Через несколько недель, в середине января 1918 года, Семенов назначает барона Унгерна комендантом города Хайлар, находившегося в полосе отчуждения КВЖД. В Хайларе были расквартированы части железнодорожной бригады и конные подразделения корпуса Пограничной стражи общей численностью около 800 человек. Не только солдаты, но и большинство офицеров этих частей были совершенно разложены большевизмом, причем именно офицеры оказались наиболее активными пропагандистами и сторонниками новой власти — большевицкого Совета народных комиссаров. Назначение барона Унгерна комендантом города вызвало полное неприятие со стороны обольшевиченных офицеров. Оказалось, что из нескольких десятков гарнизонных офицеров Унгерн мог рассчитывать только на штаб-ротмистра Межака, который со своими солдатами добровольно подчинился барону и предоставил себя в полное его распоряжение. Однако медлить было нельзя: Унгерн получил сообщение, что гарнизонный комитет Хайлара, полностью контролируемый большевиками, готовит провокации. Разоружение солдат было назначено на 11 часов вечера, в день, когда гарнизонный комитет собрался на свое очередное заседание. Акция была проведена бароном Унгерном настолько быстро и безболезненно, что заседавшие большевики даже и не подозревали о случившемся. На следующий день все разоруженные солдаты были отправлены через станцию Маньчжурия в глубь большевистской России.
Активные действия Семенова и Унгерна в полосе отчуждения КВЖД были чрезвычайно болезненно восприняты китайцами, которые смотрели уже на железную дорогу как на свою собственность. При проведении аналогичной акции на станции Бухэду Унгерн был арестован китайцами, причем арестован с чисто китайским вероломством. Начальник китайского гарнизона пригласил прибывшего в Бухэду Унгерна к себе на обед, в ходе которого барона и арестовали.
Семенов, получивший извещение об аресте Унгерна, принимает решение немедленно выступить для освобождения барона. Однако свободных сил у него в наличии не было. Тогда, как вспоминал позже сам атаман, он решил применить «хитрость и психологическое воздействие». Семенов отправился против китайцев, взяв с собой два пустых товарных вагона и железнодорожную платформу, на которую установил скат колес с осью от казенной обозной двуколки, положив на него длинное бревно, приблизительно соответствующее размеру орудия. Это сооружение было накрыто брезентом и имитировало «броневик». Выдвинув поезд с платформой и командой монголов к станции Бухэду, Семенов отправил туда телеграмму, в которой пригрозил китайцам разгромить всю станцию из орудия, если его офицер и солдаты не будут немедленно освобождены. Спустя два часа Семенов получил сообщение, что его офицер и солдаты на свободе, оружие им возвращено, а начальник китайского гарнизона приносит свои сожаления в связи с произошедшим инцидентом и просит забыть это недоразумение. На другой день Унгерн со своим отрядом вернулся в Хайлар.
Сам атаман Г. М. Семенов чрезвычайно высоко оценивал роль барона Унгерна в становлении антибольшевистского сопротивления в Забайкалье и Маньчжурии. Он был награжден орденом Святого великомученика Георгия 4-й степени Особого Маньчжурского отряда за то, «что, командуя взводом в январе 1918 года, разоружил Хайларский гарнизон в составе батальона». Этот орден был установлен Г. М. Семеновым для чинов своего отряда и отличался от аналогичных наград императорской России не только изображением рисунка св. Георгия, но и наличием литер «ОМО» или «Особый Маньчжурский отряд», изображением сияющего солнца на аверсе и датой «1918» на реверсе. Орден же представлял собой Георгиевский крест, покрытый белым лаком.
Гораздо позже, в конце 1930-х годов, Г. М. Семенов в своих мемуарах оценит свое сотрудничество с бароном Унгерном следующим образом: «Успех самых фантастических наших выступлений в первые дни моей деятельности был возможен лишь при той взаимной вере друг в друга и тесной спайке в идеологическом отношении, которые соединяли меня с бароном Унгерном. Доблесть Романа Федоровича была из ряда вон выходящей… В области своей военноадминистративной деятельности барон зачастую пользовался методами, которые часто осуждаются. Надо, однако, иметь в виду, что ненормальность условий, в которых протекала наша деятельность, вызывала в некоторых случаях неизбежность мероприятий, в нормальных условиях совершенно невозможных. К тому же все странности барона всегда имели в основе своей глубокий психологический смысл и стремление к правде и справедливости».
В первом наступлении на советскую Читу, которое предприняли в январе — марте 1918 года семеновские отряды, барон Унгерн непосредственного участия не принимал. Он занимался организационной работой или тем, что сам Семенов определял как «военно-административную деятельность». Деятельность эта была не менее важна и значительна, чем участие в боевых операциях. При формировании своих частей Семенов столкнулся с катастрофической нехваткой всего: людей, снаряжения, боеприпасов, артиллерии, транспорта. Известно, что все проблемы весьма легкоразрешимы, когда в наличии имеются денежные средства. Однако сибирские промышленники и купцы, бежавшие в Маньчжурию от прелестей новой власти и обосновавшиеся в Харбине, не спешили жертвовать свои кровные на спасение России, предпочитая прожигать деньги в харбинских злачных заведениях. Себялюбие и недальновидность русской буржуазии поистине не знали никаких границ. По воспоминаниям современников, цены в Харбине подскочили за несколько месяцев в десятки раз. Наш старый знакомец барон Будберг сокрушался по этому поводу: «Нам приходится уходить с квартиры, за которую брат жены платил 80 рублей в месяц, а прибывший из Иркутска богач еврей дал хозяину сразу 600 рублей в месяц и плату за год вперед». По сведениям, приводимым современным российским историком А. Б. Езеевым, оклады, установленные для чинов Особого Маньчжурского отряда атамана Семенова колебались в пределах от 60 (рядовой) до 160 (атаман ОМО) рублей в месяц. Красноармейцы Даурского фронта, воевавшие против Семенова, получали 600 рублей в месяц, а офицеры-военспецы (тогда они именовались военными инструкторами) — 2000 рублей в месяц. Для того чтобы в таких условиях формировать воинские части и заставлять их сражаться, необходимо было обладать не только полной идейной убежденностью в правоте своего дела, но и выдающимися административными способностями и определенной политической изворотливостью. Последняя составляющая была особенно важной, поскольку дело приходилось иметь с различными азиатскими народностями — монгольскими племенами, китайцами, японцами, которые к тому же испытывали друг к другу весьма противоречивые чувства.
Судя по переписке, которую ведет Унгерн в это время с атаманом Г. М. Семеновым, с отставным русским генералом П. П. Малиновским, бывшим до революции военным советником монгольского Богдо-гэгэна, барон неплохо разбирался не только в местных особенностях межнациональных отношений, но и проявлял интерес к вопросам мировой политики, пытаясь использовать любую возможность для пропаганды Белого движения.
«Вообще мое частное мнение, чтобы китайские войска на твоей службе воевали с большевиками, а маньчжуры и харачины и торгоуты — с Китаем. Комбинация эта должна быть выгодна и для Японии. Завтра дам определенную телеграмму, где и когда можно видеть маньчжурских и харачинских уполномоченных», — пишет Унгерн Г. М. Семенову в июне 1918 года. Блюстители «чистоты моральных риз» вполне могут обвинить барона Унгерна в неприкрытом цинизме, в желании стравить между собой местные народности, «втемную» использовав их для своих целей. Но для барона Унгерна главной целью была победа над терзавшим Россию большевизмом, который, по признаниям его собственных вождей, отнюдь не собирался останавливаться в пределах бывшей Российской империи. Для достижения этой цели Унгерн считал себя вправе использовать все возможные средства, казавшиеся ему необходимыми. Точно так же поступали во время Кавказских войн русские генералы, играя на застарелой вражде и противоречиях многочисленных горских племен, находя себе подчас самых неожиданных союзников. Менялись политические военные расклады, менялись тактические задачи — менялись и союзники, вчерашние враги становились друзьями и наоборот. «Восток — дело тонкое», — говорил персонаж из известного советского кинофильма «Белое солнце пустыни». Недаром в русский язык вошло идиоматическое выражение «азиатское коварство». Без учета этой важной нематериальной составляющей ни одно уравнение на Востоке не могло быть должным образом решено.
