Если у германского сухопутного командования не существовало никаких сомнений в справедливости и возможности реализации этого плана, то командование кригсмарине проявило заметно большее беспокойство. 4.2.1941 на очередном совещании в ставке фюрера по военно-морским вопросам главком кригсмарине гросс-адмирал Э. Редер докладывал замысел действий флота в войне с СССР. Основные предложения относительно Черноморского театра сводились к следующему: планировалось оказать помощь Румынии и Болгарии в организации береговой обороны морского побережья и устья Дуная. Кроме этого, Редер настоятельно требовал организации серии внезапных ударов по русским ВМБ с воздуха, чтобы сковать активность советского флота и предотвратить его операции против румынских портов, в первую очередь Констанцы. Последняя являлась одной из главных болевых точек «оси» в данном регионе. Дело в том, что добываемая в нефтеносном районе Плоешти нефть частично отправлялась в Германию по железной дороге, а частично по трубопроводу транспортировалась в нефтехранилища Констанцы. В этих морских воротах Румынии нефть перекачивалась на итальянские танкеры и далее через черноморские проливы, Эгейское и Ионическое моря доставлялась в Италию. Одним из основных потребителей этого топлива являлся итальянский флот, который в это время вел ожесточенную борьбу с англичанами за господство на Средиземном море. Итальянские корабли охраняли конвои транспортов с грузами для армии Роммеля, которая в это время вела наступательные операции в Ливийской пустыне. Боевые действия на различных фронтах Второй мировой войны сплетались в весьма сложный узел, и тому, кто терпел неудачи на одном направлении, было очень тяжело успешно действовать на другом. Именно поэтому союзники по «оси» были крайне заинтересованы в исключении из игры советского Черноморского флота до того момента, как доблестные войска вермахта займут с суши все его базы. Севастополь являлся главной из них.
Никаких специальных сил для действий на Черном море штаб люфтваффе не выделил. Фактически море и Крым попадали в полосу действий 4-го Воздушного флота, которым в течение всего рассматриваемого периода руководил генерал-полковник А. Лёр (Alexander Lohr). Флоту подчинялось три авиационных соединения: IV (командир — генерал авиации К. Флюгбейль (Kurt Pflugbeil) и V (генерал авиации Р. Риттер фон Грайм (Robert Ritter von Greim) воздушные корпуса и немецкая авиационная миссия в Румынии. V авиакорпус поддерживал главный удар, наносившийся 1–й танковой группой через Западную Украину на Киев, и потому в боевых действиях над морем участия не принимал. IV корпус вместе с румынской авиацией поддерживал южный фланг группы армий и в случае необходимости мог выделить часть своей авиации для действий над морем, хотя изначально ему такая задача не ставилась. В состав корпуса на 22.6.1941 входили разведэскадрилья 3(F)/121, эскадра KG 27 в полном составе, бомбардировочная группа II/KG 4, специализировавшаяся на минных постановках (все бомбардировщики в эскадре и группе относились к типу Не-111Н), штабная эскадрилья эскадры JG 77 и истребительные группы II, III/JG 77 (на Bf-109F), I/LG 2 (Bf-109E). Немецкая миссия в Румынии включала штабную эскадрилью эскадры JG 52 и истребительную группу III/JG 52. Главной задачей миссии являлась противовоздушная оборона нефтедобывающего района Плоешти.
В заключение хотелось бы сказать еще пару слов о том, что представляли собой Крым и Севастополь к началу Великой Отечественной войны.
Полуостров Крым (около 26 тыс. кв. км, 1,1 млн. чел. населения (1939 г.), из них: 42% — русские, 11 % — украинцы, 25% — крымские татары, 5% — немцы) тогда являлся автономной республикой в составе РСФСР. Столицей республики и наиболее крупным городом являлся Симферополь. Середина северного побережья соединена с материком узким Перекопским перешейком шириной в самом узком месте 8 км, на котором находится старое укрепление — Татарский вал, и дамбой у Чонгара, по которой через мелководный залив Сиваш проходит железная дорога Севастополь — Симферополь — Запорожье. Большая часть Крыма представляет собой равнинную черноземную степь с сухим, зимой — холодным климатом. С военной точки зрения — это открытая безлесная местность, которую очень сложно оборонять. К югу равнина повышается тремя уступами к горной цепи Яйла (длина — 120 км, ширина — 20—35 км, высшая отметка — 1543 м), которая к морю круто обрывается. Труднопроходимые горы имеют многочисленные пещеры и нагромождения скал. Горную цепь пересекают лишь немногочисленные дороги. Южное побережье Крыма имеет мягкий субтропический климат. Здесь находятся порты и курорты Балаклава, Ливадия, Ялта, Алушта, Судак и Феодосия. Восточнее этого города располагается Парпачский перешеек шириной 16 км, соединяющий остальной Крым с Керченским полуостровом. Керченский пролив (на юге 15 км, на севере 4 км шириной), соединяющий Черное и Азовское моря, отделяет где круто, а где покато понижающийся к востоку полуостров от Таманского полуострова, находящегося на кавказской стороне. Город Керчь соединен с остальным Крымом шоссейной и железной дорогами. Дорожные условия в Крыму такие же, как по всей русской степи: летом дороги проезжие, во влажный период — непроходимые. Район Севастополя с отрогами горной цепи Яйла высотой 20—100 м круто обрывается к морю в южном и западном направлениях. Наряду с находящейся непосредственно севернее города главной портовой бухтой Северной южнее города и на северо-западной стороне полуострова Херсонес большое количество мелких бухт кое-где с невысокими скалистыми берегами. Важнейшими среди них являются Казачья и Камышовая бухты. Над городом и гаванью с юго-востока господствуют голые плоские высоты Сапун-горы (240 м). Кроме Севастополя, на западном побережье Крыма находятся мелкие порты Евпатория и Ак-Мечеть. Расстояние от Ак-Мечети до Одессы составляет всего 180 км, в то время как расстояние от Севастополя до Констанцы составляет 390 км. Расстояние между Севастополем и Перекопом по прямой составляет 180 км, Севастополь — Чонгарская дамба — 150 км. К началу войны в Крыму находилось 45 крупных заводов и фабрик. Но еще большее значение имел полуостров как всесоюзная здравница. Здесь располагалось 195 санаториев и домов отдыха, в которых в 1940 г. отдохнуло более 300 тыс. человек.
Севастополь в первую очередь являлся базой флота и особого гражданского назначения не имел. В нем в 1941 г. проживали 114 тыс. человек, имелось 3 техникума, 28 школ, 13 библиотек, театр, 3 кинотеатра, 2 музея и картинная галерея. Наиболее крупным предприятием являлся Северный морской завод имени С. Орджоникидзе Наркомата судостроительной промышленности, на котором осуществлялся ремонт боевых кораблей Черноморского флота. В черте города и на ближних подступах имелось четыре сухопутных (Бельбек, Чоргунь, Куликово поле, Херсонесский маяк) и один морской (бухта Голландия) аэродром. Несколько севернее находился аэродром Кача, где до начала войны дислоцировалось летное училище ВВС РККА.
Никаких оборонительных укреплений к началу войны в районе Севастополя не было. Тем не менее еще 16.12.1940 г. нарком ВМФ СССР Н. Г. Кузнецов отдал приказ «О мерах по сухопутной и противодесантной обороне на морских театрах». В нем, опираясь на опыт первого периода Второй мировой войны, он указал на широкое применение вероятным противником морских и воздушных десантов (имелись в виду немецкие операции по захвату Норвегии и о. Крит) и потребовал подготовить базы флота к круговой обороне. Мероприятия по выполнению этого приказа разворачивались весьма медленно. Лишь в феврале 41-го была создана комиссия по выбору сухопутного рубежа обороны базы на местности, которая закончила свои работы к концу мая. В ее акте определялись участки строительства ДОТов, ДЗОТов, окопов, убежищ, командных и наблюдательных пунктов, заграждений, систем водо-и электроснабжения. В марте провели двухстороннее учение по отражению высаженного в тылу главной базы воздушного десанта, которое вскрыло полную неготовность войск к решению этой задачи.