетов, или по 961 самолето-вылету в сутки. В создавшихся условиях продолжение столь массированных ударов действительно не могло не отразиться на моральном духе уцелевших защитников. В своих мемуарах М. В. Авдеев приводит свидетельство медсестры 3-й ОАГ Такжейко:
«…Вера Такжейко познала все ужасы отступлений и радости побед, прослужив в армии вплоть до 1946 года. Она оставалась с ранеными в огненном Севастополе даже тогда, когда с Херсонесского маяка взлетел последний советский самолет. Вот что она позднее написала мне об этих днях:
«30 июня 1942 г. улетела вся последняя авиация с Херсонесского маяка. В Севастополь вошли немцы. Все советские части отступили к нашему маяку. Бомбили нас страшно с 5 утра до 21 часа. Бомбы сыпались разных калибров. Вверх жутко было поднять глаза — сплошные самолеты. Кроме того, фашист бил еще из тяжелой мортиры, которая стояла в Бахчисарае. Это был кромешный ад. Я никогда позже за всю войну не видела так много убитых и раненых. Их некуда было девать. Перевязочного материала не было, рвали простыни и перевязывали.
Трудно описать весь ужас, пережитый в последние дни обороны Севастополя. Очень больно было смотреть на раненых, которые просили пить, есть, а у нас ничего не было. Колодцы и склады с продовольствием разбомбили. Армия без питания, воды, но самое главное, не было патронов, нечем было стрелять.
Уходила я из Севастополя 4 июля вплавь, т. е. в 2 часа ночи ушла в море, а подобрал меня в пятом часу утра катер-охотник. Я очень тогда перемерзла и тяжело заболела. Катера эти были посланы за армией для отступления. Подойти к берегу они не могли, берег сильно обстреливался. И вот, кто мог плавать, тот и плыл к катерам, экипажи которых спасали людей и поднимали на борт».
Нет ничего удивительного в том, что в такой ситуации немецкие войска продолжили занимать бывшие укрепления и развалины Севастополя, встречая на своем пути лишь отдельные очаги сопротивления. В 13.15 по берлинскому времени над городскими руинами был поднят флаг со свастикой. К исходу дня немцы заняли бухты Стрелецкая, Омега, но перед позициями 35-й батареи их продвижение затормозилось.
Тем временем Черноморский флот по приказу Буденного пытался произвести обещанную эвакуацию. С этой целью в течение первой половины 1 июля из Новороссийска вышли тральщики «Т-404», «Т-410», «Т-411», «Т-412» и десять сторожевых катеров. Переход занял у них весь день, и только вечером корабли прибыли к мысу Херсонес. При этом «Т-404» и «Т-412», шедшие совместно, попали под удар группы бомбардировщиков. На «Т-404» близкими разрывами оказался заклинен руль, и он начал описывать циркуляции. Осколки пробили магистраль водяного охлаждения правого дизеля и повредили пожарный насос. Устранить повреждения удалось только к 21 часу. Прибыв уже после наступления темноты к мысу Херсонес, с тральщиков заметили, что навигационное оборудование фарватеров частью снято, а частью уничтожено. Опасаясь оказаться на своем же минном поле, командиры тральщиков отказались от продолжения прорыва и повернули в Новороссийск. Утром на обратном пути они спасли 33 человека с тонущей летающей лодки ГСТ (экипаж и 26 человек 12-й авиабазы), которая вылетела от мыса Херсонес накануне вечером. Остальные два тральщика и катера, несмотря на неоднократные налеты небольших групп «юнкерсов», повреждения и потери в экипажах, к позднему вечеру прорвались к причалам 35-й батареи. В отражении воздушных ударов принимали участие несколько пар ДБ-3 и Пе-2 ВВС ЧФ с Кавказа. Так, одна из пар «ильюшиных» пулеметным огнем и стрельбой реактивными снарядами смогла сорвать атаку нескольких «юнкерсов», но от ответного огня потеряла машину лейтенанта Журлова.
В течение дня начальник штаба ЧФ Елисеев продолжал поддерживать с генералом Новиковым связь. В 14.10 он запросил: «Донести: можете ли принять «Дугласы»?», на что получил утвердительный ответ. Затем в 20.10 и в 20.45 от Новикова поступило еще две телеграммы, где говорилось об активности противника и о том, что обстановка продолжает ухудшаться. Тем не менее последняя заканчивалась фразами: «Начсостава 2000 человек [в] готовности [к] транспортировке. 35-я батарея действует». Несмотря на это, Елисеев ответил: «По приказанию командующего ЧФ «Дугласы» и морская авиация присланы не будут. Людей сажать на БТЩ, СКА и ПЛ. Больше средств не будет, эвакуацию на этом заканчивать». Почему Октябрьский так жестоко обошелся с теми, кто своей героической борьбой неоднократно доказывал высокое воинское мастерство и морально-психологические качества? Берег корабли и самолеты, которых после нескольких месяцев попыток снабжать Севастополь оставалось не так уж и много? Или, может, хотел, чтобы в живых осталось как можно меньше свидетелей его позора?
Так или иначе, получив эту телеграмму, в ночь на 2 июля Новиков и личный состав его штаба перешли на сторожевые катера. Сам генерал шел на катере «СКА-0112». Утром он и шедший рядом «СКА-0124» были перехвачены четырьмя немецкими торпедными катерами. В последовавшем бою «СКА-0124» затонул, а «СКА-0112» получил тяжелые повреждения и был взят немцами на абордаж. В плен попал 31 советский военнослужащий, включая генерала Новикова, комиссара 109-й дивизии А. Д. Хацкевича, бывшего командира крейсера «Червона Украина» И. А. Зарубу и еще нескольких старших офицеров. Новиков и Хацкевич погибли в плену, так что полные данные о последних сутках организованной обороны СОРа отсутствуют. Помимо «СКА-0112» и «СКА-0124» утром 2 июля советская сторона потеряла сторожевой катер «СКА-021», который был тяжело поврежден на рассвете немецкой авиацией и затонул около полудня, но уже после того, как находившиеся на нем люди перешли на борт «СКА-023» и «СКА-053».