Такое поведение руководящих работников частей содействовало широкому вовлечению красноармейцев и младших командиров в барахольство и мародёрство и приводило к тому, что бойцы и командиры в каждом занятом городе толпами набрасывались в магазины, устраивали толкучки, создавали очереди и закупали в торговых лавках что попало и в большом размере таких вещей, которые не нужны для военнослужащего, как то: по несколько пар женской обуви, платьев и т. п. Военная прокуратура решительно и беспощадно вела борьбу со всеми вышепоименованными преступлениями, десятки военнослужащих были осуждены на разные сроки и даже к расстрелу, однако большого эффекта наши приговоры не давали». Польский генерал Владислав Андерс в своих мемуарах передаёт рассказы очевидцев о том, как после вступления во Львов «большевики грабили имущество не только частное, но и государственное…НКВД всё сильнее проникает во все сферы жизни, о толпах беженцев, которые, узнав, каково жить при большевиках, несмотря ни на что, хотят уйти на земли, оккупированные немцами». По собственным наблюдениям Андерса, в конце осени 1939 г. Львов имел такой вид: «Магазины разграблены, витрины разбиты, лишь на одной — несколько шляп. Бесконечные очереди у продуктовых магазинов…Настроение у людей мрачное. На улицах полно энкаведешников и солдат. Мостовые и тротуары грязные, заваленные снегом. Впечатление ужасное».
В результате операции под контроль СССР перешла территория площадью 196 тыс. кв. км (50,4 % территории Польши) с населением около 13 млн человек, большинство из которых составляли украинцы и белорусы. Численность поляков на захваченных территориях, по разным источникам, составляла от 1 до 5 млн человек.
Польские потери в боях с РККА точно неизвестны. Они оцениваются примерно в 3,5 тысячи погибших военнослужащих и гражданских лиц, а также 20 тысяч раненых и пропавших без вести. Общее число захваченных пленных (солдат и офицеров вооружённых сил Польши, солдат и офицеров пограничной охраны, полицейских, жандармов и лиц, захваченных с оружием в руках) составило 454 700 человек, в том числе военнослужащих вооружённых сил Польши — 240–250 тысяч, из них офицеров около 10 тысяч.
Пленных рядовых и унтер-офицеров, родившихся на территориях, отошедших к СССР, освободили и распустили по домам. Более 40 тысяч жителей западной и центральной Польши передали Германии, а 20–25 тыс. человек направили на шахты Кривого Рога и Донбасса. Освобождённые пленные забили дороги, поэтому уже 28 сентября телеграммой начальника штаба Украинского фронта № 457 до сведения войск был доведён приказ командующего войсками фронта: «Распоряжение об освобождении военнопленных-крестьян Западной Украины и Западной Белоруссии ОТМЕНИТЬ. Всех военнопленных тщательно учитывать и направлять на этапно-пересыльные пункты НКВД. Указание об использовании военнопленных будут даны дополнительно». Командующий требовал «принять все меры к задержанию всех военнопленных, бредущих самостоятельно по дорогам и находящихся ещё в городах на свободе, брать под стражу и направлять в эшелонах, или походным порядком. Организовать питание военнопленных. Свяжитесь с местными управлениями, чтобы они помогли в вылавливании скрывающихся офицеров в городах и местечках». Политбюро ЦК ВКП(б) создало комиссию во главе с секретарём ЦК ВКП(б) Ждановым для рассмотрения вопроса о военнопленных. В неё, в частности, вошли Берия и Мехлис. 2 октября комиссия одобрила проект постановления Политбюро ЦК ВКП(б) о военнопленных, в основу которого были положены предложения Берии и Мехлиса. В нём предлагалось распустить солдат — уроженцев Западной Украины и Западной Белоруссии по домам, задержав 25 тысяч из них для строительства дороги Новоград-Волынский — Львов. Солдаты, уроженцы «немецкой части Польши», должны были содержаться в специальных лагерях НКВД до окончания переговоров с Германией об их отправке на родину. Офицеров, полицейских, других служащих силовых органов предписывалось разместить в специальных лагерях. По постановлению Политбюро ЦК ВКП(б) от 3 октября 1939 г., 6 тысяч пленных польских полицейских и жандармов были помещены в Осташковский лагерь, 4,5 тысячи кадровых и призванных из запаса офицеров — в Козельский, и ещё около 4 тысяч — в Старобельский. 5 марта 1940 г. на заседании Политбюро ЦК ВКП(б) решилась судьба польских военнопленных, находившихся в этих лагерях. Приведём выписку из протокола № 13 заседания Политбюро ЦК ВКП(б).
ВЫПИСКА ИЗ ПРОТОКОЛА ЗАСЕДАНИЯ ПОЛИТБЮРО ЦК ВКП(б) О ПОЛЬСКИХ ОФИЦЕРАХ, СОДЕРЖАЩИХСЯ В ЛАГЕРЯХ ДЛЯ ВОЕННОПЛЕННЫХ
«Предложить НКВД СССР:
1) дела о находящихся в лагерях для военнопленных 14 700 бывших польских офицерах, чиновниках, помещиках, полицейских, разведчиках, жандармах, осадниках и тюремщиках.
2) а также дела об арестованных и находящихся в тюрьмах западных областей Украины и Белоруссии в количестве 11 000 человек, членах различных контрреволюционных, шпионских и диверсионных организаций, бывших помещиках, фабрикантах, бывших польских офицерах, чиновниках и перебежчиках рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела.
II. Рассмотрение дел провести без вызова арестованных и без предъявления обвинения, постановления об окончании следствия и обвинительного заключения в следующем порядке:
а) на лиц, находящихся в лагерях для военнопленных, — по справкам, представляемым Управлением по делам военнопленных НКВД СССР,
б) на лиц, арестованных по справкам — из дел, представляемым НКВД УССР и НКВД БССР.
III. Рассмотрение дел и вынесение решения возложить на тройку в составе тт. Меркулова, Кобулова и Баштакова (начальник 1-го Спецотдела НКВД СССР). Секретарь ЦК И. Сталин».
По данным, приведённым в записке председателя КГБ Шелепина Н.С. Хрущёву, всего было расстреляно 21 857 человек, из них в Катыни 4421 человек, в Харькове 3820 человек, в Калинине 6311 человек и 7305 человек в лагерях и тюрьмах Западной Украины и Западной Белоруссии.
Среди казнённых были как кадровые офицеры, так и офицеры военного времени — мобилизованные адвокаты, журналисты, инженеры, учителя, врачи и т. д., включая университетских профессоров, которых только в Козельском лагере находилось 20 человек.
30 июня 1941 г. в Лондоне между польским правительством в эмиграции и представителями СССР было подписано «Соглашение о взаимной помощи в войне против Германии и создании на территории СССР польских воинских формирований». 12 августа последовал указ об амнистии для поляков. Всего было амнистировано 389 тыс. человек. Значительная часть из них вступила в польскую армию, формировавшуюся на территории СССР генералом Владиславом Андерсом, и в её составе в 1942 г. покинула СССР. Другая часть в 1943 г. вступила в дивизию им. Тадеуша Костюшко. Вопросы послевоенного устройства Восточной Польши Политбюро ЦК ВКП(б) начало обсуждать почти за две недели до вторжения. Решение Политбюро, датированное 4 сентября — 3 октября 1939 г., было оформлено единым Протоколом N 7113, в котором предписывалось: «Созвать Украинское Народное Собрание из выборных по областям Западной Украины…»
Это Народное собрание должно было: 1) утвердить передачу помещичьих земель крестьянским комитетам; 2) решить вопрос о характере создаваемой власти; 3) решить вопрос о вхождении освобождённых областей в состав УССР; 4) решить вопрос о национализации банков и крупной промышленности. 22 октября 1939 г. состоялись выборы депутатов в Народное собрание Западной Украины, на которых, по официальным данным, в голосовании приняло участие 4433 тыс. человек, или 92,83 % избирателей. За «кандидатов блока рабочих, крестьян и интеллигенции» проголосовало 90,93 % от числа проголосовавших. Народное собрание начало работу 26 октября во Львове, а 27 октября единогласно приняло Декларацию о вхождении Западной Украины в состав УССР. В ней, в частности, говорилось: «Украинское Народное Собрание, являясь выразителем непреклонной воли и чаяний народа Западной Украины, постановляет: просить Верховный Совет Союза ССР принять Западную Украину в состав Украинской Советской Социалистической Республики с тем, чтобы воссоединить украинский народ в едином государстве, положить конец вековому разобщению украинского народа». 1 ноября 1939 г. Верховный Совет СССР принял закон о включении Западной Украины в состав СССР и воссоединении её с Украинской Советской Социалистической Республикой. Позднее принадлежность Западной Украины и Западной Белоруссии Советскому Союзу была закреплена решениями союзников по антигитлеровской коалиции. Польское население этих территорий после войны было в основном переселено в Польшу, которая в качестве компенсации получила часть территории побеждённой Германии (Силезский бассейн, Вроцлав, Гданьск).