В июле 1943 г. вновь приняли решение вернуть крейсер в состав флота. "Лейпциг" должен был служить учебным кораблем для рулевых и штурманов. 1 августа он вошел в состав флота. Но крейсер по-прежнему продолжали преследовать неудачи. 10 августа произошел пожар в котельном отделении № 3. После короткого ремонта новые испытания и курс зенитных стрельб, с сентября по декабрь учебные походы по центральной части Балтийского моря, совместные учения с "Нюрнбергом".
С 5 по 31 января 1944 г. "Лейпциг" прошел текущий ремонт на Готенгафском филиале "Дойче Верфь", где провели замену лейнеров 150-мм орудий. С 28 февраля по 2 марта прошло совместное учение с крейсером "Принц Ойген", 16 марта боевые учения в Гданьском заливе.
Тем временем обстановка на фронте ухудшалась. Фронт приближался к районам боевой подготовки немецкого флота. Старые товарищи "Лейпцига" уже вступили в войну, обстреливая наступавшие вдоль побережья Советские войска.
Но "Лейпциг" в военных действиях не участвовал. В начале сентября он провел совместные учения с тяжелым крейсером "Адмирал Шеер", 21 сентября учение у острова Борнхольм, 26 сентября "Лейпциг" охраняет войсковой конвой из Свинемгонде в Готенгафен, а затем участвует в совместных учениях с тяжелым крейсером "Адмирал Хиппер", легким крейсером "Кельн", учебным кораблем — бывшим линкором "Шлезиен".
С 8 по 14 октября "Лейпциг" прошел докование на верфи "Шихау" в Данциге. После выхода из дока крейсер получает настоящее боевое задание: постановку минного заграждения у входа в пролив Скагеррак. Но ближайшие милые арсеналы находились в Свинемюнде, и "Лейпциг" вышел туда из Готенгафена. В 19 ч 50 мин крейсер прошел оконечность мыса Хели. По условиям военного времени, корабль шел без огней. Скорее всего, радионавигационные и гидроакустические вахты не неслись, хотя боевая тревога была пробита. Около 20 ч 00 мин "Лейпциг" остановился для отключения турбин и дальнейшего перехода под дизелями. Стоял сильный туман, из которого в буквальном смысле выскочил тяжелый крейсер "Принц Ойген", шедший в Готенгафен для пополнения боезапаса. Удар был настолько сильным, что офицер, находившийся в центральном посту "Лейпцига", записал в журнале "20.04. Попадание торпеды" (Pertek J. Na Baltyke w Arctyce i na Morze Czamym-Posnan; 1989. c. 149). Так же в первые минуты считали и многие моряки "Лейпцига". Удар пришелся в тот же район, в который угодила торпеда в декабре 1939 года. После удара погасло освещение, но зажглись тусклые плафоны аварийного освещения.
"Лейпциг" в гавани Вильгельмсгафена "Лейпциг" и "Эмден" на Балтике. Сентябрь 1941 г.
Фактически обстановка была следующей: нос "Принца Ойгена" вошел в борт "Лейпцига" между носовой надстройкой и дымовой трубой, носовые котельные отделения № 2 и № 3 были затоплены, в прилегающие отсеки начала поступать вода (всего в корпус поступило 1600 т воды), потери экипажа составили 11 человек убитыми, 6 пропавших без вести, 31 человек был ранен (по другим данным, погибло 27 человек). В основном погибли расчеты зенитных автоматов. Погибших могло быть гораздо больше, в ранее разрушенной котельной находились кубрики курсантов, но по боевой тревоге они прибыли на свои боевые посты.
Оба крейсера дрейфовали в 2,5 милях восточнее Хели. Из Готенгафена и Данцига прибыли буксиры и военные корабли. Первые для разъединения кораблей, вторые для несения противолодочного дозора. Так "Лейпциг" и "Ойген" проплавали всю ночь. Утром на "Лейпциг" подали буксиры, и крейсера разошлись: "Принц Ойген" дал полный ход назад, а буксиры потянули "Лейпциг" лагом в противоположном направлении, после чего привели его в Готенгафен.
Легкий крейсер "Лейпциг"
Сведения о корабле, опубликованные в справочнике по германскому флоту, изданному в годы второй мировой войны Разведывательным управлением ВМФ США
Командующий флотом вице-адмирал Меендсен Болкен, осмотрел повреждение крейсера и принял следующее решение: "Ойген" срочно отремонтировать, а "Лейпциг" исключить из списков флота. Теперь "Лейпциг" превратили в несамоходный учебный корабль, а большая часть экипажа получила новые назначения. Повреждения корпуса наспех залатали, котлы в строй не вводились. И хотя несколько новых котлов находились на заводской стенке, установить их не успели, так как всем было не до этого: Третий Рейх трещал по швам и разваливался, Красная Армия продолжала стремительное наступление. Приняли решение использовать корабль в качестве неподвижной плавающей батареи.
С 11 по 24 марта "Лейпциг" обстреливал наступавшие советские войска, израсходовав при этом 896 снарядов. 25 марта он ушел с рейда Хела на запад, увозя с собой около 500 беженцев и раненых. Переход проходил на дизелях, и скорость была небольшой. Но все обошлось благополучно, несмотря на угрозу со стороны советской авиации и подводных лодок, "Лейпциг" добрался до небольшой датской бухты Аабенраа, что севернее Фленсбурга, пройдя через пролив Малый Бельт.
9 мая 1945 г. Германия капитулировала. Победившие союзники начали раздел немецкого флота. Первым делом корабли Кригсмарине разделили на три группы. Израненный "Лейпциг" признали кораблем категории "С". В статье Потсдамских соглашений было записано, что эта категория должна быть разобрана не позднее 15 августа 1946 г. Пока решалась судьба корабля, он использовался как плавказарма в Вильгельмсгафене. В начале июня 1946 года на борт крейсера была погружена часть запасов газового оружия Вермахта. 6 июля буксиры вывели "Лейпциг" из Вильгельмсгафена. На борту корабля находилась только буксировочная партия. 11 июля корабль находился в точке затопления. В 10 ч 59 мин буксировочную партию сняли, вскоре после этого взорвали подрывные заряды, и "Лейпциг" затонул, перевернувшись вверх килем. Место затопления корабля — точка с координатами 57o53,N/06°13’E. (По другим данным, "Лейпциг" был затоплен 20 июля и без химического оружия).
Легкий крейсер "Лейпциг". 1945 г. (наружный вид)
