Шарапов и Бушков в сопровождении маньчжурского отряда отбыли в Албазин из Пекина через Маньчжурию
5 ноября 1686 года. Накануне отъезда Шарапов получил приказ «едучи дорогою и будучи в войске китайском … о всем смотреть накрепко».
По прибытии в район Албазина 30 ноября Шарапов и Бушков были пропущены маньчжурами внутрь русской крепости, где они передали послание Венюкова и Фаворова начальнику гарнизона А. Бейтону. Для ведения переговоров с цинским командованием под Албазином от русского гарнизона были выделены казаки Михаил Чаплин и Яков Болтевский. Маньчжуры, выполняя волю своего императора, несколько ослабили режим осады русской крепости, пообещали, что «к Албазину приступать не станут», и даже разрешили небольшим группам казаков выходить из города за водой к реке. Однако эти послабления не распространялись на тех русских, кто осмеливался выходить из города для ловли рыбы, охоты или сбора хвороста и сосновой хвои (отвар сосновой хвои применялся для лечения цинги) в окрестных лесах. Осада продолжалась, и по-прежнему маньчжуры стремились взять русскую крепость измором.
Вместе с тем в ходе контактов с русским гарнизоном маньчжурское командование пообещало: «А только де чем в осаде будет скудно, и они б, осадные сидельцы, им, (маньчжурским) воеводам, говорили, и они де в том помочь учинить велят».
Осажденный русский гарнизон добился от маньчжуров и некоторых других «поблажек». Так, противник обещал пропускать из Албазина в Нерчинск и обратно небольшие группы русских численностью 20—30 человек с провиантом и скотом, «а больших де людей и со вьюки на верблюдах пропустить не хотели». Исключалось также и передвижение казаков в одиночку.
После переговоров с представителями маньчжурского командования А. Бейтон выяснил, что отход неприятельской армии возможен только после вскрытия Амура, а до весны противник намеревался продолжать осаду.
В соответствии с договоренностями с маньчжурами А. Бейтон направил в Нерчинск группу своих посланцев, в которую вошли казаки Чаплин, Шарапов и Бушков. Маньчжуры пропустили эту группу беспрепятственно, даже снабдили казаков подводами и провизией на весь путь.
По приезде в Нерчинск М. Чаплин доложил воеводе И.Е. Власову о потерях албазинцев и состоянии обороны крепости: «А в осадное де время на выласках и на городе побито и от ран померло человек со 100. А собою де налицо в Албазинску служилых и всяких чинов людей … осталось человек с полтораста, и те де все перецынжали, а иные ранены, а в караулех де только человек с 30 да подросков человек с 15. А верховая де и полковые пушки все в целости, а пороху де пуд з 20, свинцу тож. А хлеба де в Албазине будет тем осадным людем июля до первых чисел».
Получив известия о положении в Албазине и вокруг него, Власов 26 декабря направил в крепость «даурского сына боярского» Игнатия Милованова с 26 служилыми людьми, которые должны были обеспечить перегон для осажденных 20 коров. Более никакой помощи Власов оказать не мог: «А на лечбу… от мыта и от цынги и от ран алба-зинским осадным людем послать мне нечево, а пороху и свинцу послать опасно».
Маньчжуры перехватили отряд Милованова на подступах к Албазину и посадили всех казаков под стражу поодиночке. После этого начались допросы русских посланцев — маньчжуры пытались выяснить как можно больше информации о планах русской стороны. Внутрь осажденной крепости маньчжуры пропустили всего 10 человек и скот. С Миловановым они направили в качестве сопровождающих «прежних изменников» Ивана Артемьева и Афанасия Байгашина.
Милованову разрешили находиться в Албазине всего четверть часа. Он успел только встретиться с А. Бейтоном, тяжело больным к тому времени. Гарнизон крепости был на грани физического истощения, большинство служилых людей и крестьян были ранены или больны. За все время пребывания внутри крепости Милованов увидел только троих здоровых казаков. Сопровождавшие «изменники» не разрешили вновь прибывшим вступать в какие-либо разговоры ни с самим Бейтоном, ни с другими защитниками крепости. В то же время, как впоследствии доложил Милованов Власову, «бывшие изменники» «ходят в Албазин с торгом, продают вино горячее и рыбу». Посредством засылки перешедших на сторону маньчжур русских пленных противник изучал настроения внутри русской крепости.
Однако, несмотря на все трудности и лишения, русский гарнизон не был сломлен морально. О сдаче врагу никто из албазинцев даже не помышлял.
Двое казаков из отряда Милованова — Г. Фомин и И. Тарханов — по дороге обратно в Нерчинск исчезли. Сам Милованов сделал вывод, что они скорее всего перешли на сторону маньчжурской армии, так как в Албазине их тоже никто больше не видел. Судьба Фомина и Тарханова долго была неизвестна русскому командованию. Неоднократно Бейтон и Власов требовали от маньчжуров их выдачи, однако те постоянно утверждали, что «таковы де беглые люди к ним в табары не бывали». Только в августе 1687 года, когда маньчжуры уже отошли от Албазина, Фомин и Тарханов были выданы русским в Албазин и «даны на поруки» до окончательного решения их судьбы.
В ходе встреч русских и маньчжурских представителей под Албазином вопрос о судьбе пленных всегда стоял достаточно остро. Уже с конца 1686 года начался организованный обмен пленными. Так, находившийся в плену казак Михаил Ахреянин был обменен 5 декабря на «взятого языка никанской породы».
Ахреянин рассказал об обстоятельствах своего пленения. 7 июля 1686 года он был послан с другими казаками на оповещение крестьян под Албазином о подходе войска противника. При выполнении этой задачи его вместе с десятью другими казаками захватил в плен маньчжурский отряд численностью в 500 человек. Всех, кроме Ахреянина, маньчжуры сразу «казнили смертью», а его «велели, сковав, держать за караулом до розмены». Рассказывая о своем пребывании в плену, Ахреянин отмечал, что «в китайских полкех в полону терпел голод и всякое мучение, потому что по многие времена на ночи раздевали его донога и руки и ноги розвязывали к кольем». Впоследствии, в августе 1687 года, по распоряжению Ф. Головина М. Ахреянину было выдано «за поденное терпение» 4 рубля.
От Ахреянина русское командование узнало о тяжелом положении в маньчжурской армии, осадившей Алба-зин. Так, находясь в плену, Ахреянин слышал от «изменников прежних албазинских казаков», то есть перешедших на сторону маньчжуров казаков, взятых в плен еще в первую осаду Албазина, что «на приступех де под Албазиным побито китайских и мунгальских людей тысячи с полторы и больши».
Огромные потери несли маньчжуры не только от военных действий, но и от голода и болезней. От «хлебной скудости» начался мор. Общие потери маньчжуров достигли свыше 2500 человек.
10 февраля 1687 года, после многих месяцев осады, маньчжурский император отдал указ: «Нам стало известно, что после снятия осады Албазина среди воинов имеется много больных. Это лучшие маньчжурские войска, мы испытываем чрезвычайное сожаление. Ныне специально посылаются два врача и лекарства для их лечения».
Далее в своем указе богдыхан дальновидно отмечал: «Если теперь в городе есть больные русские, то эти врачи также могут оказать им помощь с тем, чтобы, возвратясь в свою страну, русские распространяли там славу о нашем великодушии».
