2. Группа «Орел» — 40 человек — уничтожить иностранную военную миссию при штабе Тито.
3. Группа «Штирмер» — 50 человек — уничтожить личный состав советской военной миссии. Эта миссия именовалась «Moskau».
4. Группа «Брешер» — 50 человек — уничтожить американских инструкторов,
5. Спецгруппа, составленная из 50 парашютистов СС, бранденбуржцев, переводчиков из состава 7-й горно-стрелковой дивизии СС «Принц Ойген», — уничтожить радиоцентр партизан, захватить шифры и оборудование.
6. Резервная группа — 20 парашютистов — должна была обеспечить охрану периметра боевых действий и при необходимости оказать помощь другим группам.
Кроме десантников СС, к операции были привлечены части 7-й дивизии СС «Принц Ойген», 1-й горнострелковой дивизии, 92-й пехотный полк вермахта, 373-я хорватская пехотная дивизия, 2-й и 3-й полки соединения «Бранденбург-800», 300 усташей, 500 четников.
Каждому немецкому военнослужащему была вручена фотография Тито, которого предписывалось взять живым или мертвым. Члены советской военной миссии во главе с генералом Н.В. Корнеевым были объявлены вне закона и подлежали уничтожению на месте.
Немцам и их союзникам противостояли батальон охраны ставки, слушатели офицерской школы и батальон инженерной бригады Национальной освободительной армии Югославии, усиленные к тому же несколькими танками. Сам штаб Тито размещался в пещере, вход в которую находился на высоте 70 метров над землей.
Операция началась 25 мая 1944 года в 7 часов утра. Высадившись, 1-я штурмовая группа обеспечения попала под столь плотный огонь охраны штаб-квартиры Тито, что это сковало ее действия по подготовке плацдарма для высадки других десантников. В это время глава югославского Сопротивления под прикрытием охраны и с советскими советниками благополучно бежал по побережью. Несмотря на изначальный провал операции, десантники атаковали цитадель. Высадившаяся под огнем группа Рыбки развила наступление, но вскоре командир был ранен в руку осколками гранаты. Постепенно десантники стали пробиваться сквозь огонь и сумели овладеть крепостью. К утру 26 мая 1944 года на помощь пробились части 7-й дивизии СС.
Операция по захвату Тито провалилась, десантники понесли ощутимые потери, Рыбка был помещен в госпиталь, а личный состав батальона продолжал воевать с партизанами. В ходе боя десантниками были захвачены два офицера из состава британской военной миссии. Потери немецкой стороны составили 1200 человек и в их числе — 400 парашютистов.
Тито, члены его политбюро, штаба НОАЮ, офицеры американской, английской и советской миссий сумели выбраться из кольца на восток и 4 июня были эвакуированы советским самолетом в Бари.
В начале июня 1944 года личный состав 500-го батальона был передислоцирован в город Любляну для пополнения и реорганизации. 26 июня 1944 года командование батальоном принял гаупштурмфюрер СС Зигфрид Милиус. По состоянию на 30 июня 1944 года в батальоне насчитывалось 15 офицеров, 81 унтер-офицер и 196 рядовых.
Советское летнее наступление в Прибалтике и выход из войны Финляндии послужили причиной для выделения из состава батальона 292 человек. Эта группа десантников была подчинена морскому командованию в Готенхафене на побережье Балтийского моря. 29 июня 1944 года батальон был переброшен с Балкан на Восточный фронт. Его личный состав планировалось использовать как десант для высадки на остров Ааланд, но ко времени прибытия батальона на фронт обстановка изменилась и план захвата острова был отменен. Батальон был переведен под Нарву в состав 3-го танкового корпуса СС. Здесь десантники также не задержались и были переброшены из Раквере в Каунас, на северный фланг группы армий «Центр». После прибытия в район боевых действий 3-й танковой армии генерала Хассо фон Мантейфеля батальон был придан 39-му танковому корпусу и действовал в составе боевой группы вместе с 1-м танковым полком «Гроссдойчланд», основной задачей которого был прорыв к окруженному 11-му армейскому корпусу в Вильнюс. Парашютисты СС использовались в качестве танкового десанта в атаках на шоссе Каунас — Вильнюс. Позднее они сдерживали танковый прорыв на Вильнюс с юго-востока. Тяжелые бои на подступах к литовской столице, в которых участвовал батальон, позволили немцам в относительном порядке эвакуировать войска из города. Парашютисты СС принимали участие в боях у местечка Расейняй, северо-западнее Каунаса. В ходе боев батальон понес большие потери, и его численность дошла до 90 человек. После нескольких дней отдыха в сентябре 1944 года батальон вновь вступил в полосу боев, в качестве усиления «Гроссдойчланда» и 39-го танкового корпуса. Последний бой 500-го батальона состоялся на Восточном фронте в начале октября в районе города Мемеля (Клайпеда).
Здесь совместно с частями 7-й танковой дивизии парашютисты СС предприняли попытку остановить советское наступление. После этого остатки батальона были выведены с фронта и направлены в город Цихенау в Восточную Пруссию. Позднее подразделение было переброшено в район города Дойч Ваграм в Австрии, затем соединилось с запасной ротой батальона. На базе этого людского состава был сформирован новый 600-й парашютно-десантный батальон СС.
15 октября 1944 года часть личного состава 600-го батальона вместе с Отто Скорцени участвовала в операции «Панцерфауст», в результате которой венгерский регент адмирал М. Хорти был смещен, а Венгрия осталась союзником рейха. После завершения операции личный состав был направлен в город Нойштрелиц, где продолжал курс обучения. Здесь батальон был пополнен чинами вермахта и ВМФ, и его общая численность достигла 1 тысячи военнослужащих. Часть личного состава батальона была использована Скорцени в костюмированной операции «Грейф», разработанной против наступающих американских войск. После Арденн батальон был использован на Одерском участке Восточного фронта, в районе Шведт-Цеден вел в течение трех недель боевые действия против наступающих частей Советской армии до 1 апреля 1945 года. В связи с большими потерями и изменившейся обстановкой остатки батальона были отведены с передовой в Северную Германию.
Огромные потери были возмещены включением в состав батальона добровольцев из учебных школ СС и выздоравливающих военнослужащих. Батальон был полностью восстановлен в своей прежней численности и был едва ли не единственной полнокровной частью, оборонявшей город Нойруппин. Здесь батальон был практически раздавлен советскими танками, и в живых от прежней тысячи добровольцев осталось всего 30 человек.
На последнем этапе войны батальон, следуя за своим шефом Скорцени, был подчинен его Истребительному соединению войск СС. Обстрелянный и опытный личный состав использовался в качестве инструкторов при обучении агентов-новичков и при выполнении особо ответственных и секретных заданий.
Помимо 500-го/600-го десантного батальона СС, в системе немецких сил специального назначения находился отряд боевых пловцов и подрывников.