1863 год, 10 мая — 16 июня. Плавание на шхуне «Восток» в Де-Кастри и военный пост Дуэ.
1863, июль — 1864, май. Плавание на клипере «Абрек», а затем на флагманском корвете «Богатырь» в эскадре вице-адмирала А. А. Попова в Сан-Франциско (Соединенные Штаты Америки). Начало ведения дневника.
1864, июль — октябрь. Возвращение после плавания на судах «Александр II», «Морж» и «Америка» в Николаевск-на-Амуре для продолжения учебы в Морском училище.
1865, 23 апреля. Назначение в плавание на пароходе «Америка» после окончания Николаевского морского училища.
1865, август — 1866, ноябрь. Перевод в Тихоокеанскую эскадру на корвет «Варяг». Плавание в Японском, Китайском, Охотском морях и Тихом океане.
1866, ноябрь — 1867, май. Назначение на флагманский корабль «Аскольд» (флаг контр-адмирала Ф. С. Керна), отправлявшийся в Кронштадт по маршруту: Нагасаки—Шанхай—Батавия—мыс Доброй Надежды—Копенгаген—Рига—Кронштадт.
1867,14 июля. Производство за успехи в науках вместо кондукторов корпуса штурманов в гардемарины.
1867, сентябрь — 1868, июнь. Плавание на корвете «Дмитрий Донской» (Кронштадт—Копенгаген—Плимут—Рио-де-Жанейро—Кронштадт).
1868, октябрь. Опубликование в «Морском сборнике» первой научной работы «Инструмент Адкинса для определения девиации в море».
1868, сентябрь — 1869, май. Заграничное плавание на корвете «Дмитрий Донской».
1869, 24 мая. Производство в мичманы и назначение вахтенным начальником на броненосную лодку «Русалка».
1869, ноябрь. Назначение ревизором на фрегат «Князь Пожарский».
1870, январь. Назначение ревизором на винтовую шхуну «Тунгус».
1870, март. Опубликование в журнале «Морской сборник» работы С. О. Макарова «Броненосная лодка «Русалка».
1870, ноябрь — 1872, август. Переход на шхуне «Тунгус» на Дальний Восток по маршруту: Кронштадт—Копенгаген—Плимут—Порто-Гранде—Рио-де-Жанейро—Магелланов пролив—Гонолулу—Владивосток—Николаевск-на-Амуре.
1871,1 января. Производство в лейтенанты и награждение 200 рублями.
1872, декабрь. Назначение в распоряжение вице-адмирала А. А. Попова для изучения вопроса о непотопляемости судов.
1873, 1 января. Награждение орденом Святого Станислава 3-й степени.
1873, май—август. Плавание на корвете «Гридень» в Балтийском море.
1873, октябрь. Командировка в Вену на Всемирную выставку, где экспонировался пластырь системы Макарова.
1874, август—сентябрь. Плавание в Балтийском море на фрегате «Адмирал Спиридов».
1875, Опубликование в «Морском сборнике» статьи С. О. Макарова «О непотопляемости судов».
1875, май—август. Плавание на корвете «Гридень» в Балтийском море.
1875, октябрь. Испытание переборок на фрегатах «Адмирал Чичагов» и «Адмирал Спиридов».
1876,1 января. Награждение орденом Святой Анны 3-й степени.
1876, сентябрь—октябрь. Плавание на броненосце «Петр Великий» в Балтийском море.
1876, октябрь. Назначение в Черноморский флот.
1876, декабрь. Назначение командиром парохода «Великий князь Константин».
1877, в ночь с 30 апреля на 1 мая. Атака четырьмя минными катерами с парохода «Великий князь Константин» турецкого сторожевого судна на Батумском рейде. Сам С. О. Макаров находился на катере «Минер».
1877, в ночь на 29 мая. Минными катерами с парохода «Великий князь Константин» подорван у Сулина турецкий броненосец «Иджалие».
1877, 6-9 июня. Поход на пароходе «Великий князь Константин» к анатолийскому берегу и уничтожение четырех неприятельских торговых судов.
1877, 19-23 июня. Уничтожение пароходом «Великий князь Константин» в Босфоре и у анатолийского берега шести турецких торговых судов.
1877, 7 августа. Пароход «Великий князь Константин» оказывает помощь отряду полковника Шелковникова у Гагринского ущелья.
1877,12 августа. У Сухума в ходе атаки минными катерами поврежден турецкий броненосец «Шевкет».
1877, 12 августа. Награждение С. О. Макарова Золотым оружием — саблей с надписью «За храбрость» за содействие отряду полковника Шелковникова.
1877, 7 сентября. Производство в капитан-лейтенанты
и награждение орденом Святого Георгия 4-й степени за успешное нападение на турецкий броненосец «Шевкет».
1877, в ночь на 16 декабря. Нападение минных катеров с парохода «Великий князь Константин» на турецкие броненосцы у Батума и первое применение самодвижущейся мины (торпеды).
1878, 9 января. Произведение в капитаны 2-го ранга.
1878, в ночь на 14 января. Потопление минными катерами с парохода «Великий князь Константин» у Батума турецкого корабля «Интибах».
1878, февраль — 1879, август. Командуя пароходом «Великий князь Константин», С. О. Макаров участвует в перевозке русских войск с театра военных действий в Россию.
1879, февраль. Награждение орденом Святого Станислава 2-й степени за участие в перевозке войск из портов Мраморного моря и Бургаса в Россию.
1879, ноябрь. Женитьба на Капитолине Николаевне Якимовской.
1879, декабрь. Назначение начальником отряда миноносок 3-го и 4-го флотских экипажей.
1880, май — 1881, май. Участие в Ахал-Текинской экспедиции в должности заведующего морской частью при войсках, действовавших в Закаспийском крае.
1881, октябрь. Назначение командиром корабля-стационара «Тамань» в Константинополе.
1882,1 января. Производство в капитаны 1-го ранга.
1883, февраль. Назначение флаг-капитаном Практической шхерной эскадры Балтийского флота.
1883, май—август. Плавание на Балтийском море на плавучей батарее «Не тронь меня».
1883, сентябрь—ноябрь. Командировка на Волгу и в порты Каспийского и Черного морей для сбора материалов и выработки Положения о механиках и машинистах флота.
1884, 14 мая. Назначение флаг-капитаном Практической эскадры Балтийского флота.
1884, июнь—август. Плавание в Балтийском море в качестве флаг-капитана Практической эскадры на фрегатах «Князь Пожарский» и «Владимир Мономах».
1884, ноябрь. Работа в комиссии по обсуждению вопроса «Об участии флота в обороне государства».
1885, март. Выступление в Географическом обществе с докладом о течениях в Босфоре.