Должен предупредить: работать становится все труднее; и тема лекций, и то, как я ее трактую и отвечаю на вопросы, все меньше нравится публике и все больше ее расхолаживает. Это, несомненно, связано с общей политической обстановкой. Иногда я сталкиваюсь с враждебным отношением ко мне и к предмету моих лекций — думаю, оно будет усиливаться.
Он просил, чтобы его заменили кем-нибудь другим — ведь бросать пропагандистскую деятельность было нельзя, — и предлагал своего старого друга Ежи Лерского, который недавно прибыл в Лондон из Польши. Но он не знал, что Лерский постоянно критиковал премьер-министра Миколайчика за готовность пойти на «территориальный компромисс» и уступить требованиям Советов, поддерживаемым союзниками, тогда как сам Карский считал себя обязанным поддерживать линию правительства — таковы были его принципы: неукоснительная лояльность, верность государственным интересам. За это кое-кто даже упрекал его в просоветских настроениях, что ему было особенно больно слышать. Узнав об этом, он, по собственному признанию, не спал несколько ночей. Карский не одобрял позицию «непримиримых» потому, что прекрасно понимал необходимость физически сохранить польский народ. Новак-Езёранский, эмиссар Армии Крайовой и лондонского правительства, автор книги «Курьер из Варшавы», так передает слова Карского, сказанные им в январе 1944 года, незадолго до отъезда из Лондона в США:
В сущности, Польша проиграла войну уже в Тегеране. И наши политики, вместо того чтобы слепо упорствовать в праведных желаниях, лучше бы подумали все вместе, как проиграть войну. Как уменьшить количество потерь и жертв, как вооружить население и подготовить к тому, что его ждет.
5 июля 1945 года Соединенные Штаты и Великобритания перестали признавать легитимность польского правительства в изгнании и завязали официальные отношения с посаженным Сталиным Правительством национального единства (Франция сделала то же самое 29 июня). В первое время этот удар был несколько смягчен для Карского последним поручением, на этот раз полученным от американцев: он на четыре месяца вернулся в Европу, чтобы убедить правительства разных стран в изгнании передать свои архивы и документы о Второй мировой войне в Институт Гувера, созданный при Стэнфордском университете в Калифорнии. Побывав в Лондоне, Париже и Риме, он получил согласие не только поляков, но также латышей, эстонцев и литовцев.
Вернувшись в США, он понял, что о нем все забыли, — он был теперь никому не известным европейским эмигрантом, таким же, как множество других. «Я ненавидел тогда весь мир и хотел отстраниться от него». Забыть, забыть военный ад, никогда и ни с кем больше о нем не говорить, никому больше не рассказывать о трагедии евреев, свидетелем которой он был. Для простоты оформления документов в иммиграционных службах он не стал восстанавливать имя Козелевского и навсегда остался Карским.
Он попытался зажить нормальной жизнью, завести семью, но брак его распался через два года. Ему удалось добиться разрешения на выезд из Польши для любимого брата Мариана и его жены Ядвиги. Сразу обосноваться в Америке они не могли, и Карский на последние остатки полученных за книгу денег купил им маленькую ферму в Канаде, недалеко от Монреаля.
Возобновить дипломатическую карьеру оказалось невозможно: в Госдепартаменте он как уроженец страны, подконтрольной коммунистам, мог рассчитывать только на самую незначительную должность, а чтобы попасть на службу в ООН, ему пришлось бы перейти на сторону варшавского режима — такой шаг он для себя исключал.
Оставался один путь — получение ученой степени и преподавание в университете. Ректор дипломатического отделения Джорджтаунского католического университета Эдмунд Уолш принял Карского с распростертыми объятиями и выхлопотал ему стипендию для обучения в докторантуре. В 1952 году степень доктора политологии была получена, и Карский стал преподавать. Отныне он связал свою судьбу с Джорджтаунским университетом, где проработал больше тридцати лет.
В 1954 году профессор Ян Карский получил американское гражданство. Зная его репутацию антикоммуниста, американская администрация не раз привлекала его как эксперта и поручала ему различные задания. В течение двадцати лет он готовил по собственной программе специалистов для Пентагона и часто ездил по заданию Госдепартамента читать лекции в Азию, Африку и на Ближний Восток. Никто из его коллег и студентов в Джорджтауне, кроме ректора Уолша, с которым он познакомился еще в 1943 году, не знал о его прошлом, но все ценили его как благородного человека и прекрасного лектора. У него учился выпускник 1968 года Билл Клинтон.