Это событие, т. е. посвящение новых православных епископов и митрополита, было сильным ударом для унии, и, конечно, весть о нем возбудила великий гнев среди латинского и униатского духовенства. Особенно негодовал Велямин Рутский. По его просьбе король издал универсалы, в которых объявил Феофана самозванцем, шпионом турецкого султана и посвящения его недействительными, а поставленных им епископов своими ослушниками и бунтовщиками, находящимися вне закона, которых приказывал ловить и бросать в тюрьмы. Поэтому новопосвященные не спешили к своей пастве и на первое время должны были скрываться. Но польское правительство пока ограничивалось угрозами и не прибегало к действительным мерам, потому что внешние опасности не только не миновали, а еще усилились. В том же октябре 1620 года поляки потерпели от турок ужасное поражение под Цецорой, где пал сам знаменитый гетман Жолкевский; Речь Посполитая более чем когда-либо нуждалась в помощи Сагайдачного и запорожских казаков. Эти политические обстоятельства заставили польское правительство действовать умеренно и осторожно по отношению к новопоставленной православной иерархии и не приводить в исполнение означенных королевских универсалов. Таким образом, борьба с нею прка ограничивалась литературною полемикой. На обвинение патриарха Феофана в самозванстве и вытекающей отсюда недействительности его рукоположения ответил целым сочинением Мелетий Смотрицкий, который около того времени Виленским братством был выбран в архимандриты Святодуховского монастыря, после кончины любимого и уважаемого архимандрита Леонтия Карповича. Сочинение Мелетия было издано тем же братством под заглавием «Оправдание невинности» (Werificatia niewinnosci): тут опровергались все клеветы, взводимые на патриарха и посвященных им епископов. В ответ на это опровержение Троицкие, т. е. униатские, монахи под руководством самого В. Рутского, издали сочинение, названное «Двойная вина» (Sowita wina), в котором опять доказывали законности унии и незаконность новой православной иерархии. А на него Смотрицкий написал «Оборону оправдания» (Obrona Werificacii). И после того обе стороны продолжали обмениваться полемическими изданиями. К той же эпохе относится знаменитая Палинодия, сочинение Захария Копыстенского. Виленский униатский архимандрит Лев Кревза написал «Оборону унии» (изданную в 1617 году); Палинодия Копыстенского явилась ответом не только на эту книгу (в 1621 — 22 г.), но и на разные другие полемические сочинения противников православия.
Во время сей жаркой полемики митрополит Иов Борецкий и Мелетий Смотрицкий получили даже охранные королевские грамоты, благодаря которым решились прибыть на Варшавский сейм в начале 1623 года, чтобы лично хлопотать об утверждении православных иерархов. Хотя они и не добились формального утверждения, но все же в борьбе между унией и православием наступило было некоторое затишье или перемирие. Благодаря деятельности Киевского братства и Печерской лавры, а в особенности удачному выбору Иова Борецкого на пост митрополита, Киев снова получил первенствующее церковное значение в Западной Руси; сюда переходит из Львова и Вильны центр религиозного и просветительного движения, охватившего ее православное население.
Окончательно этому переходу способствовала трагическая судьба Иосафата Кунцевича, вновь обострившая борьбу унии с православием и вызвавшая усиленные гонения на последнее.
Архимандрит виленского Троицкого монастыря и ревностный сотрудник Велямина Рутского, «душехват» Кунцевич в 1618 г., по смерти униатского полоцкого архиепископа (Гедеона Брольницкого), был назначен его преемником. На этом посту он дал полную волю своему фанатическому усердию к распространению унии. Такое усердие вызвало многие протесты и даже мятежи со стороны населения. Например, города Могилев и Орша, при приближении Кунцевича, зазвонили в вечевой колокол, вооружились и заперли перед ним ворота. По его жалобе светская власть грозила наказать граждан как мятежников, приговорила зачинщиков к смертной казни и отменила ее только под условием принятия унии и передачи ей всех Могилевских церквей.
Посвященный на Полоцкую кафедру, архимандрит виленского Святодуховского монастыря Мелетий Смотрицкий не мог равнодушно видеть успехи унии в своей епархии и начал рассылать к ее жителям красноречивые увещания, чтобы они твердо держались веры своих отцов. Его увещания производили впечатление и не только препятствовали успехам унии, но и многих уже совращенных вернули в лоно православия. Тогда Кунцевич усилил свое рвение и стал часто прибегать к насилиям. Он вооруженною рукою отнимал у православных монастыри и церкви, совершал в них униатское богослужение или просто их запирал и запечатывал. Не оставлял в покое даже и мертвых. Например, православный полоцкий мещанин не хотел призывать униатского попа и похоронил своего сына на церковном кладбище без всяких обрядов; Кунцевич велел его вырыть и похоронить с обрядами. Но мещанин и его приятели воспротивились тому силою, прогнали униатского попа с его причтом, а тело опять закопали. Были и такие случаи, что Кунцевич приказывал вырывать тела православных из могилы и отдавать их на съедение собакам.
Не находя достаточно энергичной поддержки у литовского великого гетмана и Виленского воеводы, пресловутого Льва Сапеги, он обратился к нему с укорительным посланием. На это послание Сапега, в марте 1622 года, ответил пространным письмом, где, в свою очередь, укорял Кунцевича в слишком жестком нехристианском образе действия и увещевал его поступать мягче и умереннее.
«Господь, — пишет он, — призывает к себе кротким словом: приидите ко Мне все и пр.; вы же учинили насилие и заставили народ русский ожесточиться и забыть свою присягу его Королевскому величеству». «Надобно, конечно, пещись о том, чтобы было едино стадо и един пастырь, но при этом поступать благоразумно и сообразоваться с обстоятельствами времени». «Прочтите житие всех благочестивых епископов, прочтите Златоуста, там вы не найдете ни жалоб, ни судебных исков и позвов»; «а у вас земские суды, магистраты, трибуналы, канцелярии полны позвов, тяжб, доносов; чем не только нельзя утвердить унию, но и последний союз любви уничтожится, а сеймы и все правительственные учреждения наполнятся заботами и раздорами». «Уния виновница несчастий. Когда чините насилие людской совести или запираете церкви, дабы христиане без священных обрядов и треб пропадали как неверные, тогда обходитесь без нас; а когда оттого происходят в народе беспорядки, то мы должны их усмирять». Но не сочувствие к страданиям православного русского народа руководило Сапегою в этих упреках, а неблагоприятные политические последствия унии для Речи Посполитой в отношении к Москве и особенно опасение возмутить казаков, которые были нужны при продолжавшейся войне с турками. «Уния, — говорит он, — отторгла от нас Новгород-Северский, Стародуб, Козелец и многие другие крепости; да и ныне она есть главною виною тому, что народ московский отвернулся от королевича, как это видно из писем русских бояр к вельможам великого княжества Литовского». О казаках прибавляет: «От их повиновения больше государству пользы, нежели от вашей унии». А на жалобу Кунцевича об опасностях, угрожавших его жизни, канцлер заметил только, что «каждый сам бывает причиною своего несчастия». Подобные увещания, однако, не могли обуздать фанатизм Кунцевича; он продолжал свою разрушительную деятельность, пока и сам не сделался ее жертвою, чем и оправдал последнее замечание Сапеги.