Царь Федор Иоаннович делает Бориса Федоровича Годунова правителем России. Художник В. А. Чориков
Со Швецией в 1590 году, когда убедились, что Польша не окажет ей помощи, начали войну, причем сам царь выступил в поход в сопровождении Бориса и Федора Никитича Романова. Благодаря этой войне возвращены были отнятые шведами при Иоанне Грозном города Ям, Иван-город, Копорье и Корела.
Отношения с крымскими татарами были натянутые вследствие их частых набегов на южную окраину. Летом 1591 года крымский хан Казы-Гирей с полуторастатысячной ордой пошел к самой Москве, но, потерпев неудачу в мелких стычках с московскими войсками, отступил, причем понес большие потери от преследовавших его русских отрядов.
За отражение хана Борис получил три города в Важской земле и звание слуги, которое считалось почетнее боярского. За этот неудачный поход татары отплатили в следующем 1592 году нападением на каширские, рязанские и тульские земли, причем увели много пленных.
С Турцией московское правительство старалось сохранить по возможности добрые отношения, хотя действовало вопреки турецким интересам: поддерживало в Крыму враждебную Турции партию, старалось возбудить персидского шаха против Турции, посылало цесарскому двору субсидии деньгами и мехами на войну с турками.
В 1586 году кахетинский царь Александр, теснимый с одной стороны турками, с другой – персиянами, отдался под покровительство России. Ему послали священников, иконописцев, огнестрельные снаряды и возобновили крепость на Тереке, построенную при Грозном; оказали помощь против враждебного Александру тарковского владетеля, но защищать против турок не решались. Англичанам, которые пользовались особенным расположением Бориса, в 1587 году позволено было торговать в России беспошлинно вольной торговлей, но в то же время отказано в их просьбе воспретить другим иноземцам торговлю в России.
В высшей степени замечательна деятельность Бориса по отношению к окраинам Московского государства, как колонизатора и строителя городов. В земле черемисов, усмиренных в начале царствования Федора, для избежания восстаний на будущее время был построен ряд городов, населенных русскими людьми: Цивильск, Уржум, Царев, город на Кокшаге, Санчурск. Нижняя Волга, где опасность представляли ногаи, была обеспечена постройкой Самары, Саратова и Царицына, а также постройкой в Астрахани в 1589 году каменной крепости. Построен был город и на отдаленном Яике (Урале).
Для защиты от опустошительных набегов крымцев Борис воздвиг крепости на южной степной окраине: Курск, Ливны, Кромы, Воронеж, Белгород, Оскол, Валуйки, под прикрытием которых только могла идти на юг русская колонизация. Насколько эти укрепления были неприятны татарам, видно из грамоты крымского хана Казы-Гирея, в которой хан, притворяясь доброжелателем московского правительства, убеждает не строить городов в степи, так как они, находясь близко от турецкой и татарской границ, могут тем легче подвергнуться нападению как со стороны турок, так и татар.
Боярин Борис Федорович Годунов и кудесники, предсказывающие ему царствование. Художник А. Д. Кившенко
В Сибири, где по смерти Ермака русское дело казалось проигранным, правительство Федора Ивановича восстановило русское господство. И здесь русская колонизация была упрочена постройкой городов: Тюмени, Тобольска, Пелыма, Березова, Сургута, Тары, Нарыма, Кетского острога и переводом поселенцев из России, преимущественно северо-восточной. Во время правления Бориса также усилено укрепление Москвы постройкой Белого города и воздвигнуты каменные стены Смоленска, сослужившие великую службу в Смутное время.
Ко времени правления Бориса относится учреждение патриаршества, которое сравняло первосвятителя Русской церкви со вселенскими восточными патриархами и дало ему первенство перед митрополитом Киевским. Вместе с тем четыре архиепископии были возведены в достоинство митрополий: новгородская, казанская, ростовская и крутицкая: шесть епископов сделались архиепископами, и вновь явилось восемь епископств. Другим важным событием внутренней истории России была отмена Борисом Юрьева дня, то есть права свободного перехода крестьян от одного владельца к другому.
Из указа царя Василия Ивановича Шуйского узнаем, что «царь Федор по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьян заказал». Указа о прикреплении не сохранилось, но он должен был относиться к первым годам царствования Федора, как видно из царского указа 1597 года. Целью прикрепления было обеспечить государственную службу помещиков и платеж повинностей, а это требовало необходимо твердой оседлости земледельческого класса. Прикрепление совершилось в интересах мелких служилых людей, которые при праве свободного перехода не могли выдерживать конкуренции с крупными светскими землевладельцами, а также с духовными, которые привлекали крестьян на свои земли более льготными условиями. Указ о воспрещении перехода не позволяет, однако, считать Бориса основателем крепостного права, так как оно было создано жизнью, а не законодательным актом.
В 1591 году совершилось событие, имевшее огромное влияние на судьбу Бориса: 15 мая в Угличе погиб царевич Дмитрий, причем жители Углича перебили людей, заподозренных ими в убийстве царевича. Следствие, произведенное на месте особой комиссией, присланной из Москвы, выяснило, что царевич, страдавший падучей болезнью, был не убит, но, играя в тычку ножом, в припадке упал на нож и зарезался. Народная молва обвинила в убийстве Бориса.
Насколько действительно Борис виноват в преждевременной смерти царевича, остается до сих пор темным. Обвинение же Бориса в убийстве основывается главным образом на соображении, что смерть Дмитрия была в интересах Бориса: она не только спасала его от опалы в будущем, но и очищала дорогу к престолу. После угличского происшествия клевета не раз чернила Бориса, обвиняя его в различных злодеяниях и нередко истолковывая лучшие действия его в дурную сторону.
Вскоре после смерти Дмитрия в Москве вспыхнул сильный пожар, истребивший весь Белый город. Борис старался оказать всевозможную помощь погорельцам, и вот пронесся слух, что он нарочно велел зажечь Москву, чтобы милостями привлечь ее жителей. Нашествие крымского хана Казы-Гирея под Москву летом 1591 года приписывалось также Борису, который будто бы желал тем отвлечь внимание народа от смерти Дмитрия. Не пощадили Бориса даже от обвинения в смерти царя Федора, беспотомственная кончина которого ставила Бориса, имевшего много врагов, в трагическое положение.
Борису Годунову предлагают царство. Неизвестный художник
Борису оставалось одно из двух: или достижение престола, или падение, которое в лучшем случае привело бы его в монастырь. Не только ради честолюбия, но и ради самосохранения он избрал первое. По смерти Федора, последнего царя из династии Рюриковичей, все присягнули царице Ирине, чтобы избежать междуцарствия, но она, чуждая властолюбия, удалилась в московский Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры. За Ириной последовал в монастырь и брат. Управление государством переходит в руки патриарха и боярской думы, а правительственные грамоты издаются по указу царицы Ирины. Во главе правительства стал патриарх Иов, действиями которого руководила не просто преданность Борису, но глубокое убеждение, что Борис человек наиболее достойный занять престол и что избрание его в цари обеспечит порядок и спокойствие в государстве.