Прибывший из Коломны Иван III это тоже понял и начал расследование. В ходе его были выявлены участницы отравления: жена дьяка Алексея Полуектова Наталья, жена подьячего Боровлева и бабка-ворожея. Всех их, видимо, казнили. Самого дьяка Полуектова, который, скорее всего, даже не знал о действиях жены, выслали из Москвы на шесть лет.
Но вполне вероятно, что те, кто задумал и спланировал убийство Марии Борисовны, остались в стороне, поскольку действовали хитро и осторожно. Сначала кто-то из них посоветовал великой княгине обратиться к знахарке за снадобьем для деторождения и убедил ее в том, что средство абсолютно безопасное и верное. Когда великая княгиня решилась последовать этому совету, знахарку подкупили и велели вместо целебных трав использовать сильный яд. Обо всем этом ни Наталья Полуектова, ни жена подьячего, посылавшие пояс Марии к «бабе», вероятнее всего, не знали. Ведь для них убивать Марию Борисовну, свою благодетельницу, не имело никакого смысла.
Сейчас очень трудно определить, кому конкретно была выгодна смерть «благочестивой, христолюбивой, доброй и смиренной» великой княгини Марии Борисовны — так характеризовали ее некоторые современники.
Возможно, некоторые московские бояре боялись, что великая княгиня с сыном будут покровительствовать своим тверским родственникам, которые в 60-х гг. XV в. начали переходить на московскую службу. В числе их был князь Д.Д. Холмский из старшей ветви великих князей Тверских. Он тут же получил боярство и стал ведущим полководцем.
Это не могло не возмутить представителей старомосковской знати: Ратшичей, Кобылиных, Сабуровых, Плещевых. Одновременно недовольство могло вызывать и возвышение родственников Марии по бабке — князей Гедиминовичей. Судя по обрушившейся на Патрикеевых опале в 1499 г., недругов у потомков литовского князя Наримонта было очень много при московском дворе.
Родственные связи великой княгини с целым рядом новых лиц при московском дворе превращали и ее саму в важную фигуру у престола Ивана III. Исследователи почему-то никогда не обращали на это внимания. Видимо, поэтому смерть Марии они считали случайностью.
Представители московской знати могли опасаться, что Мария Борисовна будет ходатайствовать за своего дядю Ивана Андреевича Можайского, бежавшего в Литву. Вернувшись на родину, тот мог назвать имена своих сторонников в Москве, которые подсказали ему и Дмитрию Шемяке, как застать Василия II врасплох, схватить его без охраны в Троице-Сергиевом монастыре и ослепить.
С именем Марии Борисовны могла быть связана также опала на брата Марии Ярославны, удельного князя Василия Ярославича. Он несколько лет являлся верным союзником Василия II и вдруг летом 1457 г. был схвачен и отправлен в заточение в Углич без каких-либо публичных объяснений. Поскольку в источниках нет никаких данных об его проступках, то напрашивается предположение о том, что князя оговорили. Пытавшиеся его освободить в 1462 г. дети боярские тоже были кем-то выданы и казнены.
Конечно, никаких точных данных о том, что в деле Василия Ярославича была замешана Мария Борисовна, нет. Можно лишь предположить, что порочащая Василия Ярославича информация поступила из Литвы, где как раз находился дядя Марии князь Иван Андреевич. Желая вернуться на родину, он мог специально собирать интересующую Ивана III информацию и передавать ее через племянницу, великую княгиню Марию Борисовну
Характерно, что все это происходило незадолго до кончины Марии в 1467 г.
В любом случае совершенно очевидно, что отравители умышленно подставили под удар жен дьяка Полуектова и подьячего Боровля, чтобы скрыть свое участие в этом деле.
Иван III, видимо, понял это, поэтому сурово не наказал дьяка и подьячего. Они лишь на время были отстранены от службы. Позднее имя дьяка Алексея Полуектова вновь стало встречаться в документах. Известен и Иван Тимофеевич Боровлев в качестве дьяка Василия III. Значит, кончина великой княгини не отразилась на их карьере.
Смерть молодой великой княгини, несомненно, опечалила не только ее мужа, но и свекровь Марию Ярославну. Этот вывод можно сделать из того факта, что сразу же после похорон она занялась реконструкцией собора Вознесенского монастыря. Когда-то его заложила еще жена Дмитрия Донского Евдокия Дмитриевна. Потом строительством храма занималась великая княгиня Софья Витовтовна, но не успела покрыть его куполом. Мария Ярославна пригласила для завершения постройки известного зодчего В.Д. Ермолина. Тот свел своды и обложил собор камнем. В итоге он стал очень красивым и уже постоянно использовался в качестве усыпальницы великих княгинь.
Подводя итог жизни Марии Борисовны, следует отметить, что какого-либо самостоятельного следа в истории Русского государства она не оставила. В источниках нет никаких сведений об ее конкретной деятельности. Брак с ней Ивана III был типичным для того времени и был заключен по политическим соображениям их родителей. Но при этом он имел исключительно выгодные для московских государей последствия — давал право сыну Марии претендовать на Тверское княжество.
Ловкий политик Иван III сразу же понял, что сыновья Марии Борисовны — старшей дочери великого князя Тверского Бориса Александровича от первой супруги — имели некоторые права на тверской престол, поскольку ее брат Михаил был от второй супруги. Но сама княгиня претендовать на верховную власть не могла, поскольку была замужем. Самостоятельно править ей не полагалось.
Иное положение было у ее сына Ивана. У него были все основания претендовать на Тверское княжество в качестве старшего внука великого князя Бориса Александровича Тверского. К тому же тверской князь Михаил Борисович, брат Марии, был бездетен.
В Тверской летописи наглядно отражено, насколько напряженно складывались отношения между Москвой и Тверью в 80-х гг. XV в., после смерти бездетной супруги Михаила Борисовича Софьи. В это время Иван Иванович женился на молдавской княжне Елене Стефановне, и у них вскоре родился сын Иван.
По случаю своего бракосочетания в 1483 г. Иван Иванович отправил дяде в Тверь подарки: вино и вышитые жемчугом полотенца. Они были приняты, но без особой благодарности.
По случаю рождения маленького Ивана в Тверь вновь был отправлен посланец, но Михаил Борисович без какого-либо объяснения выслал его вон и не разрешил встретиться со своей матерью.
Причиной столь грубого обращения с гонцом Ивана Ивановича могло быть только неприкрытое раздражение тверского князя из-за того, что у племянника уже есть наследник, а у него самого его до сих пор нет.
Желая противопоставить себя московским родственникам, Михаил Борисович решил жениться на внучке польского короля Казимира, с которым у Ивана III были напряженные отношения. Это уже выглядело как измена Москве.
Мириться с вызывающим поведением тверского князя великий князь Московский не стал. Летом 1486 г. во главе большого войска с братьями Андреем и Борисом и сыном Иваном он направился к Твери. Михаил Борисович не рискнул вступить с ним в бой и бежал в Литву Его мать великая княгиня Анастасия и тверские бояре были взяты в плен и отправлены в Москву. По воле отца на тверской престол был возведен сын Марии Борисовны Иван. В летописи по этому поводу было записано так: «Тверью пожаловал сына своего великого князя Ивана Ивановича, и посади его на всей вотчине на Тверской».
