Подавив огонь защитников форта, янычары приступили к сооружению штурмового моста из корабельных мачт с равелина на стены самого форта, не считаясь с потерями среди рабов-саперов, которым предстояло умереть или от пуль аркебузеров-христиан, или от рук собственных надсмотрщиков – янычар. Несмотря на огромные потери среди подневольных строителей-саперов, мостик неумолимо приближался к стенам форта Святого Эльма, пока последние бревна не легли на сами стены, соединив, таким образом, равелин с фортом. Теперь этот мост, даже оставаясь недостроенным, превратился в самое жаркое место в обороне форта, куда и обороняющиеся, и атакующие направляли свои усилия, обстреливая друг друга из огнестрельного оружия и луков с самых коротких расстояний, временами схватываясь врукопашную. Защитники форта неоднократно пытались поджечь этот мост, который атакующие обильно поливали водой, а затем стали делать защитную присыпку из грунта.
Разведчики регулярно докладывали обстановку де Валетту, находившемуся в своей резиденции в замке Святого Ангела в Биргу. Великий магистр видел, что турки связали себя, упершись лбом в форт Святого Эльма, который оказался для них твердым орешком, с одной стороны, и явно второстепенным объектом в системе обороны христиан – с другой. Де Валетт рассчитывал, что противник напрасно израсходует боезапас и понесет при захвате Святого Эльма такие потери, что остальная Мальта окажется ему уже не по зубам, что полностью подтвердилось в обозримом будущем. Правда, в создавшейся ситуации могла возникнуть необходимость пожертвовать фортом Святого Эльма вместе с защищавшим его гарнизоном, но на войне, как на войне… По этим причинам де Валетт даже запретил вылазки за пределы замков Святого Ангела и Святого Михаила, чтобы сберечь собственные силы, которые он намеревался использовать в решающий момент, который должен был наступить, несмотря ни на что.
Утром 2 июня рыцари, оборонявшие форт Святого Эльма, были разбужены залпами турецких батарей. В первый момент они решили, что турки ведут огонь по кораблям дона Гарсия Толедского, наконец-то явившегося с долгожданной помощью от берегов Сицилии. Действительность оказалась намного хуже – это был салют эскадре Улуч-Али и самого Драгута из 45 кораблей с 2500 воинов на борту, хотя указанные оценки значительно расходятся по разным источникам. К этому времени форту Святого Эльма были уже нанесены существенные разрушения, наряду со значительными потерями в гарнизоне. Особенно пострадали от артиллерийского огня турок выступы-бастионы. Несмотря ни на что, форт продолжал успешно обороняться, тем более что потери мусульман были значительно выше, чем у обороняющихся. Однако осаждающие регулярно получали пополнение с кораблей, тогда как защитники Святого Эльма такой возможности не имели, сохраняя, однако, ограниченную связь со штаб-квартирой в Биргу, где обосновался и де Валетт. Ознакомившись с ситуацией, Драгут, который фирманом султана становился командующим осадой Мальты, тут же созвал военный совет, на котором выступил с уничтожающей критикой своих предшественников, за то, что они в своих действиях пошли на поводу у де Валетта, в чем был абсолютно прав. (Таким образом, выяснилось, что взгляды командующего осадой острова Драгута и руководителя обороны Мальты де Валетта полностью совпадали – оба они считали, что бои за Сент-Эльм лишь истощают силы осадного корпуса, отвлекая его от главной цели.) Драгут, убедившись, что ему не удалось примирить своих соперничающих помощников, принял решение: продолжать начатое, поскольку отступление в глазах друзей и врагов будет истолковано как неудача. Такой вариант устраивал как Пиали-пашу, так и Мустафу-пашу, поскольку он снимал с них ответственность, тем более со ссылкой на такие высокие инстанции, выше которых на земле не бывает.
Солидный возраст около восьмидесяти лет и весь предшествующий военный опыт подсказывали Драгуту, что для начала правильным было бы овладеть соседним островом Гоцо, который практически превратился в перевалочную базу для поступления с соседней Сицилии продовольствия и боеприпасов (хотя и в незначительном количестве) и был великолепным наблюдательным пунктом за окружающей акваторией. Только затем он собирался нанести удар по укреплениям христиан на полуостровах Биргу и Сенгли в Гранд-Харборе, где были сосредоточены основные силы ордена. Именно это и пытались сделать поначалу оба паши в своем первом неудачном приступе, от которого по первым результатам отказались. Таким образом, Драгуту предстояло расхлебывать кашу, которую заварили другие, причем, как оказалось в ближайшие дни, без какой-либо поддержки Аллаха, полагаясь больше на собственную артиллерию, тем более, что он оценил число защитников форта Святого Эльма в 500 солдат, включая чуть больше полсотни рыцарей, не считая небольшого количества вооруженных местных жителей. С прибытием Драгута были созданы новые артиллерийские позиции на западном входном мысу в залив Мерсамексет, откуда начался уничтожающий артиллерийский огонь на поражение по западному участку форта в районе равелина, напоминавшего очертаниями неправильный треугольник. Поскольку он обрывался стеной к стенам самого форта Святого Эльма, в исторических описаниях фигурирует нередко как контр-эскарп.
Всего против обреченного форта действовали десять 80-фунтовых пушек и две кулеврины, стрелявшие 60-фунтовыми ядрами. Особую опасность для немногочисленного гарнизона представлял василиск, одним выстрелом посылавший 160 фунтов картечи. Одновременно мусульмане стали засыпать вырубленные в скале из мягких коренных пород рвы, мешавшие им подойти к стенам форта, под защитой которых в непростреливаемых участках они сами предполагали накапливать силы для последнего решительного броска.
Осажденные в Сент-Эльме уже по результатам первых атак и обстрела поняли, что продержаться долго им не удастся. Всё складывалось против защитников Сент-Эльма настолько безнадежно, что уже 5 июня шевалье Миранда, имевший репутацию безупречного воина, в замке Святого Ангела высказал мысль, что придется пожертвовать обреченным фортом. Однако уперся де Валетт, решивший продолжать оборону Святого Эльма до последней крайности, обрекая его гарнизон на гибель с целью нанести мусульманам наибольший ущерб, для чего он направил морем в обреченный форт комиссию из одиннадцати своих соратников, которая подтвердила оценки командующего, одновременно разрешив желающим покинуть форт, переправившись в Гранд-Харбор: этим предложением никто не воспользовался.
Свое решение де Валетт мотивировал следующим образом: «Я знаю, что форт не может держаться, но для спасения ордена необходимо, чтобы вы защищали форт до последней минуты, хотя бы вам пришлось погрести себя под его развалинами. От одного дня больше или меньше зависит спасение Мальты, и теперь представился случай, чтобы вы по данному вами обету должны считать жизнь ни во что, если пожертвование ею может быть полезно вере. Я доставлю вам подкрепление и снаряды и сам, будьте в том уверены, явлюсь, чтобы умереть среди вас» (Архенгольц. С. 264). Это было обычное военное решение, когда частным приходится жертвовать ради главного, но на войне, как на войне.
Положение форта Святого Эльма ухудшалось с каждым днем, особенно когда он оказался под продольным обстрелом батарей с мысов Тинье (западный берег бухты Мерсамексет) и Виселец (восточный входной в соседнюю бухту Мирса-Сироко, на современных картах Гранд-Харбор), начиная с 4 июня, охватывающих полуостров Шиберрас с обоих сторон. На следующий день траншеи турок вплотную подошли к стенам форта, окончательно отрезав его от сообщения с Гранд-Харбор, откуда морем еще могла поступать помощь.