В середине апреля 1945 года пилоты 3-й эскадрильи RAF, летавшие на истребителях «Tempest», перехватили «Pfeil» над Эльбой. Уходивший на большой скорости самолет первым заметил французский ас Пьер Клостерман. Позднее Do 335 засекли пилоты 325-й истребительной группы 15-й воздушной армии США, летавшие на истребителях «Mustang». В обоих случаях немецкий самолет с легкостью ушел от преследователей. У одного Do 335 из Ekdo 335 на обшивке имелись знаки воздушных побед. Можно с уверенностью утверждать, что эти победы пилот одержал раньше, до того, как пересел в кабину Do 335.
Ни один экземпляр в модификации ночного истребителя не был закончен, но Do 335M10 вероятно все же попал в состав боевой части. Это была 1./NJG 3, возглавляемая капитаном Вернером Бааке. Пилоты эскадрильи должны были опробовать новую машину в боевых условиях. Кроме «Pfeil» эскадрилья располагала несколькими Та 154. Для эксплуатации самолетов Do 335А-6 и В-6 сформировали специальную часть V./NJG 2. Личный состав группы набрали из числа пилотов III./KG 2. Предполагалось, что первые Do 335 поступят в часть в сентябре 1944 года. Однако этих планов выполнить не удалось, и до конца войны часть летала на Ju 88G-6. Последний свой вылет (бомбардировка наземных целей) группа совершила в ночь с 27 на 28 апреля 1945 года.
Наиболее знаменитым немецким пилотом, летавшим на Do 335, был ас ночной истребительной авиации майор Вольфганг Шнауфер (121 победа). Шнауфер участвовал в испытаниях самолета и летал на первом Do 335A-1 (W.Nr. 240113). Позднее Шнауфер разбился на Do 335 в районе Гутерсло. Летчик хорошо отзывался о самолете, пророча ему успех в роли ночного истребителя. Однако он просил усилить вооружение самолета, оснастив его пушками, установленными по схеме «Schraege Musik». По некоторым данным на Do 335 однажды летал и Адольф Галланд.
Один из последних и наиболее известных полетов Do 335 имел место во второй половине апреля 1945 года. За штурвалом самолета Do 335A-02 (W.Nr. 240102, VG+PH) сидел инженер Ганс-Вернер Лерхе. Лерхе имел приказ перегнать один Do 335 из Рехлина в Оберпфаффенхофен. Первоначально ему передали самолет Do 335A-03 (W.Nr. 240103, VG+PI), но при рулежке у самолета лопнула шина. Вероятно, колесо наскочило на обломок бомбы, которыми был усеян аэродром. Запасного колеса не было, поэтому в Оберпфаффенхофен отправили другой самолет. К слову сказать, колесо А-03 позднее поменяли, и он своим ходом вернулся в Оберпфаффенхофен, но уже после войны.
Однако, вернемся к нашей истории. 20 апреля 1945 года Do 335A-02 поднялся в воздух. Лерхе, опасаясь встречи с истребителями противника, шел на малой высоте на скорости 550 км/ч. Курс он прокладывал, руководствуясь ориентирами на местности. Выяснилось, что его фактический курс на несколько градусов отличается от приборного. Лерхе планировал приземлиться в Лагер-Лехфельде, к югу от Аугсбурга, куда должен был по пути доставить важные документы. Но стало быстро темнеть, топливо подходило к концу, и пилот решил садиться на аэродром в районе Праги. При заходе на посадку возникли проблемы с шасси, но все закончилось благополучно. В 20:20, уже в темноте Лерхе посадил свой самолет.
Следующей непростой задачей было раздобыть для машины высокооктановый бензин. Чтобы заправить баки машины, Лерхе пришлось расстаться с несколькими пачками папирос. Удалось Лерхе и найти механиков, которые занялись ненадежным шасси. К счастью, неисправность удалось быстро устранить.
Еще два дня Лерхе провел на аэродроме, прикованный к земле нелетной погодой. На третий день с неба по-прежнему лился дождь, но граница облачности немного поднялась. Утром 23 апреля Do 335A-02 снова взлетел. Во время полета машина попала под огонь зенитной артиллерии, хотя точно установить чья это была артиллерия нет возможности. К счастью для Лерхе, все снаряды прошли мимо. Вскоре появился Лагер-Лехфельд. Едва Do 335 коснулся земли, аэродром подвергся налету. Налет причинил аэродрому большой ущерб, но Do 335 уцелел. Отдав документы, Лерхе снова поднял машину в воздух и взял курс на Оберпфаффенхофен. Чтобы не искушать судьбу, пилот не убирал шасси и благополучно достиг цели своего путешествия. Как оказалось, то был последний полет Do 335 во время войны.
Самолет Do 335A-02 был действительно самой счастливой машиной этого типа. Он не только пережил войну, но и благополучно сохранился до наших дней.
В качестве трофея СШАВ апреле 1945 года американские войска заняли Оберпфаффенхофен и захватили все находящиеся там самолеты. Среди захваченных Do 335 многие были недоделаны, другие получили повреждения в результате налетов. Только две машины могли летать. Одним из этой пары был Do 335A-02, о котором рассказывалось выше. В рамках операции «Seahorse» самолет поручили полковнику Уотсону и направили в Шербур. Туда же прибыл другой «Pfeil» — Do 335M3 (A-l, W.Nr. 240161).
Оба самолета прибыли в Шербур по воздуху. Do 335A-1 пилотировал немецкий летчик-испытатель капитан Ганс Паделль, a Do 335A-02 перегнал уже упоминавшийся полковник Уотсон. В Шербуре оба самолета погрузили на борт английского корабля «Reaper». 20 июля обе «Стрелы» вместе с тридцатью восемью другими трофейными самолетами отправились за океан. А-02 передали ВМФ США. У новых хозяев самолет получил идентификационный номер BuAer 121447. Другой самолет планировалось отправить во Фриман-Филд, а пилотировать самолет должен был главный летчик-испытатель фирмы Bell Джек Вулемс. Однако едва оторвавшись от земли, «Pfeil» был вынужден приземлиться из-за перегрева заднего двигателя. В результате планы изменились, и истребитель доставили во Фриман-Филд грузовым автомобилем. Там самолету присвоили регистрационный номер FE-1012. К августу 1946 года машину удалось отремонтировать только на 75 %. До конца не сумели устранить перегрев заднего двигателя. В результате программу испытаний закрыли и самолет не облетали.
Испытания Do 335A-02 проводили на авиабазе в Патаксент-Ривер, куда самолет прибыл в конце декабря 1945 года. Самолет испытывали довольно вяло, так как постоянно выходили из строя двигатели, а сама конструкция самолета была признана бесперспективной. В 1947 году машину перевели на базу Норфолк, а в 1961 году — Смитсонианский институт. В конце концов самолет оказался в коллекции Национального аэрокосмического музея в Силвер-Хилле. Там же оказались и крылья второго «американского» Do 335. Это оказалось очень кстати, так как крылья самого А-02… пропали. В результате пришлось собрать из двух машин одну.
Через тринадцать лет, в мае 1974 года, в Музей пришло письмо из Немецкого музея в Мюнхене. Немцы просили передать им один из немецких самолетов, экспонирующихся в Силвер-Хилле. Было решено передать Do 335А-02-. Поскольку отремонтировать самолет американцы не могли, эта задача досталась немцам. К счастью, фирма-изготовитель самолета по-прежнему действовала. 10 октября 1974 года траченный временем самолет погрузили на Boeing 747 и отправили во Франкфурт. Оттуда на борту транспортного самолета Lockheed C-130 «Стрела» прибыла в Оберпфаффенхофен. Тут начались реставрационные работы, которые продолжались с июля до декабря 1975 года. Самолет пришлось доукомплектовывать. Например, пришлось разыскивать 31 прибор. Отсутствующие деревянные части самолета (например, передняя кромка киля) изготовили заново из дюралевого листа. 12 марта 1976 года состоялась презентация, а с 1 по 9 мая самолет находился на авиавыставке в Ганновере. 27 июня 1983 года американцы, сохранявшие до той поры права на самолет, подарили его Немецкому музею.