1908 г.
В конце апреля на “Шарнхорсте” подняли вымпел, крейсер приняли в казну, и он вступил в кампанию в составе флота Открытого моря, где 1 мая, сменив броненосный крейсер “Йорк”, начал службу флагманским кораблём командующего разведывательными силами контр-адмирала фон Хеерингена. Младший флагман капитан 1 ранга Каллау фон Хофе держал свой флаг на броненосном крейсере “Роон”.
12 июля на “Гнейзенау” также подняли вымпел, корабль приняли в казну, и он вступил в кампанию, приняв участие в учебном походе в Атлантику, в осенних и зимних манёврах, а также учениях и походах в составе того же разведывательного соединения.
В сентябре на крейсерах сменились командиры. Командира “Гнейзенау” капитана 1-го ранга Хиппера сменил командир “Шарнхорста” капитан 1-го ранга Трюммлер. В свою очередь последнего сменил фрегатен- капитан, затем капитан 1-го ранга Филипп, командовавший “Шарнхорстом” до марта 1909 г.
1909 г.
После плановых учений и манёвров кораблей разведывательного соединения в феврале-марте, “Шарнхорст” и “Гнейзенау” приняли участие в учебном походе флота Открытого моря в Атлантику и в июле-августе следующем походе к берегам Испании.
До 11 марта “Шарнхорст” оставался флагманским кораблём разведывательных сил, принимая участие во всех манёврах и учебных походах флота Открытого моря. Затем флагманским кораблём снова стал “Йорк”, поскольку “Шарнхорст” под командой нового командира капитана 1-го ранга Маасса планировали сделать флагманским кораблём командующего восточноазиатской крейсерской эскадры. Так как в скором времени со стапеля должен был сойти первый германский линейный крейсер “Фон-дер-Танн”, броненосные крейсера в составе разведывательных сил больше не имели переспектив на будущее, в то же время, для района Восточной Азии “Шарнхорст” представлял собой отличный флагманский корабль.
“Шарнхорст” дооборудовали и снабдили всем необходимым для действий в районе тихоокеанских колониальных владений Германии. 1 апреля броненосный крейсер навсегда покинул Киль и начал переход в Восточную Азию. На его борту находился контр-адмирал фон Ингеноль ¦- будущий командующий восточноазиатской крейсерской эскадры, назначенный указом кайзера от 13 марта 1909 г. сначала как младший флагман – должность, на которую с 1905 г. не производили назначений. 29 апреля “Шарнхорст” встретился в Коломбо с возвращавшимся в Германию бывшим флагманским кораблём – броненосным крейсером “Фюрст Бисмарк”.
Отныне “Шарнхорст” стал флагманским кораблём эскадры, а контр-адмирал фон Ингеноль, ещё как младший флагман, вместо капитана 1 ранга Вурмбаха стал возглавлять несение службы на германских восточноазиатских станциях. Лишь после того как нынешний командующий крейсерской эскадры вице-адмирал Коерпер, находившийся в это время на лёгком крейсере “Лейпциг” в районе о. Сува, 18 мая возвратился в Г ерманию, фон Ингеноль официально стал командующим эскадрой.
В это время в состав базирующейся на Циндао восточноазиатской эскадры, кроме “Шарнхорста”, входили лёгкие крейсера “Лейпциг” (1904-06 гг., 3816 т, 10 105-мм, 22,1 уз.) и “Аркона” (1901-03 гг., 3180 т, 10 105-мм, 21,5 уз.). В дальнейшем в её подчинение вошли канонерские лодки “Ильтис”, “Ягуар”, “Тигер” и “Луке” (все 1897-1900 гг., 1462-1665 т,два-четыре 88-мм, 13,9-14,8 уз.), речные канонерские лодки “Форвартс” (1899 г., 406 т, два 50-мм, 11 уз.), “Циндао” и “Фатерлянд” (1902-04 гг., 497 т, одно 88-мм, одно 50-мм, 13 уз.), а также миноносец “Таку” (1898-1899 гг., 284 т, два 50-мм, два 450-мм ТА, 11 уз.) и S-90.
В июле-августе “Шарнхорст” совершил поход в район северной группы островов германских восточноазиатских станций, в сентябре посетил порты Жёлтого моря, 18 ноября ушёл в район южной группы станций. Поход прервали в Гонконге, где вместе с лёгким крейсером “Лейпциг” отпраздновали наступление нового 1910 г.