«Медовый месяц» сосуществования власти и крестьян закончился массовыми расстрелами не только бунтарей, но и заложников, «подозреваемых». В августе 1918 года пылала уже вся Россия. В то же время новые политические условия успели сформировать множество народных лидеров, которые пришли в Красную армию из повстанческой стихии. До определенного времени (для Украины до середины мая 1919-го) Троцкий, Антонов-Овсеенко и другие большевистские военачальники принимали повстанческих атаманов в лоно Красной армии. При этом атаманы еще надеялись вписаться в советскую элиту, сохранив свои революционные убеждения. Но что ожидало атаманов в тисках диктатуры? Смерть или полное, беспрекословное подчинение приказам.
Знаменитая Чапаевская дивизия, во главе с бывшим анархистом Василием Чапаевым (в 1917-м Василий Иванович состоял в саратовской организации анархистов-коммунистов), несколько раз бунтовала и проявляла неподчинение приказам центра. Политкомиссар дивизии Фурманов до весны 1918 года также был анархистом, поэтому и был принят в дивизию непокорным Чапаем. Ядро этой дивизии составляло повстанческое ополчение крестьянской самообороны, которое по своим взглядам мало чем отличалось от восставших против «коммунии» частей Григорьева или Вакулина. Но главную опасность представляли не они, а авторитетный командир — типичный атаман гражданской войны. Этим, возможно, и объясняются странности смерти Чапая «без свидетелей». Даже осторожный Фурманов дает подсказку: «На берегу остался один Чапай. Больше Чапая никто не видел».
При загадочных обстоятельствах погибли и другие герои гражданской войны, что интересно, все из атаманов — комдив Н. Щорс, комбриги В. Боженко, Т. Черняк... Летом 1919 года командование Красной армии решило отстранить «ненадежных и самостоятельных» украинских повстанческих командиров, которые еще оставались на стороне большевиков. Эти командиры были опасны тем, что пользовались авторитетом и поддержкой среди бойцов и еще мечтали о вольных советах. Большевики старались положить конец таким мечтам.
В конце июня 1919 года был отравлен комдив Владимир Боженко, которого его бойцы звали «батько». Василий Назарович Боженко, родившийся в 1869 году, был простым рабочим, который в 1917-м стал членом Киевского совета рабочих депутатов. Во время январских 1918 года боев против Центральной Рады он стал командиром отряда, а летом того же года возглавил повстанческий отряд крестьян Киевщины. В начале 1919 года Боженко назначен командиром советского Таращанского полка 1-й Украинской советской дивизии, которая выбила из Киева Петлюру.
Незадолго до смерти Боженко его жена была замучена в застенках киевской ЧК, и «батько» грозился «пойти на Киев и разгромить местную чеку». Политкомиссары докладывали о «самодурстве», «самостоятельности» и «безответственности» Боженко, советуя немедленно отстранить его от командования, «...чтобы сохранить дивизию и не повторить «григоривщины»». Его и отстранили, при помощи яда.
При невыясненных обстоятельствах был застрелен командир «Чертовой» Новгород-Северской бригады Тимофей Викторович Черняк (1891–1919) — красный атаман, организатор партизанского движения на Черниговщине. Бывший грузчик, прапорщик времен Первой мировой, Черняк стал командиром повстанческого соединения в лесах у Новгород-Северского. В начале 1919-го он уже командует полком Украинской советской армии, а с апреля того же года — комбриг Красной армии. Черняк был застрелен в штабе 8-го красного полка, но дело о его убийстве не расследовали, обвинив в происшедшем агентов Петлюры.
30 августа 1919 года был убит командир 1-й Украинской советской дивизии Николай Александрович Щорс (1895– 1919). Летом 1918-го бывший подпоручик царской армии Щорс организовал повстанческий отряд на юге Киевщины, осенью он переходит на сторону красных и становится командиром Богунского повстанческого полка, а в 1919-м — командиром 1-й Украинской советской дивизии. Троцкий боялся популярности Щорса, как «...самостийника, противника регулярных начал, ярого партизана», «...карьериста и врага Советской власти». Щорса называли «неукротимым партизаном». Он угрожал своей отставкой за придирки, недоверие и «искажение политики». Троцкий боялся, что за ним, против власти, пойдет и вся дивизия...
По распространенной версии, Николай Щорс был убит политинспектором 12-й армии Танхиль-Тахилевичем по приказу центра. Большевики этим убийством хотели избежать восстания в дивизии Щорса. В войсках тогда поговаривали, что Николая Александровича «убили свои» выстрелом в затылок. Бойцов дивизии не оповестили о гибели их командира, мертвому Щорсу не было отдано последних почестей. Тело комдива второпях вывезли из Украины товарным вагоном в Самару и там, на городском кладбище, похоронили. Армию унифицировали, а все, кто имел свое мнение и пользовался любовью бойцов и поддержкой населения, подлежали уничтожению.
Интересно, что «красные атаманы»: Боженко, Щорс, Черняк, Богунский, Гребянка — сформировались как командиры Красной армии в оригинальной вольнице гражданской войны — в «нейтральной зоне». Осенью 1918 года она напоминала своего рода казацкую Запорожскую Сечь. Начиная с сентября в «нейтральной зоне», между границами Украинской державы и РСФСР, собираются: крестьяне — беглецы из Украины, солдаты — дезертиры из частей гетмана и Директории, антигетманские повстанцы из отрядов, принимавших участие в Звенигородско-Таращанском восстании. Эти части насчитывали примерно три тысячи бойцов. Из отрядов повстанцев были созданы «Полк имени товарища Богуна» и Таращанский полк. Именно на основе этих двух соединений начала формироваться Украинская повстанческая армия (группа Курского направления в составе Красной армии). Местные жители называли это разношерстное беспокойное воинство «волками», а власти РСФСР всю осень 1918-го делали вид, что эти формирования «ничейные», не имеющие никакого отношения к Красной армии. Ленинское правительство, опасаясь реакции Германии на развертывание у границы подконтрольных ей областей «армии», не желало брать ответственность за эти неконтролируемые отряды, хотя исправно снабжало их оружием и продовольствием.
В «нейтральной зоне» собрались бесшабашные сорвиголовы, типа комдива Ивана Локатоша, бывшего эсеровского боевика-террориста. Повстанческие дивизии были практически полностью сформированы из выходцев с Украины, которые свое враждебное отношение к гетманскому режиму перенесли на режим Директории. Это был горючий материал восставшей вольницы, мечтавшей вернуться в свои села победителями. В ноябре 1918 года началось переформирование «ничейных» повстанческих дивизий в регулярные полки Красной армии. Это привело к тому, что украинские партизаны, боясь передислокации на другие фронты, поднимали бунты против своих красных командиров. Уже 18–25 ноября 1918 года части повстанческих дивизий провели рейд на приграничные украинские городки Рыльск, Стародуб и Ямполь, заняли Суджу.
В 1919 году «шальной пулей» был застрелен красный командир эсер Василий Киквидзе, от «случайной пули» погиб анархист Анатолий Железняков. Член Реввоенсовета (РВС) Южного фронта Сокольников вспоминал: «В. Киквидзе был близок к левым эсерам... Питая недоверие к армейскому командованию, Киквидзе ревниво отстаивал дивизионный сепаратизм». Расстреляны были красные командиры, создававшие Конную армию, Миронов и Думенко. При загадочных обстоятельствах погиб руководитель партизан Приморья левый эсер Сергей Лазо.