Уже в 1942 г. партизаны стали представлять для вермахта серьезную проблему. Если первоначально, как писал в отчете один из начальников полевой полиции вермахта (geheime Feldpolizei), «сельские жители видели В немецких солдатах освободителей от большевистского ига, ожидали от них ликвидации колхозов и справедливого раздела земли», то в дальнейшем «все сильнее стало замечаться известное изменение настроений». Эти изменения произошли вследствие политики реквизиций. В отчете новые настроения крестьян характеризовались фразой «Сталин оставил в нашем хлеву, по крайней мере, одну корову, а немцы отняли и эту». Дружественно настроенные по отношению к немцам бургомистры говорили по поводу реквизиций: «Насильственно и незаконно отобранная у крестьянина корова означает лишних двух партизан в лесу». В этом же отчете говорилось, что особенно плохо дело обстоит с беженцами — они питаются хлебом, выпеченным из гнилой прошлогодней картошки, смешанной со мхом и мусором. Неудивительно, что много беженцев присоединяется к партизанам. Полевая полиция вермахта была озабочена не только сменой настроений населения, но и местными методами ведения войны. В том же отчете отмечалось, что многие задержанные имели при себе яды, в том числе мышьяк, морфий, стрихнин; они были предназначены для отравления пищи и колодцев.
Сначала Гитлер был доволен началом партизанской войны: «Она дает возможность истреблять всех, кто будет против нас». СС были номинально ответственны за «порядок» на оккупированной территории, но по приказу ОКВ от 16 июля 1941 г. эти обязанности возлагались и на регулярную армию. Действие репрессивных мер, однако, оказалось обратным — они вызвали рост партизанского движения. Неожиданно особое значение получил «национальный» характер борьбы, который Сталин стал ставить выше идеологических и партийных доктрин. Партизаны со временем начали наносить удары по немцам не ради пищи и добычи трофеев, а ради отмщения. По самым скромным оценкам, на оккупированной территории осталось не менее 250 тысяч вооруженных людей, бывших красноармейцев, так называемых «окруженцев», которых советские функционеры начали усиленно организовывать, снабжать и воодушевлять. Многие из этих людей стали опять ощущать себя солдатами, хотя, строго говоря, таковыми не были.
На пике завоеваний на Востоке немцы оккупировали территорию в 2,5 миллиона км2 и должны были позаботиться не только о собственных коммуникациях и связи, но и о снабжении и безопасности крупных городов. В некоторых городах немцы были очень долго: так, Псков был захвачен вермахтом 9 июля 1941 г., а освобожден 23 июля 1944 г.; на территории Крыма немцы были с ноября 1941 г. по май 1944 г. Жизнь продолжалась и в войну, нужно было организовать управление захваченными территориями. Любопытно отметить, что командование вермахта, безусловно, было менее враждебно христианству, чем большевики, а может быть, нацистское руководство стремилось использовать Православную церковь в своих целях: в захваченных районах РСФСР оккупанты открыли 2150 храмов. Интересно, что в этих церквях служили и после 1945 г., до начала хрущевских гонений на церковь в начале 60-х гг.
Занятые вермахтом советские районы были разделены на рейхскомиссариаты, генеральные округа, области, округа и уезды. По состоянию на 1 января 1941 г., население СССР составляло 195,4 миллиона (для сравнения — на 1 сентября 1939 г. население Германии, Австрии, протектората Богемии и Моравии составляло 80,6 миллиона человек). В оккупированных областях проживало не менее 60–65 миллионов советских граждан. Указом Гитлера на территории СССР были введены доселе невиданные территориально-административные единицы: округ Белосток (под управлением оберпрезидента Восточной Пруссии), дистрикт Галиция в составе Львовской, Дрогобычской, Станиславовской, Тернопольской областей (под управлением генерал-губернаторства), рейхскомиссариат Остланд в составе Литвы, Латвии, Эстонии и северной части Белоруссии под собственным управлением, рейхскомиссариат Украина в составе восточной части Украины, южной части Белоруссии и Крыма. На будущее планировалось создать еще два рейхскомиссариата: Кавказ и Москва.
В румынскую оккупационную зону вошли три «губернаторства»: Бессарабия, Северная Буковина и Трансистрия (Одесская область). Финляндия ограничилась созданием на отвоеванных территориях Военного управления восточной Карелии. Сведения об административной структуре оккупированных районов важны, поскольку в разных административных районах управление осуществлялось автономно и по-разному: среди коллаборационистов встречались люди, которые сотрудничали с немцами отнюдь не из шкурных интересов; точно так же советские партизаны порой становились для мирного населения не меньшим бедствием, чем сами оккупанты.
Самой крупной территориальной единицей, созданной оккупантами, являлся административный округ. Так, были организованы Орловский и Брянский округа. В Орле, Брянске, Новгороде и Смоленске существовали городские управы, а в Пскове — уездная управа. Эти учреждения подчинялись местным комендатурам вермахта. Управы действовали под руководством «городского головы» или «обер-бургомистра».
Значительно лучше, чем в зоне действия гражданской администрации, где творили произвол опергруппы СД и полиции безопасности, было положение в зоне ответственности армии. Здесь власть принадлежала вермахту, командиры которого назначали старост, бургомистров и определяли порядок жизни местных жителей. Этот порядок мог быть порой и вполне сносным — так, Е. А. Скрябина, дочь бывшего депутата Государственной Думы, 15 ноября 1942 г. отмечала в дневнике: «Большая часть населения Пятигорска «приняла» немецкую оккупацию. Произошло это потому, что немцы предоставили полную свободу частному предпринимательству. Процветают не только частные предприятия, но и отдельные коммерсанты: они пекут пирожки и продают их на рынках, предлагают свою продукцию в ресторанах и кафе, работают официантами и поварами, торгуют квасом и минеральной водой. Знающие немецкий язык работают в немецких учреждениях переводчиками и курьерами, за что в дополнение к зарплате получают еще и продовольственные пайки. В церквях идут службы, венчания и крещения. Приводятся в порядок церкви и цветники. Открыты театры. Они всегда переполнены, и билеты нужно заказывать за несколько дней до спектакля».
В сельской местности самым главным для нацистов было изъятие продовольствия, которое, как правило, сопровождалось насилием, хотя пропаганда требовала от местного населения «благодарности к немцам-освободителям» и «совместных жертв в борьбе против большевизма». Большая часть собранного хлеба и продовольствия отправлялась в Германию или использовалась вермахтом, и лишь небольшая доля выдавалась городским жителям, работавшим на немцев. При условии обязательной «продажи» крестьянами сельскохозяйственных продуктов, в 1942 г. оккупантами были установлены следующие расценки (за 1 кг): рожь и овес — 2,50 руб., пшеница — 3,40 руб., горох — 3 руб., картофель — 60 коп Партизаны, впрочем, сообщали, что во многих областях деньги и боны вообще не выдавались — продукты просто конфисковывали. Если за корову оккупанты и платили, то эта сумма значительно отличалась от рыночной: например, тыловые службы вермахта выплачивали 400–500 руб., а на рынке она стоила 25 тысяч. Чтобы представить себе масштабы цен, достаточно сказать, что буханка хлеба стоила до 300 руб., чай без сахара в столовой — 2 руб., первое блюдо с мясом — 12 руб.