8 марта 1917 года бывший император навсегда покинул Ставку. Генерал Н.М. Дубенский вспоминал последнее посещение императором храма: «Многие плакали. Генерал Алексеев, вообще очень религиозный и верующий человек, усердно молился и подолгу стоял на коленях. Я невольно смотрел на него и думал, как он в своей молитве объясняет свои поступки и действия по отношению к Государю, которому он не только присягал, но у которого он был ближайшим сотрудником и помощником в эту страшную войну за последние полтора года. Я не мог решить, о чем молится Алексеев».
Перед отъездом Николай II захотел проститься со своим штабом. В 10.30 в большом зале здания управления дежурного генерала собрались все офицеры и представители из солдат от всех частей и команд штаба — старые вахмистры, фельдфебели и старшие писари. «Государь Император пришел пешком, вместе с генералом Алексеевым, — вспоминал генерал П.К. Кондзеровский. — При входе Его Величества в зал я скомандовал “Смирно, господа офицеры!” и стал на свое место, на правом фланге своего управления. Его Величество, войдя и поклонившись всем, стал посередине и сказал всем теплые прощальные слова; затем сказал несколько слов генерал Алексеев. Мне они оба были хорошо видны, и я ясно видел, как слезы катились по щекам Его Величества. Плакал и генерал Алексеев. Я чувствовал, как какой-то комок подступает к горлу, что могу сейчас разрыдаться; глаза застилал туман. Государь стал всех обходить и прощаться со всеми, протягивая каждому руку и глядя каждому в глаза своим чудным, добрым взглядом… В зале все громче и громче слышались рыдания многих, которые не в силах были сдержаться. Слезы были буквально на глазах у всех.
Вдруг один офицер конвоец грохнулся во весь рост, ему стало дурно; затем другой, Георгиевского батальона. Нервы всех были напряжены до крайности.
Государь не смог окончить обхода всех и поспешно повернул к выходу, но, проходя мимо нижних чинов, Его Величество попрощался с ними; они тоже почти все плакали, особенно старики. Его Величество вышел, сел в автомобиль и уехал на вокзал в свой поезд. Это прощание произвело на всех неизгладимое впечатление». Н.М. Тихменев, также присутствовавший при этой сцене, уточняет, что в конце своего прощания с присутствующими к бывшему императору обратился Алексеев: «Навстречу ему выступил Алексеев, начал что-то говорить. Начала речи я не слышал, так как все бросились за государем и в зале поднялся шум от шаркания ног. До меня долетели лишь последние слова взволнованного голоса Алексеева: “…а теперь, ваше величество, позвольте мне пожелать вам благополучного путешествия и дальнейшей, сколько возможно, счастливой жизни”. Государь обнял и поцеловал Алексеева и быстро вышел».
Но такое эмоциональное прощание нисколько не помешало Алексееву сообщить Николаю II весть от прибывшего из Петрограда думского депутата А.А. Бубликова: «Ваше Величество должны считать себя как бы арестованным». П.К. Кондзеровский пишет: «Генерал Алексеев сказал мне, что он попробовал протестовать, но ему ответили, что по этому поводу получены определенные указания. Сначала генерал Алексеев не хотел брать на себя передачу Его Величеству этого тяжелого поручения, но потом решил, что Государю легче будет выслушать это от него, а не от комиссаров, и потому пошел доложить Его Величеству, что он должен считать себя арестованным». Николай II побледнел и отвернулся от Алексеева. Возможно, он пытался понять в эти минуты, какой же может быть глубина человеческого падения… А ведь Алексеев прекрасно знал о том, что царя арестуют, еще накануне и ни словом об этом не обмолвился!
Флигель-адъютант полковник А.А. Мордвинов запечатлел еще одну выразительную сцену на вокзале:
«— Вот до чего мы дожили, — вырвалось у меня в обращении к генералу Алексееву, пришедшему проводить Государя и стоявшему рядом со мной в коридоре вагона Его Величества…
— Это все равно должно было случиться, — после краткого раздумия, но уверенно возразил он мне, — если не теперь, то случилось бы потом не позднее, как через два года.
Что этим он хотел сказать?.. Почему упомянул об этом сроке?»
Наконец в 16.45 поезд, увозивший «как бы арестованного» Николая II из Ставки, тронулся. Генерал Н.М. Дубенский описал этот момент так: «Государь поднялся в свой вагон и подошел к окну, стараясь его протереть… Наконец поезд тронулся. В окне вагона виднелось бледное лицо Императора с его печальными глазами. Генерал Алексеев отдал честь Его Величеству. Последний вагон Царского поезда был с думскими депутатами; когда он проходил мимо генерала Алексеева, то тот снял шапку и низко поклонился». Сцена более чем красноречивая. Бывшему императору Алексеев отдает честь, а перед новыми хозяевами России снимает шапку…
Временное правительство наградило Алексеева за его участие в перевороте более чем щедро. Именно ему достался пост Верховного главнокомандующего русскими вооруженными силами. Впрочем, назначению Алексеева предшествовали политические интриги. Как мы помним, одним из последних своих указов Николай II назначил Верховным великого князя Николая Николаевича, уже занимавшего эту должность в 1914—1915 годах. 8 марта, буквально через несколько часов после отъезда Николая II из Ставки, великий князь прибыл из Тифлиса в Могилёв. Надо сказать, что его возвращение на пост Главковерха было встречено в армии с восторгом. Так, начальник штаба Западного фронта генерал-лейтенант М.Ф. Квецинский 6 марта сообщал в Ставку: «Все верят в то, что Его Высочество даст сильную твердую власть в армии, а с нею порядок и победу».
Однако едва новый-старый Верховный успел отдать первый приказ по армии, как из Петрограда пришел документ за подписью премьер-министра князя Г.Е. Львова о нежелательности дальнейшего пребывания великого князя в Могилёве. Николай Николаевич был страшно оскорблен (ведь он полностью поддержал Временное правительство во время переворота, а его не оценили!) и удалился в свое крымское поместье, сдав управление Ставкой Алексееву… Официально великий князь был снят с должности и уволен со службы 11 марта. В Ставке снова началось «междуцарствие».
Военный министр А.И. Гучков предложил на пост Главковерха кандидатуру Алексеева. Но против этого возразил М.В. Родзянко, неожиданно обвинивший Алексеева в… «тайном монархизме». 19 марта Временное правительство постановило: «Признать, что в интересах успешного ведения войны представляется мерой неотложного освобождения генерала Алексеева от обязанностей Верховного Главнокомандующего. Желательным кандидатом является генерал Брусилов». Но по настоянию Гучкова ситуацию все же разрешили «демократическим» способом, опросив по телеграфу 18 высших воинских начальников и попросив их… самим избрать Верховного главнокомандующего. В итоге 13 человек высказались об Алексееве в целом благоприятно, четверо — генерал от кавалерии А.А. Брусилов, генералы от инфантерии А.Ф. Рагоза, В.Н. Горбатовский и Ю.Н. Данилов — отозвались о нем без энтузиазма, подчеркнув безволие как основное качество характера Алексеева, а Н.В. Рузский от ответа вовсе уклонился, сославшись на то, что «выбор Верховного должен быть сделан волею правительства». В итоге «демократия» победила, и 2 апреля 1917 года М.В. Алексеев получил телеграмму из Петрограда: «Временное правительство назначает Вас Верховным Главнокомандующим. Оно верит, что армия и флот под Вашим твердым руководством исполнят свой долг перед родиной до конца».