В итоге Як-3 признали годным для действий по вызову с наземной станции наведения для перехвата самолетов противника и наращивания сил в воздушном бою. А вот выполнение других задач – например, прикрытие наземных войск путем барражирования – было затрудненным ввиду малого запаса топлива. Совершенно не годился Як-3 и для сопровождения бомбардировщиков, поскольку средняя продолжительность полета его (с учетом 20% резерва топлива) составляла всего 40-45 минут. Таким образом, он представлял собой узкоцелевой истребитель, призванный дополнить Як-9 (и другие типы советских истребителей).
Сам конструктор Яковлев, искренне считавший Як-3 своим лучшим истребителем, ревностно следил за тем, чтобы этот самолет направляли в первую очередь в самые заслуженные полки. Одним из первых получил новую технику 31-й гвардейский ИАП. Также в числе первых оказался отличившийся при прорыве блокады Ленинграда 1-й Краснознаменный гвардейский ИАП, пересевший на Як-3 с Як-7б. Прежде всего новыми Як-3 старались вооружать полки, ранее летавшие на «яках» ранних моделей. Это упрощало освоение самолетов как летным, так и техническим составом. Но случались и исключения. Так, в августе 1944 г. на Як-3 пересел 18-й гвардейский ИАП, ранее летавший на Ла-5Ф. С октября он воевал на 1-м Прибалтийском фронте, проведя свой первый бой на новой технике 10-го числа. Восьмерка Як-3 вылетела на прикрытие наземных войск. Обнаружив 16 FW 190 с бомбами, шедших под прикрытием четырех «Густавов», «яки» пошли вверх, пытаясь оттянуть на себя противника и не допустить сброса бомб на советские позиции. Уловка удалась, FW 190 освободились от бомб и кинулись за «яками». Но, набрав высоту, Як-3 перешли в пике и сбили в завязавшемся бою три «фокке-вульфа» без потерь со своей стороны. С «лавочкиных» пересели на Як-3 112-й гвардейский и 431-й истребительные авиаполки. В Прибалтике на Як-3 воевали также 66-й гвардейский и 4-й Краснознаменный ИАП. На южном фланге на этих машинах действовали 32-й ИАП, отличившийся при освобождении Львова, и 427-й ИАП, закончивший войну в Румынии. Из-за малой дальности полета Як-3 мало интересовал морских летчиков, однако небольшое количество таких самолетов эксплуатировалось и авиацией ВМФ. В частности, наряду с Як-9У машины этого типа получил 6-й гвардейский ИАП ВВС Черноморского флота.
Далеко не всегда перевооружение проходило гладко. В сентябре 1944 г. освоение Як-3 начала 2-я эскадрилья 812-го ИАП, ранее летавшего на Як-1б и Як-9Т. В одном из учебных боев у Як-3, пилотируемого лейтенантом Дергачевым, в ходе резкого маневрирования оторвалась консоль крыла. Летчик сумел выбраться из кабины, но парашют раскрыться уже не успел… В итоге все полученные Як-3 было отправлены в мастерскую для усиления консолей, а полк получил Як-9У. Такие же машины вместо запланированных «троек» получил и второй полк 265-й ИАД – 291-й ИАП. Полностью на Як-3 перешел входящий в ту же дивизию 402-й ИАП, а позже, после выполнения доработок, «тройки» все-таки получила одна эскадрилья 812-го полка.
Эпизод, имевший место в 812-м ИАП, вовсе не был исключением. Подтверждением тому – грустная статистика: всего за 1944 г. было потеряно 90 Як-3, из них 56 не вернулись из боевых вылетов, три были списаны по износу, а 31 разбился в авариях и катастрофах. То есть небоевая убыль Як-3 составила 34,4%, существенно превосходя аналогичный показатель для других яковлевских машин. В частности, для Як-1 он составлял 18,1%, для Як-9 с ВК- 105ПФ – 25,9%, а для Як-9У с ВК-107А – лишь 11,1%. Справедливости ради отметим, что импортная «Аэрокобра» также имела достаточно высокий процент небоевых потерь – 27,4%. И уж вовсе зашкаливал этот показатель у сложных в пилотировании истребителей Лавочкина – 35,6% для Ла-5ФН и 38,7% для Ла-7. С противоположной стороны фронта ситуация была не лучше – уровень небоевых потерь «Густавов» и «Курфюрстов» достигал 1/3. Но если для истребителей Яковлева главными причинами аварий и катастроф были технологические (недостаточная прочность деревянных узлов, проблемы с моторами), то для Bf 109G/K основной проблемой была неудачная конструкция шасси, унаследованная от самых ранних модификаций «сто девятого». Именно на взлет и посадку приходилась основная доля аварий с «мессершмиттом». В среднем каждая десятая посадка молодого летчика на Bf 109G на мокром аэродроме заканчивалась касанием законцовкой крыла грунта и мелким (а иногда и не очень) ремонтом из-за узкой колеи шасси и слабых стоек. При этом Bf 109G-10/14 выгодно отличался от Як-3 нормальным противокапотажным углом и эффективными колесными тормозами. Поэтому, хотя посадочная скорость «Густава» была выше, чем Як-3 (150 км/ч против 137 км/ч), длина пробега по сухой ВПП у него была всего 380 м против 455 м у Як-3. А этот показатель к концу войны становился все более важным для Люфтваффе – ведь аэродромы подвергались систематическим ударам авиации союзников, и истребителям часто приходилось действовать с поврежденных ВПП.
Як-3 не имел себе равных по такой важной характеристике самолета, как удобство и простота в управлении. Пилотажные качества Bf 109 постоянно ухудшались, требования к уровню подготовки летчиков становились все жестче, а фактическое качество обучения в школах Люфтваффе падало. Як-3, наоборот, был максимально пригоден к быстрому освоению не только летчиками средней квалификации, но и вчерашними выпускниками летных школ.
Группа Як-9ДД на аэродроме Бари (Италия)
Правильно подобранные рули, элероны и их сервокомпенсаторы, а также удачная конструкция системы управления обеспечили оптимальную реакцию самолета на движения ручки и педалей. Несмотря на уменьшение площади крыла по сравнению с исходным Як-1, нагрузка на крыло у Як-3 была ниже, чем у любого истребителя противника, – 167 кг/м2 . У Bf 109G-10 этот показатель составлял 191 кг/м2 , и даже у облегченного Bf 109К-4 – 179 кг/м2 . Соответственно, Як-3 наголову превосходил «мессершмитт» по характеристикам виража. Особенно велико было преимущество в вираже неустановившемся. Более того, Як-3 стал первым среди истребителей Яковлева, сумевшим превзойти Bf 109G в скорости – в том диапазоне высот, на которых велись воздушные бои на Восточном фронте. Bf 109G-10, являвшийся лучшим немецким истребителем конца войны по комплексу боевых характеристик с учетом надежности, уступал серийному Як-3 на 4000 м примерно 30 км/ч, а у земли – 20 км/ч. Однако скоростные характеристики отнюдь не всегда были определяющими для истребителя. Показательным является пример А. Покрышкина – ему, как и некоторым другим выдающимся летчикам, предоставили возможность выбрать для вооружения своего полка произвольный тип истребителя. Опробовав Як-3, а также Ла-7, он забраковал обе машины. Свои впечатления от полетов на Як-3 он подытожил так: «Хороший самолет для борьбы с истребителями. Но против бомбардировщиков требуется более мощное вооружение, как минимум две-три пушки. То вооружение, что установлено на самолете, не позволяет сбить Не 111 или Ju 88 с первого захода, а тем более Hs 129. Я видел, что Яковлев неохотно слушает мои замечания, и мы остались каждый при своем мнении». В итоге «покрышкинская» 9-я гвардейская ИАД до конца войны воевала на «Аэрокобрах». То есть Покрышкин отдавал предпочтение не столько скоростным и маневренным качествам истребителя, сколько мощному вооружению. Этого Як-3 как раз и не хватало. А на «Аэрокобре» стояли 37-мм пушка и четыре крупнокалиберных пулемета.