Расставшись с папой на подступах к Ферраре, он проследовал далее через венецианские и французские заградительные кордоны в позолоченной карете до Местре, где его ждал непомерных размеров собственный корвет, чтобы перебраться по воде в Венецию. Снаряжение и убранство его парусников были притчей во языцех. Помимо женщин не меньшей его страстью были корабли, кареты и рысаки. В Венеции его ждала новая пассия юная Франческа Ордеаски. Пресытившемуся ласками известной римской куртизанки Империи, любвеобильному Агостино захотелось чего-то нового и не познавшего порока. Он привёз Франческу в Рим и поместил в один из женских монастырей, куда мог беспрепятственно войти днём и ночью, чтобы лелеять свежий едва распустившийся цветок, вобравший в себя ароматы лугов лагуны. Вместе с девицей он привёз с собой венецианского живописца Себастьяно Лучани, сиречь Дель Пьомбо, заинтересовавшись его работами.
Ещё 10 ноября 1510 года имя Киджи появилось рядом с именем Рафаэля в связи с заказом на изготовление двух бронзовых тондо, к чему был привлечён перуджинский друг художника гравер Чезарино Россетти. Была ли та работа выполнена, неизвестно. Первый контракт, заключённый Рафаэлем с банкиром, касался написания фрески в фамильном приделе Киджи в церкви Санта-Мария делла Паче близ площади Навона. На небольшом пространстве, ограниченном мраморной аркой и фризом, Рафаэль изобразил сидящих сивилл, лишний раз подтверждающих своими пластическими формами, что микеланджеловские фигуры сикстинского плафона оказали на него сильное влияние. Но он не стал переносить их мускулистые фигуры с бицепсами на фреску, придав им женственность и грациозность в полном согласии со своей поэтической натурой. Из воинственных прорицательниц они превратились у него в нежных задумчивых муз. Над ними парят или сидят рядом ангелы с пергаментными свитками и надписями на греческом, оповещающими о грядущем приходе Спасителя. Все фигуры на красном фоне и словно окрашены полуденными лучами солнца, как и на фреске «Афинская школа». Считается, что по просьбе заказчика в образе крайней слева сивиллы запечатлена куртизанка Империя, которую Агостино продолжал одаривать вниманием, как и многие римские аристократы.
Когда фреска была открыта для всеобщего обозрения, в церкви побывал Микеланджело. Кто-то из знакомых поинтересовался его мнением о фреске и её цене.
— Работа стоящая, хотя и не лишённая заимствований, в чём урбинец явно преуспел, — последовал ответ.
Что же касается цены, то он назвал сумму, вдвое превышающую выплаченную автору по контракту казначеем банкирского дома Киджи. Узнав об ответе Микеланджело, банкир приказал казначею:
— Отнеси скорее недоданную сумму, пока автор не одумался и не запросил отдельную плату за каждую голову.
С той поры между Рафаэлем и банкиром установились дружеские отношения, вызывавшие недовольство папы, ревностно следившего за каждым шагом своего любимца. Но Агостино уговорил Юлия согласиться, чтобы его художник поработал и на него, пока ученики по подготовительным картонам накалывают на стену очертания будущих росписей. Перед напористым банкиром оказывался бессилен даже папа римский.
Так Рафаэль появился в зимнем зале дворца Фарнезина с окнами, выходящими на Тибр, где автор архитектурного проекта дворца Перуцци расписал также плафон, изобразив счастливый гороскоп хозяина, а привезённый из Венеции Дель Пьомбо успел написать над входной дверью Полифема, сидящего со свирелью в руке и смотрящего влюблёнными глазами на море, где резвятся нимфы. Здесь же были и другие морские сюжеты, написанные Со́домой.
Увидев работы коллег, Рафаэль решил продолжить овидиевскую тему «Метаморфоз», о чём просил заказчик, большой любитель моря, приносившего ему благодаря мощной флотилии баснословные доходы. Свой дворец Фарнезина он называл «храмом любви», где вскоре объявилась дама сердца требовательная Маргарита Гонзага, народившая ему за семь лет пятерых внебрачных детей, но развода с первой женой получить пока не удалось. Эта история закончилась взбудоражившим весь Рим неожиданным финалом, о чём будет сказано далее.
Своим вхождением во дворец Фарнезина Рафаэль утвердил там культ Амура. Обращение к миру античной мифологии означало для него проникновение в мир красоты и совершенства: В отличие от знаменитой картины «Рождение Венеры» Боттичелли для Рафаэля античный мир — это не хрупкая мечта, а мир, населённый полнокровными героями с их беспечной чувственной красотой. Они преисполнены духа свободы от предрассудков и сдерживающих этических норм. В Фарнезине он создал одну из самых замечательных фресок — «Триумф Галатеи», в которой нетрудно найти параллель с 118-й октавой первой песни «Стансов на турнир» Полициано. Полуобнажённая нимфа в развевающейся на ветру ярко-красной накидке, стоя на перламутровой раковине, скользит по волнам. В руках у неё вожжи, которыми она правит двумя впряжёнными в раковину дельфинами, ловко увёртываясь от стрел парящих над ней трёх амуров. Вокруг другие мифологические персонажи морской стихии — наяды и похотливые тритоны с лошадиными копытами. Вся картина дышит безудержной радостью жизни.
Появление рафаэлевской Галатеи — новой богини любви затмило многие женские образы, появившиеся ранее в Риме за всю его более чем двухтысячную историю. Правда, сам Рафаэль довольно скромно отозвался о своей работе в письме другу Кастильоне: «Я считал бы себя великим живописцем, если бы в Галатее была хоть половина той красоты, которую Вы в ней находите, но в этих словах я вижу лишь Вашу ко мне дружбу».
По заказу Киджи в мастерской Рафаэля были изготовлены раскрашенные картоны для покрытия мозаикой плафона капеллы в римской церкви Санта-Мария дель Пополо, приобретённой банкиром у бывших владельцев при содействии папы и главы ордена августинцев Эджидио да Витербо. Рафаэлю принадлежит также проект её архитектурного оформления и лепного декора. Вспомнив работу Перуджино в Меняльной бирже, он поделил сферический свод капеллы на восемь сегментов, украшенных орнаментом на золотом фоне с изображением планет, которые олицетворяют Аполлон, Венера, Диана, Сатурн, Марс и другие божества, а над ними величественная фигура Бога Отца. Один из ангелов держит ленту пергамента со словами: Fiant Luminaria in firmamento coeli — «Да будет светило на тверди небесной». Мозаика была выполнена венецианцем Алвизе да Паче, с которым у Рафаэля завязалась дружба, равно как и с флорентийским скульптором Лоренцо Лотти по прозвищу Лоренцетто, изваявшим по его рисункам для капеллы Киджи статуи пророков Ионы и Илии. Четыре года спустя он же изготовил надгробие Рафаэля. В 1654 году мозаику почистил и отреставрировал Бернини.
Пока Рафаэль с командой трудился в ватиканских станцах, в конце апреля 1512 года французы начали спешно ретироваться из центральных областей Италии из-за угрозы вторжения Испании и Англии на их территорию. Воспользовавшись отходом неприятеля с прежних позиций, Юлий II решил примерно наказать флорентийцев за их пособничество захватчикам. Операцию он поручил, не без умысла, кардиналу Джованни Медичи, который спал и видел, когда ненавистный республиканский режим будет свергнут. Ему в помощь был выделен отряд союзников испанцев, которым была обещана богатая добыча. 30 августа того же года кардинал Медичи с вверенными ему отрядами подошёл к крепостным стенам города Прато под Флоренцией. Сопротивление защитников было подавлено огнём артиллерии, и через брешь в стене Прато был взят штурмом. Довольный успехом кардинал отдал поверженный город на откуп испанской солдатне. Богатый Прато, славящийся своими текстильными мануфактурами, был дочиста разграблен и залит кровью.