заочному суду Михаила Рагозу и единомышленных ему владык за отступничество и постановила над ними приговор, подписанный всеми членами духовного кола и торжественно объявленный председателем экзархом Никифором: митрополит и епископы-отщепенцы лишались не только архиерейского, но и всякого духовного сана. Приговор этот был немедленно сообщен митрополиту и епископам-униатам. Затем члены и духовного, и светского кола подписали торжественный протест против унии, обязались не признавать духовной власти униатских иерархов и постановили просить короля об отобрании церковных имуществ от осужденных, а также о назначении других епископов и митрополита.
Презрение к отщепенцам со стороны православных немедленно выразилось в некоторых листах, вкратце оповещавших о решении собора и, вероятно, развезенных в разные края членами этого собора, разъехавшимися из Бреста. Между прочим, тут говорится, что «митрополит Рагоза и владыки полоцкий Германко, володимерский Потейко, луцкий Кривилко, холмский Збиражко, пинский Ионище» как сначала тайком и скрытно бегали к римскому папе, отступив от святого православия греческого, так и теперь явно приложились (к папе). «За что от латынян в замке (Берестейском?) были чествованы и как медведи музыкой скоморошескою и тарарушками утешаны, или, вернее, осмеяны». «Они только сами одни отдались волку; а стадо, хвала Богу, в православии давнем вкупе осталось».
Последние слова выражали собственно надежды православных, а не действительность. Архиереи-униаты, покровительствуемые королем, остались на своих местах и получили полную возможность распространять дело унии в своих епархиях. Ближайшим следствием знаменитого Брестского собора 1596 года было распадение Западнорусской церкви на две части: униатскую и православную, дальнейшая борьба между которыми сделалась неизбежна. Эта борьба главным образом и обусловила развитие последующей истории в Западной Руси.
Король особым универсалом подтвердил окружную грамоту митрополита Рагозы о низложении епископов Львовского и Перемышльского; а экзарх цареградского патриарха протосинкел Никифор своей окружной грамотой, напротив, признавал означенных епископов теперь единственными архиереями в Западнорусской церкви, митрополита же и других епископов объявлял отверженными за их отступничество. Александрийский патриарх Мелетий Пигас, занявший около того времени кафедру Цареградскую, сначала в качестве местоблюстителя ее, а потом и патриарха, человек ученый, энергичный и вообще весьма достойный, подтвердил приговор Брестского православного собора и назначил своими экзархами для Западной Руси епископа Гедеона Балабана, архимандрита Кирилла Лукариса и князя Константина Острожского, которого увещевал не уставать в своих подвигах на защиту православия. В действительности настоящим и деятельным экзархом явился епископ Гедеон. Любопытно, что, несмотря на неоднократно объявленные низложения, владыки той и другой сторон остались на своих местах. Хотя каноническая власть, издавна утвержденная за цареградскими патриархами, была на стороне православных, но без воли короля они не могли сместить иерархов-отщепенцев и на их место выбрать других. Зато и король, объявивший о низложении православных епископов, был связан присягой на pacta conventa, утверждавших свободу православного исповедания, а также не мог принимать решительных насильственных мер, из опасения возбудить не только волнение, но и открытые мятежи со стороны многочисленной русской шляхты и всего русского народа, еще крепко державшегося веры своих предков. Уже на ближайшем генеральном сейме в Варшаве, в 1597 году, православные послы из русских областей настойчиво напоминали королю о pacta conventa и его присяге и защищали Брестский соборный договор. Поэтому Сигизмунд III свою бессильную злобу на православное духовенство выместил на председателе собора греке Никифоре, против которого представлено было нелепое обвинение, будто он не уполномоченный цареградского патриарха, а самозванец и турецкий шпион. По требованию короля князь Острожский проживавшего у него Никифора представил на суд сенаторский; но на этом суде не сумел его отстоять. Никифор был заключен в Мариенбургский замок, где потом и скончался, вероятно, не своей смертью.
Владыки-отщепенцы после Брестского собора принялись вводить унию в своих епархиях; но во многих местах встретили большие затруднения и явное неповиновение своей власти. Так, древний город Киев, эта колыбель русского православия, опираясь на своего воеводу князя Острожского, решительно отказывал в повиновении митрополиту Рагозе и не обращал внимания на королевские грамоты. Король распорядился между прочим, чтобы оставшийся верным православию архимандрит Никифор Тур покинул настоятельство знаменитой Киево-Печерской лавры, которая со всеми ее имуществами передавалась в непосредственное ведение митрополита. Но архимандрит отказался исполнить это распоряжение. Неоднократно королевские чиновники пытались удалить архимандрита; но их встречали старцы с вооруженными казаками, гайдуками и монастырской челядью и не пускали в монастырь. Так Никифор Тур до своей кончины и оставался настоятелем лавры. Более успеха имел митрополит в главном городе собственно Литовской Руси, то есть в Вильне; здесь духовенство не нашло во властях и жителях такой опоры, как в Киеве, и признало власть митрополита-униата. Только Свято-Троицкое братство продолжало сопротивляться ему; за что терпело разные притеснения. А во время богослужения в своей церкви, на Пасху 1598 года, братчики подверглись наглому нападению со стороны студентов иезуитской коллегии. В Слуцке, во время объезда своей епархии, митрополит едва не был побит камнями. Зато в Новогрудке, обычной своей резиденции, он не встретил почти сопротивления, потому что местный воевода Скумин-Тышкевич, прежде бывший усердным противником унии, поддался его убеждениям и перешел на ее сторону. Самыми же ревностными распространителями унии — как и следовало ожидать — были главные ее деятели, то есть Потей и Терлецкий, которые в своих епархиях всеми мерами принуждали духовенство к ее приятию. Другие епископы далеко не были так усердны; а Герман Полоцкий не только не принуждал священников, но, как говорят, даже не скрывал сожаления, что сам согласился на унию. Вообще для униатских владык скоро началось некоторое разочарование в тех надеждах, которые они питали при своем отступничестве. На них не посыпались ни почести, ни богатые пожалования от Речи Посполитой; король и не думал давать им обещанные места в сенате наряду с латинскими прелатами. Они скоро могли убедиться в том, что до равенства в правах и почете с высшим латинским духовенством им далеко, что последнее смотрит на них свысока и даже с некоторым пренебрежением.
Меж тем в лагере православных Брестская уния произвела чрезвычайное оживление и большое наряжение сил для обороны своей церкви. Из духовных особенную энергию обнаружил в этом деле епископ Гедеон Балабан, который не только охранял от унии свои епархии, но и в других, униатских, епархиях входил в сношения с православными, ставил им священников и удовлетворял разным церковным потребностям в качестве патриаршего экзарха; на что епископы-униаты тщетно приносили свои жалобы митрополиту и королю. А из мирян наибольшую энергию в это время показал знаменитый ревнитель православия князь Константин Острожский. Между прочим, по его почину православные вошли в переговоры с протестантами