Блестяще сдавшего экзамены (средний балл 10,93) Корнилова в начале октября 1895 года зачисляют в разряд слушателей Академии.
Корнилов застал Академию в пору серьезных преобразований. После двухлетнего обучения на основном курсе офицеры на конкурсной основе должны были пройти дополнительный курс. Причисленными к Генеральному штабу могли считаться только закончившие этот курс. «Окончившие два курса с чувством нескрываемой гордости украсили правую сторону своих мундиров, — писал граф Игнатьев, — серебряными значками в виде двуглавого орла в лавровом венке. Но не для всех этот день оказался одинаково счастливым. На дополнительный курс, предназначавшийся для специальной подготовки офицеров Генерального штаба, перевели только около шестидесяти человек, а остальные были отчислены обратно в свои части с проблематической надеждой получить в будущем внеочередное производство из капитанов в подполковники».
Одновременно с Корниловым в Академии Генерального штаба обучались будущие известные генералы императорской армии: А.К. Байов (1896 года выпуска), И.Г. Эрдели (1897), А.С. Лукомский (1897), Ф.Ф.Абрамов (1898), М.Д. Бонч-Бруевич (1898), Д.В. Филатьев (1898). Будущий Донской атаман А.П. Богаевский, окончивший Академию в 1900 году, писал в своих воспоминаниях, что «с генералом Корниловым я был вместе в Академии Генерального штаба. Скромный и застенчивый армейский артиллерийский офицер, худощавый, небольшого роста, с монгольским лицом, он был малозаметен в академии и только во время экзаменов сразу выделился блестящими успехами по всем наукам».
В 1896 году поручик Корнилов женится на дочери титулярного советника Владимира Марковина — Таисии, а в 1897-м у них рождается дочь Наталья.
Материальное положение офицеров, обучавшихся в Академии, было незавидным и даже плачевным. В среднем офицер получал примерно 80 рублей в месяц. Из этих денег производились вычеты в заемный капитал своей части и Академии, а также портному, который в рассрочку шил обмундирование. На жизнь, таким образом, оставалось не более пятидесяти рублей, что для Петербурга было очень мало. И если холостяки кое-как сводили концы с концами, то женатые офицеры «положительно бедствовали». Около трех лет обучения для многих офицерских семей были настоящим испытанием. Как правило, жены активно помогали своим мужьям: занимались перепиской выполненных заданий набело, статистическими подсчетами и т. п.
В 1897 году, закончив второй курс, Корнилов в июне находится в летнем лагере в Луге, проводит глазомерные съемки в окрестностях Петергофа. В июле его производят в очередной штабс-капитанский чин, а в августе, после успешно сданных экзаменов он переведен на дополнительный курс. На дополнительном курсе лекции не читались, а сам курс предназначался для самостоятельной разработки слушателями трех контрольных тем — военно-исторической, по теории военного искусства и решение стратегически-административной задачи «на действия армейского корпуса применительно к определенному театру войны с описанием стратегических и географических особенностей этого театра». Первая, военно-историческая тема должна была подготовить будущего генштабиста к научно-исследовательской работе. Для этого выбирались операции отдельных крупных соединений или армий в войнах XIX века. Задания выбирались путем жребия. Задание по теоретической теме слушатель тянул «из кучи билетов» и должен был составить обширный доклад. Лучшие доклады публиковались. Для разработки третьей темы офицеров разбивали по группам в пять-шесть человек во главе с руководителем. Надо было сделать доклад с подробнейшим топографическим описанием конкретного района предполагаемых боевых действий, на основании статистических данных представить «наглядную картину снабжения корпуса всеми решительно видами довольствия, с графиками движения железнодорожных поездов и обозов, до полковых включительно». Для выполнения поставленных задач офицерам приходилось просиживать много часов в библиотеках и архивах, делать выписки статистических данных из ежегодных губернаторских отчетов. Потом получившуюся работу, «солидного объема», надо было переписать от руки без единой помарки с приложением образцово вычерченных схем, диаграмм и таблиц.
На каждую тему отводилось два — два с половиной месяца, после чего происходила публичная защита темы. Оценка публичной защиты тем являлась критерием для суждения о подготовленности слушателя Академии к выполнению обязанностей офицера Генерального штаба.
По всем трем темам Корнилов успешно защитился и получил высокий балл. За успехи в науках был награжден малой серебряной медалью «с занесением фамилии на мраморную доску с именами выдающихся выпускников Николаевской академии в конференц-зале Академии». Одновременно ему присваивается досрочно чин капитана — «за успешное окончание дополнительного курса».
Среди выпускников Академии, как писал А.А. Игнатьев, «были люди более или менее талантливые, были даже совсем бесталанные, но за всех можно было поручиться, что они подготовлены к выполнению любого порученного им дела с усердием и настойчивостью. При всех ее недостатках, академия все же готовила, бесспорно, квалифицированные кадры знающих и натренированных в умственной работе офицеров».
Как выпускник Академии Генерального штаба по первому разряду да еще с малой серебряной медалью, Корнилов мог воспользоваться правом преимущественного выбора места службы. Но двадцатисемилетний капитан отказывается от места в Петербурге и выбирает снова Туркестан, а до назначения туда, до глубокой осени 1898 года, проводит время на полевых занятиях в Варшавском военном округе.
ЭКСПЕДИЦИИ В АФГАНИСТАН, КИТАЙ, ПЕРСИЮ И ИНДИЮ
Осенью 1898 года Корнилов прибывает в Туркестан, в распоряжение известного исследователя Центральной Азии, начальника 4-й Туркестанской линейной бригады генерала М.Е. Ионова. Сразу же молодой офицер покоряет старого исследователя тягой к новым знаниям и исследованиям.
В это время русские войска занимают важный стратегический пункт на правом берегу Аму-Дарьи — древнюю столицу Бактрии — город Термез, где и располагается штаб-квартира генерала Ионова. Прямо напротив Термеза на другом берегу реки находился Мазари-Шариф, столица «афганского Туркестана». Здесь, у выхода из ущелья Гинду-Куш, для прикрытия путей и перевалов через Бамьян в Кабул, афганцы соорудили крепость Дейдади. Крепость была построена не афганскими, а британскими фортификаторами, по последнему слову европейской военно-инженерной мысли. Таким образом, британцы укрепляли дальние подступы к Индии.
Первая разведывательная экспедиция Корнилова связана с рекогносцировкой приграничной с Афганистаном полосы. Официальных данных об этой командировке нет, кроме указаний в финансовых отчетах 13-го Туркестанского линейного батальона о том, что необходимо «выдать капитану Генерального штаба Корнилову до 300 рублей денег для разведок в Афганистане», и поэтому она приобрела полумифический, легендарный характер.
«Мне, — рассказывал М.Е. Ионов, — страстно хотелось выяснить характер работ, предпринятых афганцами, и по возможности воздвигнутых ими укреплений. Однако крепость стояла в пятидесяти верстах от берега, афганцы были бдительны и неумолимы к нашим разведчикам, и сведений об укреплении мы не имели». Как-то раз Ионов сетовал на недоступность Дейдади в присутствии Корнилова. Молча слушал молодой капитан сетования старого генерала, а в конце вечера попросил разрешения уехать в отпуск на три дня. Балуя симпатичного и старательного офицера, Ионов отпустил его, даже не спросив, куда он собирается ехать.
