Первоначальный ремонт был выполнен верфью "Бломм и Фосс" в Гамбурге, затем крейсер отведен на завод "Доте Верфь" в Киле.
27 февраля 1940 года "Лейпциг" исключили из списков флота, но приняли решение восстанавливать его как учебный крейсер. С него сняли 4 котла, вместо них оборудовали кубрики для курсантов. Скорость хода "Лейпцига"упала до 14 узлов. Часть работ выполнила "Данцигер Верфь". Только почти через год после получения повреждений работы на крейсере завершили. 1 декабря 1940 года "Лейпциг" возвращается в состав флота, его приписывают к артиллерийской и торпедной школам.
В апреле 1941 года "Лейпциг" обеспечивал боевую подготовку линкора "Бисмарк". Но основной его работой стали учения и артиллерийские стрельбы. 11 июня немецкая эскадра, в которую входил броненосный корабль "Лютцов" и крейсера "Эмден" и "Лейпциг", эскортируемые эсминцами, отправляется в норвежские воды и без приключений прибывают в Осло. "Лютцов" пошел дальше на север, но был поврежден английским самолетом-торпедоносцем. Пребывание в норвежских водах было коротким, и уже 7 июля корабли вернулись в Германию. Мирная жизнь "Лейпцига" закончилась в сентябре 1941 года, когда было сформировано соединение, получившее название "Балтийский флот". Целью этого соединения стало недопущение ухода советских кораблей в Швецию в случае их прорыва из Ленинграда. "Лейпциг" зачислили в состав южной группы, базирующейся в Лиепае.
"Лейпциг" в Атлантике. 1939 г.
"Лейпциг" и броненосный корабль "Дойчланд" в Атлантике. 1939 г.
После налетов на Кронштадт немецкому командованию стало ясно, что советские корабли в море не выйдут, соединение, просуществовав несколько дней, было расформировано. "Лейпцигу" практически сразу же нашли новую задачу. Вермахт в это время проводил операцию по захвату Моонзундских островов, и ему требовалась поддержка флота. Для выполнения этой задачи выделили крейсера "Лейпциг" и "Эмден" и 3 миноносца. На палубу крейсера был принят самолет для корректировки огня и поиска подводных лодок. Операция получила кодовое название "Вестштурм".
Вечером 25-го сентября корабли покинули Либаву и пошли к Моонзундским островам. Во время ночного перехода уточнили места обстрелов. В 6 ч утра немецкие корабли открыли огонь. Из-за плохой видимости самолет использовался только для противолодочного патрулирования. Обстрел продолжался до полудня, после чего немецкие крейсера отошли, но стрелять по берегу продолжили тральщики. В этот день расход боезапаса на "Лейпциге" составил 377 снарядов.
Ночь корабли немецкой эскадры провели у Моонзундских островов. С утра 27-го "Лейпциг" катапультировал самолет, и через 5 минут заговорил его главный калибр. Вскоре с побережья начали отвечать советские береговые батареи. Примерно в это же время командир дивизиона торпедных катеров капитан- лейтенант А.Н. Богданов заканчивал формирование ударной группы. В ее состав вошли ТК № 67, № 83, № 111, № 164. Старшим группы назначили капитан-лейтенанта В.П. Гуманенко. Советские катера были обнаружены в море сначала авиаразведкой, а потом и сигнальщиком на топе фок-мачты крейсера "Эмден". Обстрел побережья прекратили, и крейсера приготовились к отражению атаки. Первым по катерам в 9 ч 17 мин из носовых орудий открыл огонь "Эмден", когда дистанция до них составила 10000 метров. Через несколько минут начали стрелять и остальные корабли. Наши катера повернули вправо и начали ставить дымзавесу. В это время, по мнению немецких моряков, было видно попадание в один из них. Был намечен поиск новой цели. Через две минуты был обнаружен и обстрелян еще один катер.
Бой продолжался еще 20 минут, после чего торпедные катера были отогнаны миноносцами. "Лейпциг" израсходовал в этом бою 153 снаряда. Немецкие моряки доложили о потоплении двух катеров.
Фактически во время этого боя советский флот лишился одного торпедного катера № 83, экипаж с него снял другой катер. В свою очередь катерники доложили о потоплении двух миноносцев, а также нанесении тяжелых повреждений крейсеру и миноносцу. Немцы утверждают, что их корабли не пострадали. Но так или иначе советские моряки свою задачу выполнили. Обстрел побережья был прекращен.
Из-за большого расхода боезапаса и топлива немецкое соединение прекратило выполнение задачи и пошло в Либаву. Во время перехода группа радиоразведки на "Эмдене" перехватила вражескую радиограмму, отправителем которой могла быть подводная лодка. В 14 ч 27 мин, когда немецкое соединение находилось в 20 милях западнее Виндавы, сигнальщики немецких кораблей увидели следы торпед. Они приближались, с правого борта и "Эмден", и "Лейпциг" выполнили резкий поворот влево, уклоняясь от торпед. Охранявший крейсера "Т-7" начал преследовать подводную лодку, вскоре к охоте присоединились еще два миноносца. Но результатов поиска не было, а вернувшиеся из походов советские лодки об атаке крейсеров не доложили. Скорее всего, в атаку выходила "Щ-319" (командир капитан-лейтенант Н.С. Агашин).
Она вышла в море 20 сентября из Кронштадта на позицию № 2 у Либавы. Лодка считалась пропавшей без вести. В ранее секретных трудах считалось, что "Щ -319" погибла при форсировании Финского залива. Но, скорее всего, лодка благополучно форсировала залив. В районе ее позиции немцы зафиксировали две атаки 27-го на крейсера, 29-го на тральщик. Вероятно Щ-319 погибла на позиции или во время возвращения в базу.
Вечером 27-го сентября немецкое соединение прибыло в Либаву, 29 в Киль, где крейсер поставили к стенке завода "Дойче Верфь". Работы завершили 20 октября, после чего "Лейпциг" возвращается в Гатенгафен (Гдыню). Корабль начал выполнять обязанности учебного корабля: в ноябре прошло совместное учение с тяжелым крейсером "Адмирал Хиппер", после их завершения учебные походы по Данцигскому заливу, 18 октября "Лейпциг" был кораблем-целью во время стрельб миноносцев и эсминцев.
"Лейпциг" в 1940 г
1942 год прошел для корабля в повседневной службе. В жизни крейсера произошло два примечательных события — это испытание нового образца противоминной обмотки (MES-Anlage) и прохождение текущего ремонта в Либаве. После "Новогоднего боя" [* "Новогодний бой"— нападение тяжелого крейсера "Адмирал Хиппер" и броненосного корабля "Лютцов" с эсминцами на союзный конвой. Атака не имела успеха, "Адмирал Хиппер" был поврежден, но А. Гитлеру об этом доложено не было, что затем вызвало его неудовольствие действиями всего ВМФ.] А.
Гитлер приказал отправить на слом все большие надводные корабли*. Но новому главкому К. Деницу удалось отстоять большую их часть. Но не "Лейпциг", боевая ценность которого была уже незначительной. В феврале экипаж корабля сократили и 4 марта 1943 года "Лейпциг" исключили из списков флота. Военно-морской флаг на корабле спустили, а корабль ушел в Либаву на отстой с небольшим экипажем во главе с исполняющим обязанности командира капитана 2 ранга Асмусом.
