Между тем оценка мобилизационных возможностей Японии, сделанная А. И. Русиным, была гораздо ближе к истине, чем оценки других источников. В 1903 г. он сообщал в Главный морской штаб, что Япония будет иметь в своем составе 633 415 человек, когда «новые законы войдут в силу». В марте 1903 г. он передал в Главный морской штаб основные данные по японскому плану войны с Россией. Опытный разведчик указал, что Япония будет стремиться: «1) занять Корею; 2) не дать России окончательно утвердиться в Маньчжурии; 3) попытаться сделать демонстративную высадку близ Приамурской области; 4) такую же высадку осуществить на Квантуне и 5) при удаче этих двух операций попытаться овладеть вышеуказанными областями».
Однако не следует забывать, что донесения военно-морских агентов попадали в военное ведомство очень редко и только после предварительного отбора в Главном морском штабе. Это отрицательно сказывалось на осведомленности Военного министерства о военно-морских аспектах угрозы России. Российская военно-морская агентура в Японии была совершенно изолирована и поэтому для армии практического значения не имела. Однако война должна была начаться с морских операций и десантов, поэтому военно-морские сведения имели для сухопутных штабов на Дальнем Востоке самый живой интерес.
В конце XIX—начале XX в. не менее острыми для России оказались проблемы обеспечения внутренней стабильности. На политической карте мира Россия оставалась абсолютной монархией с самодержавной формой правления. Самодержавие и его институты были наследием феодальной эпохи. В России не было законодательных органов, а имелся только законосовещательный Государственный Совет. Исполнительную власть осуществляли 11 министерств. Каждый руководитель ведомства сохранял полную самостоятельность и докладывал о своих делах непосредственно царю. Административный аппарат постоянно увеличивался, и к началу XX в. в России насчитывалось 436 тыс. чиновников. По тем временам это была самая большая бюрократическая прослойка во всем мире. В государственном аппарате шло постоянное тайное и явное ведомственное соперничество бюрократических структур.
К началу XX в. в России сложилась система спецслужб, обеспечивающих внутреннюю государственную безопасность российской империи. Становым хребтом этой системы было Министерство внутренних дел, важнейшей функцией которого была борьба с революционным движением и либеральной оппозицией. Специально этим занимался Департамент полиции, являвшийся «наследником» III отделения Собственной Его Императорского Величества канцелярии. Пятьдесят девять штатских чиновников Особого отдела департамента осуществляли общее руководство политическим розыском. Непосредственными исполнителями их указаний были около 16 тыс. офицеров и нижних чинов Отдельного корпуса жандармов. Министр внутренних дел был шефом корпуса. Корпус жандармов делился на три части. Первая состояла из имевшихся в каждой губернии жандармских управлений, которые следили за политическим порядком на территории своих губерний, вели дознания и расследования.
Вторая часть корпуса была сведена в жандармские управления и несла службу в полосе железных дорог, выполняя функции общей и политической полиции. Третья часть, жандармские дивизионы, существовали во всех губерниях. Отдельному корпусу жандармов помогали Отделения по охране общественной безопасности и порядка — охранные отделения. В начале XX в. их было 3 — в Петербурге, Москве и Варшаве, но уже через несколько лет их число достигло 27.
Однако к концу XIX в. жандармские управления были совершенно не в состоянии противостоять нарастающей волне революционного и либерально-освободительного движения и обеспечить государственную безопасность Российской империи от внутреннего врага. Сказывалось, прежде всего, то, что во главе управлений, как правило, стояли заслуженные полковника и генералы, воспитанные в старинных традициях корпуса жандармов. Они были совершенно не знакомы с современными требованиями и методами политического розыска. Дело нередко доходило до курьезов. Л. П. Ратаев писал, например, что жандармские унтер-офицеры, осуществлявшие наружное наблюдение, переодеваясь в штатское платье, «иногда забывали снять шпоры».
Генерал А. И. Спиридович, проводивший ревизию Тифлисского жандармского управления, писал в своем отчете следующее: «В качественном отношении агентура не может быть названа хорошей. Действительно, помимо недостатков в доставляемых сведениях, на основании которых дан подобный отзыв, пришлось узнать следующие характерные факты, едва ли известные заведующему: один сотрудник, работая на управление, дает в то же время сведения железнодорожным жандармам. Другой ведет себя крайне неосторожно, одевается слишком хорошо для рабочего и считает возможным раскланиваться на гулянии в саду с жандармскими офицерами».
Вопросами обеспечения внешней безопасности Российской империи занималось военное ведомство. Среди спецслужб Военного министерства центральное место занимали органы военной разведки. Они были созданы в начале XIX в. военным министром России Барклаем де Толли и являлись необходимой частью управления каждого воинского штаба. Так, на стратегическом уровне зарубежная разведка велась Военно-ученым комитетом и Азиатской частью Главного штаба. Непосредственно ведением разведки вероятного противника занимались военные агенты, прикомандированные к российским дипломатическим миссиям в зарубежных странах, а также лица из состава военно-ученых экспедиций. В 1903 г. после реорганизации органов управления военного ведомства задачами военной разведки стало заниматься 7-е отделение (по военной статистике иностранных государств) 1-го отдела (Военно-статистического) Управления Второго генерал-квартирмейстера Главного штаба.
Главным компонентом зарубежной военной разведки были военные и морские агенты. Они официально представлялись как офицеры русской армии и флота органам внешних сношений иностранных государств. По состоянию на 1899 г. российские военные агенты были аккредитованы в 18 столицах мира, а морские агенты находились во Франции, Великобритании, Германии, Нидерландах, Дании, Швеции, Норвегии, Турции, Японии и США. Как правило, вся информация, в которой были заинтересованы военные и морские агенты, являлась секретной; получить ее можно было только тайными путями — через третьих лиц. Они назывались негласными (тайными) агентами. Разведка, осуществляемая с помощью таких агентов, стала называться негласной (тайной). Основным документом, регламентирующим деятельность военных агентов, являлась «Инструкция военным агентам (или лицам их заменяющим)». Она была специально разработана на основе многолетнего опыта деятельности агентурной разведки русской армии и утверждена военным министром 16 декабря 1880 г. Напомним, что первая соответствующая инструкция появилась 10 июня 1856 г. и была утверждена самим императором Александром II.
В конце XIX в. начал складываться новый постоянный институт негласных военных агентов. Это были офицеры, решавшие разведывательные задачи с позиций должностей прикрытия при российских представительствах в Азии и на Востоке. По согласованию с Министерством иностранных дел в начале XX в. негласные военные агенты появились в Европе. Серьезным препятствием на пути становления этой разведывательной структуры стали неслыханные бюрократические барьеры в виде бесконечных согласований, утверждений, докладов и прочих формальностей, сопровождаемые традиционной российской канцелярской волокитой. Такая переписка о назначении негласного агента длилась месяцами, а иногда годами. Она была испещрена пометками «Совершенно секретно», «Доверительно». В конечном итоге, запечатанная сургучными печатями с соответствующими надписями, она отправлялась обычной почтой. Естественно, она подвергалась соответствующей обработке в стране прибытия, и контрразведывательные органы вероятного противника нередко до мельчайших подробностей знали о секретных поручениях практически каждого российского представителя.
