Командование маньчжурской армии действовало строго в соответствии с указаниями своего императора. В начале февраля в русскую крепость был послан «прежний изменник» И. Артемьев, который вызвал на переговоры представителей албазинцев, Артемьев заявил осажденным, что «китайский хан, жалеючи албазинских осадных сидельцов, прислал в китайские таборы лекарей 2 человек». От Бейтона требовалось представить ведомость всех больных и раненых, которые нуждались в медицинской помощи. А. Бей-тон «в том им отказал, а говорил, что в Албазине служилые люди милостию великого бога все здоровы, а немощных никого нет».
Великодушный жест маньчжурской армии по отношению к защитникам Албазина на самом деле преследовал далеко не благородные цели. Маньчжуры прекрасно знали, что практически весь гарнизон русской крепости нуждался в медицинской помощи. Да и сам гарнизон к тому времени насчитывал всего «всяких чинов людей 115 человек, баб и робят 55 человек». Маньчжурам требовалась более полная информация о силах русских и их возможностях, о способности русских выдерживать и дальше жесткую маньчжурскую осаду.
Гордый отказ Бейтона от помощи со стороны маньчжуров имел свое обоснование. Незадолго до того по договоренности с маньчжурской стороной 12 казаков были отправлены в леса для сбора сосновых веток и коры, однако «китайские караулы» схватили их, связали и долго на арканах таскали по полям. Казаки были отпущены назад «чуть живые», а к вечеру того же дня шестеро из них от ран скончались. После этого никакого доверия «великодушию» врага со стороны албазинцев уже быть не могло.
Несмотря на критическое положение, гарнизон русской крепости продолжал нести службу, сохранял порядок и дисциплину. А. Бейтон всеми силами старался не показать маньчжурам своего бедственного положения. 27 марта по случаю пасхальных праздников русские послали маньчжурам «пирог пшеничный весом в пуд, и китайские де воеводы пирог приняли с честию».
С приходом весны 1687 года и открытием судоходства по рекам нерчинский воевода И.Е. Власов начал требовать отвода маньчжурских войск от Албазина, как то было обещано цинской стороной еще осенью. Однако противник не собирался выполнять свое обещание.
20 апреля 1687 года в маньчжурский лагерь на Амуре прибыл из Нерчинска казак Андрей Вологда, который передал цинским командирам требование Власова уйти от Албазина.
6 мая маньчжурская армия отошла вниз по Амуру на 3—4 версты и остановилась в районе русской деревни Озерной. Перед отступлением маньчжуры уничтожили все свои оборонительные сооружения и приспособления вблизи Албазина, а на новом месте немедленно приступили к строительству оборонительных укреплений.
Поведение цинских войск под Албазином первоначально было непонятно русскому командованию. Однако вскоре оно осознало истинные планы маньчжурской стороны. От «изменников», в частности от А. Байгашина, албазинцы узнали, что «китайские полковые воеводы стали от города в ближних местех, для того чтоб не дать албазинским жителем никакова хлеба сеять, а как де пройдет время хлебному севу, и они де в то время пойдут в Китайское государство со всеми войски».
С отходом цинских войск русское командование получило новые данные о положении в их стане. От Байгашина и двух перебежчиков — мунгалетина по имени Очирко и китайца — стало известно, что под Албазином погибло «боевово люду тысячи до полтрети, да работных никанских мужиков побито многое число». Главная причина потерь — отсутствие в маньчжурской армии в достаточном количестве провианта. Обоих перебежчиков А. Бейтон после допросов отослал обратно в китайский лагерь, чтобы не провоцировать противника на ответные жесткие акции.
30 августа 1687 года маньчжурское войско покинуло свой укрепленный лагерь и направилось к устью реки Зеи. Противник отошел от русской крепости.
Военно-политические отношения между двумя странами вступили в этап дипломатических согласований.
Героическая пятимесячная оборона стоила жизни подавляющей части защитников Албазина. В одной челобитной 1689 года албазинские казаки указывали, что пережили осаду из «старых албазинцев» пятидесятник Анцифор Кондратьев и 19 рядовых, а из пришедших в Албазин с А. Бейтоном — пятидесятник Василий Смиренников и 29 рядовых. Всего — 50 человек. Сам А. Бейтон в 1689 году составил список из 7 «старых» албазинских казаков и 90 казаков, пришедших в Албазин вместе с ним.
Как и в 1685 году, албазинцы вновь лишились всего скота и лошадей. После отхода маньчжурской армии А. Бейтон начал восстанавливать укрепления и сооружения внутри острога, готовиться к севу. И.Е. Власов прислал из Нерчинска небольшое подкрепление.
Далее судьба Албазина решалась посольством Ф.А. Головина и цинскими представителями, которые провели несколько раундов переговоров. Итогом этих переговоров, в ходе которых российской стороной делалось множество уступок, явилось заключение Нерчинского договора.
31 августа 1689 года Ф. Головин направил А. Бейтону в Албазин указ — «построенный город Албазин разорить без остатку, и впредь с обеих сторон в нем крепости и жилища никакова не иметь». Одновременно в Аргунский острог был послан указ о перенесении крепости на другой берег реки.
8 октября воевода А. Бейтон доложил об уничтожении Албазина и исходе из него русской военной силы.
Таким образом, вторая оборона русского острога Алба-зин продолжалась пять месяцев и отличалась высокой напряженностью военных действий.
Цины имели абсолютное превосходство в силах и средствах, смогли заранее осуществить всестороннюю и эффективную подготовку к военным действиям. Однако их попытки с ходу овладеть русской крепостью оказались безрезультатными.
Русский гарнизон отличал высочайший моральный дух, смелость и верность своему долгу. Все попытки противника силой или хитростью сломить русских были тщетны. Острог остался неприступным для противника. Русский отряд организованно по приказу покинул свои позиции, уничтожив при отходе все укрепления и сооружения.
В Пекине осада Албазина и его последующее уничтожение были восприняты как большая победа над Россией. Цинский двор сделал вывод: «Русское государство никогда не имело связей со Срединным государством. Русские по своему характеру чрезвычайно свирепы, и их трудно подчинить. Однако в настоящее время они проявляют покорность и искренне желают обратиться к культуре. Земли, на несколько тысяч ли лежащие на обращенных к Срединному государству (склонах) Хингана, начиная с крайнего севера, и пустынные, целиком станут принадлежать Срединному государству».
Героическая оборона Албазина яркой страницей вошла в историю русско-китайских отношений и стала символом несгибаемости русского духа и русской военной силы. Уроки Албазина, главный из которых заключался в невозможности победить русских военным путем, в Пекине запомнили навсегда.
Военно-политические отношения Китая и России, независимо от происходивших в них на протяжении последующих более трех столетий политических изменений, с тех пор строились с учетом уроков и опыта военных действий под Албазином во второй половине XVII века.
