Разброд и шатания в рядах руководства исламистского движения вскоре привели к отчуждению от него масс, последовавших за ИФС. В первую очередь, это обусловило раскол его электората по принципу социальной принадлежности. Партия пыталась предотвратить его c помощью религиозных лозунгов, противопоставляя «хороших мусульман» «безбожникам и отступникам». «Умеренные» лидеры движения верили в возможность исламизации страны через электоральный процесс, не прибегая к коренной трансформации ее политического строя. Но вмешательство армии в этот процесс между двумя турами выборов привело к стратегическому поражению «умеренных». Как следствие, этот путч усилил позиции самой «экстремистской» фракции. По сути, модель афганского джихада была пересажена на алжирскую почву, где к ней привили местный опыт партизанской борьбы, накапливавшийся со времен войны «моджахедов» за независимость (1954–1962) вплоть до создания Вооруженной исламской группы (ВИГ) Мустафы Буяли (1982–1987).
Пока в руководстве ИФС шли процессы размежевания, местные джихадисты и ветераны Афганистана объединяли усилия, совместно создав в октябре 1992 года Вооруженную исламскую группу (ВИГ). Ее первый «эмир», бывший автослесарь Абдельхак Лаяда, заклеймил руководителей ИФС как «безбожников». Он также объявил оправданным пролитие их крови; это же относилось ко всем госслужащим и другим «детям Франции». В длинном тексте, опубликованном в марте 1993 года, авторство которого, хотя и без полной уверенности, приписывается Лаяде, он отождествлял себя с афганским джихадом. Как и алжирский джихад, который он намеревался возглавить, тот являлся «личной обязанностью» каждого правоверного, как завещал Абдулла Аззам. Одновременно Лаяда отстаивал верность учения Буяли. В 1993–1994 годах ВИГ положила начало этапу массовых убийств с концентрацией на «уязвимых целях». К ним относились ненавистные франкоязычные интеллектуалы, представители гражданского общества, врачи, журналисты. До них добраться было куда проще, чем до армейской верхушки. А поскольку намеченные к отстрелу личности располагали культурным капиталом, необходимым для восхождения по социальной лестнице, именно на них ВИГ науськивала разочарованных и озлобленных «хиттистов». Тем после арабизации школьного образования ФНО упомянутый культурный капитал был уже недоступен. А в силу известности жертв их символические убийства сеяли всеобщую панику. Рабочие кварталы и сельская местность переходили под контроль ВИГ, отказываясь подчиняться властям, которые изолировали их, при этом не пытаясь восстановить там порядок. Поначалу местные исламисты финансировали новых хозяев жизни, но постепенно они сами оказались в положении жертв разбоя и вымогательств молодых бандитов, называвших себя джихадистами. В конечном итоге спустя три года даже сторонники ВИГ отвернулись от нее.
С июля 1993 года джихадисты со всего мира, эмигрировавшие в «Лондонистан» (где британские власти принимали экстремистов всех мастей, надеясь их приручить), начали публиковать еженедельник «аль-Ансар». Этот бюллетень, поддерживавший ВИГ, рассылался по факсу по завершении каждого пятничного намаза. Изданием руководил в том числе Абу Мусаб ас-Сури, сирийский инженер, получивший образование во Франции, который вплоть до 2010-х годов будет играть важную роль в дальнейшей истории джихадизма. Стремительный рост популярности ВИГ убедил нескольких лидеров ИФС в целесообразности объединения с ней усилий, соглашение о чем было достигнуто 13 мая 1994 года в ходе тайной встречи руководителей движений. Это вынудило Исполнительную инстанцию ИФС за рубежом (ИИР) создать 18 июля конкурирующую группировку – Исламскую армию спасения (ИАС). Она задумывалась, как военное крыло ИФС, которое будет вести переговоры с алжирскими генералами. ВИГ же с ходу отметала путь переговоров. Она требовала очистить землю от «безбожников» и путем джихада утвердить исламское государство. Обе группировки истощали силы друг друга в кровопролитных междоусобных битвах, а действующая власть оставалась в положении третьего радующегося. Не успевало остыть кресло павшего в очередной кровавой разборке «эмира» ВИГ, как его место тут же занимал другой. 27 октября 1994 года наступила очередь Джамеля Зитуни. Его «эмирство» началось с экспорта джихада, а именно с захвата в канун Рождества 1994 года (что делало эту акцию крайне символичной) французского авиалайнера, вылетавшего из Алжира, а затем продолжилось кровавыми терактами во Франции в 1995 году. Эти операции, к вящей славе ВИГ на родине, действительно придали импульс борьбе с бывшей метрополией. Целью их было заставить Францию отказаться от любой помощи алжирским властям. Как бы то ни было, эти усилия дали серьезный побочный эффект, поскольку эскалация насилия со стороны джихадистов, которая сопровождалась чистками и казнями, обратилась против общества в целом. Еженедельник «аль-Ансар» отрекся от Зитуни, подозревавшегося в сотрудничестве с режимом. Набожный средний класс дрожал от страха, а нарастающая волна насилия тем временем вылилась в кровавую баню, устроенную ВИГ в августе – сентябре 1997 года в столичных пригородах Раис и Бенталха. После резни, жертвами которой стали сотни людей, у многих вновь проснулись подозрения в том, что организацией манипулируют провокаторы. Как бы то ни было, та прекратила существование 27 сентября, опубликовав последнее коммюнике своего последнего «эмира». Что касается ИАС, то за 6 дней до этого она призвала к одностороннему перемирию, условия которого сводились к следующему: власти проявляют к иасовцам милосердие в обмен на лояльность режиму.
К осени 1997 года, хотя единичные спорадические вспышки насилия наблюдались еще несколько лет, вооруженный джихад, по большому счету, потерпел поражение. В обмен на уступки, сделанные новым режимом «национального согласия», который в 1999 году возглавил Абдель Азиз Бутефлика, многочисленные «умеренные исламисты» проникли в госаппарат, где должны были способствовать «политически корректной» исламизации Алжира. ИФС, даже располагая на заре своего существования таким мощным ресурсом, как мобилизация масс, оказался неспособен грамотно им распорядиться, объединив сторонников и попутчиков под знаменем той революции, которая бы смела режим, как это произошло в Иране в 1978–1979 годах. Недостаточно организованная исламистская интеллигенция оказалась не в состоянии примирить кардинально разнящиеся социально-политические стратегии набожной буржуазии и неимущей городской молодежи. Эскалация насилия в ходе гражданской войны только углубила пропасть между ними, что было на руку захватившей власть армии. Бен Ладен и аз-Завахири тем не менее извлекут стратегические и тактические уроки из этого поражения, а также из современного алжирскому египетского и боснийского джихадов.
Наряду с этим алжирский джихад стал предвестником и прообразом еще одного явления, которое примет широкий размах с 2012 года: распространение исламистского терроризма на территорию Франции. Все началось с захвата французского авиалайнера в столичном аэропорту на Рождество 1994 года. История с угоном завершилась в аэропорту Марселя, где Группа вмешательства Национальной жандармерии Франции (GIGN, те самые французские спецназовцы, что брали штурмом Заповедную мечеть в Мекке в ноябре 1979 года) нейтрализовала четырех боевиков, успевших убить в Алжире трех заложников. Затем с 11 июля по 17 октября 1995 года ВИГ устроила во Франции серию терактов, в результате которых 12 человек погибло, а 175 было ранено. За ними стоял Халед Келькаль, родившийся в Алжире в 1979 году и выросший в Лионском регионе. В лицее его сторонились, а оказавшись в тюрьме, он вновь открыл для себя ислам – классическая биография сотен джихадистов нулевых и десятых годов XXI века. Отправившись в Алжир в 1993 году, в разгар гражданской войны, Келькаль попал под влияние ВИГ, а по возвращении во Францию получил от них первое задание. 11 июля 1995 года он убил проповедовавшего в парижской мечети имама Абдельбаки Сахрауи, одного из отцов-основателей ИФС, который нашел себе прибежище в парижском рабочем квартале Барбес, кишащем выходцами из Северной Африки. Сахрауи, через которого министр внутренних дел Шарль Паскуа контактировал с ИФС, был гарантом того, что Франция обеспечит убежище скрывающимся от событий в Алжире.
