В 1550 г. состоялся 1-й Земский собор, на котором царь принес покаяние за все совершившееся и примирился со своей землей.
В 1543 г. 13-летний Иван восстал на бояр: отдал на растерзание псарям князя Андрея Шуйского. Власть перешла к Глинским, родственникам Ивана.
В 1547 г., 16 января, Иван принимает торжественное венчание на царство. 3 февраля Иоанн женится на Анастасии Романовне Захарьиной-Юрьевой из старого боярского рода, к которой сохранил сильную привязанность до самой ее смерти.
Взяв Казань, Иван уравнял в правах татарскую знать с русской. Не случайно татарские предки были у многих русских аристократов.
В июне 1547 г. страшный пожар Москвы вызвал народный бунт против Глинских, чарам и злоумышлению которых толпа приписала бедствие. Бунт был усмирен, но уничтожил придворное значение Глинских. Влияние на Ивана перешло к Сильвестру, царскому духовнику. Сильвестр «детскими страшилами», по выражению Ивана, толкнул его на путь покаяния и попытки очистить себя и страну от всякого зла с помощью новых советников, которые были подобраны по указаниям Сильвестра и составили «Избранную раду».
Иван Грозный. Худ. В. Васнецов
В 1551 г. созван Стоглавый собор, которому Иван поставил ряд вопросов об упорядочении церковного управления, просвещения, народных нравов, церковных обрядов и церковной дисциплины и представил на одобрение Судебник и Уставные грамоты. Труды этого собора составили книгу под названием «Стоглав». Наряду с этим была развернута военно-служилая реформа.
С 1547 г. начаты военные действия против Казани, постоянно беспокоившей русские области набегами, стесняя развитие русской торговли по Волге. В 1550 г. Иван во главе большого войска пошел к Казани, но отступил к устью р. Свияги и поставил здесь крепость Свияжск, где был оставлен гарнизон для наблюдения за Казанью. В 1551 г. второй поход с участием Ивана кончился осадой и взятием казанских укреплений.
Сама собой ставилась задача и освоения пространства до Астрахани, которая вслед за ногаями покорилась в 1556 г.
Иван Грозный показывает сокровища английскому послу Горсею. Худ. А. Литовченко
Иоанн в 1561 г. женится на черкесской княжне Марии Темрюковне. Подозревая, что Анастасия была отравлена боярами-княжатами, Иван затевает ряд мероприятий, направленных против них. С 1561 г. он берет записи знатных бояр о неотъезде в Литву и иные места и связывает их поручными записями друг за друга. В 1562 г. издал указ о княжеских вотчинах, разрешивший наследование их только прямым потомством мужского пола, за отсутствием которого они отписывались за государя. Пошли многочисленные казни и опалы без суда, сопровождавшиеся конфискацией земельных владений пострадавших. В 1564 г. бежал в Литву с театра войны князь А. М. Курбский, написавший оттуда Ивану письмо с обвинениями в жестокости и оправданием своего поступка правом слуг царских отъехать, раз их освященное историей положение в Москве попирается царем. На это Иван ответил Курбскому обширным посланием с обвинением бояр, которые стремились устранить его, самодержавного богоданного царя, от всякого участия во власти, оставить ему только титул и честь «председания» в их совете, и укрепляли положение аристократии произвольной раздачей земельных приобретений Ивана III и Василия III. Под прямым влиянием письма Курбского Иван 3 декабря 1564 г. покинул Москву, взяв с собою царицу, царевичей, придворный штат, военную охрану, дворцовую казну и святыню, оставив город в неведении о целях необычного отъезда. Посетив ряд монастырей, он остановился в Александровской слободе. 3 января в Москве были получены две грамоты Ивана: одна, с обвинением бояр в измене и своекорыстии, а духовенства – в потворстве злым своим заступничеством, объявляла, что, не желая терпеть этого, он оставил свое государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет; другая, на имя жителей Москвы, гласила, что на них царь гнева не имеет. От Москвы была послана депутация во главе с митрополитом Афанасием просить Ивана принять вновь государство. Царь соглашался с условием, что ему вольно будет на всех ослушников и изменников класть опалу, казнить и конфисковать их земли, и объявил, что учреждает себе опричнину, составившую в противовес земщине удельное личное владение Ивана, которое должно было обеспечивать нужды его «особого обихода дворцового», заново реорганизованного.