Надо заметить, что весь патриарший двор в Кремле и со всеми своими строениями занимал пространство только около 50 саж. в квадрате.
В 1677 г. в мае сам патриарх ходил смотреть у задних ворот какое-то каменное дело, вероятно значительное почему-либо в дворовом обиходе.
В 1680 г. Никоновская церковь во имя апостола Филиппа была переустроена во имя 12 Апостолов. 29 мая патриарх «указал церковь, которой быть во имя св. Двунадесят Апостол, что на патриаршем дворе, над вороты. В церкви своды тех стены левкасом подмазав, прикрыть лазорью; в средней главе внутри и отвне письмо починить; иконостас сделать столярный гладкий с дорожниками, с столбцами точеными; иконы местные, и двери царския, и южные, и северные, деисусы, праздники и пророки вновь написать; помост выстлать кирпичом муравленым; алтарь покрыть тесом, опаять белым железом и тое церковь приготовить ко освящению».
Срок для исполнения этих работ был назначен к Рождеству Христову, того же 1680 г., но они окончились только в сентябре 1681 г., когда 13 числа храм и был освящен.
Для стенного письма весь храм от верха до пола был подмазан левкасом и набит гвоздями, утверждавшими левкас. Иконописцы по левкасу покрыли лазорью звездами и острофили, т. е. очертили, рисунки для письма. В главах, в 24 ветреницы и в 10 церковных окон вставлены слюдяные окончины. В старой писаной большой главе вновь написаны св. Апостолы, против прежнего и починен вновь Спасов образ, херувимы, серафимы, ангелы, архангелы.
Мост-пол церковный был выложен угольчатым муравленым кирпичом, муравленым с обеих сторон свинцом, которого употреблено мягкого 22 пуда.
Иконостас поставлен сныцарской работы резной, в 11 арш. вышины и 15 арш. ширины.
Написаны и поставлены иконы: Деисус – 15 икон, праздников —16, пророков – 15. Вместо пояса или тябла праотцев поставлены 12 кругов золоченых с изображением Христовых Страстей, а посреди кругов Распятие с предстоящими, след. тоже 15 икон. Можно полагать, что с этого времени по этому образцу стали поставлять вверху иконостаса Распятие с предстоящими и в других храмах, что потом водворилось повсюду и обозначило западное влияние на нашу старину. В числе местных икон поставлен образ Богородицы Боголюбской с изображением на нем в молении апостола Филиппа и митрополита Филиппа, стоявший в прежней церкви Филиппа апостола; затем иконы: 12 Апостолов, Ильи Пророка, Трех Святителей Вселенских, Трех Святителей Московских.
При освящении церкви употреблены большие свечи налепы, числом 55, раскрашенные красною и зеленою краскою.
Патриаршее место, стоявшее в церкви Трех Святителей, было вызолочено и перенесено в Новую Апостольскую церковь.
Как упомянуто, храм был обновлен во всех частях к сентябрю 1681 г. Вместе с тем происходило поновление от верха до земли (худые места починены и все выбелено) во всех палатах, стоявших между новым храмом и Крестовою палатою, в том числе Ризничная палата, находившаяся с западной стороны подле храма, а также врата под ним, Крестовые сени и кельи патриарха.
В том же 1681 г. патриарх указал сделать и в Трехсвятительскую церковь новый иконостас, для чего были подряжены золотари из царского дворца с уговором: иконостас позолотить и расписать три пояса, столбы и каптели и базики и рамы и дорожники все позолотить красным золотом на пулмент, а низкие места и за столбами посеребрить, и тумбы расписать, как свят. патриарх укажет; и вместо пелен написать бархаты против Верховых церквей.
В 1682 году 26 ноября случился пожар во Дворце, великих государей терема выгорели и соборная Успенская церковь и дом святейшего патриарха обгорели.
Последний патриарх, Адриан, вступивший в этот сан в августе 24 числа 1690 г., также много потрудился в переустройстве своего двора.
С началом весны 1691 г. он указал построить на своем большом дворе в Верху перед Ризницею в сенях Столовую палату, а в ней сделать к Ризнице в дверях колоды каменные; в келье малой, что от собору, двери пробрав сделать новые, а старые заделать, свод в ней сделать новый; помост в Столовой поднять выше, а в сенцах малых, промеж Столовой и малой кельи, опустить ниже, сделать помост везде ровно и накласть железными плитами; в Столовой и в Малой келье окна сделать шире; вверху над Столовою сделать вновь келью, длина промеж стен 3 саж:., поперек 3 саж. без чети; перед кельею сделать переднюю келью да в ней над всходною лестницею и по стене к собору два чулана, да подле другой кельи сделать отход; а большая настоящая келья сделать без сводов, а прочия со сводами; а у окон со внешнюю сторону ростески и столбики и углы столбоваты и все сделать против окон и углов Чудовской трапезы; а над окнами кзымсы и обвершка против окон, каковы сделаны на Ивановской площадной палатке; а мосты (полы) нижние и поверх сводов и потолков будут каменные или железные; где быть печам, трубы вывесть и на верху все их круглые сделать; а к отходу верхнему от исподнего трубу сделать каменную и вверх от него трубу на кровлю вывесть; и везде левкасом подмазать и выбелить.
В 1692 г. построены новые каменные палаты, где велено быть вновь Дворцовому приказу.
В 1694 г. переустроен Разряд, выходивший своими дверями и стенами на площадь, при чем большие двери на площадь заделаны кирпичом и сделаны малые дверцы проходные, а над ними стена проломана для свиту и сделано окно с решеткою.
С площади от ворот кругом палат до ворот, что под церковью 12 Апостол, забрать забором в столбы для того, чтобы близ окошек никто с лошадьми не ставился.
В 1697 г. патриарх указал купить на домовой большой двор к строенью Ризницы 100 тысяч кирпичу. Но была ли эта Ризница строена, неизвестно.
В том же году перед Крестовою в сенях, где дневать дворянам, сделана особая палатка да перед Певческою палатою рундук каменный.
Летом 1699 г. произведены различные починки и переделки снаружи у церкви 12 Апостол, кровля которой покрыта новым железом; а под церковью Трех Святителей заделаны кирпичом старые ворота, бывшие святые, и под своды подделан столб каменный. Видимо, что церковь, простояв с лишком сто лет, ветшала и потребовала подпор. В 1763 г. она наконец обрушилась и была разобрана.
11 – го августа патриарх указал в дому своем свою патриаршую Крестовую палату, вместо старой тесовой кровли, покрыть вновь, опричь сеней, по старым железным стропилам, всю дощатым Свицким железом в одну сторону полудя; и под кровлю подзоры сделать против образца, как покрыта паперть перед церковью 12 Апостол, на которой в том же году поставлены новые кресты, железные. Железа куплено 430 пудов, в том числе 56 пудов у крестьянина Ивашки Забелина.
Патриарх Адриан помер 16 окт. 1700 г. На его место вступил
