Командующему войсками вермахта на Юго-Востоке были непосредственно подчинены: командующий войсками вермахта и наместник в Сербии и командующий войсками вермахта и уполномоченный генерал в Хорватии. В подчинении каждого из этих генералов находились органы оккупационной администрации на местах: областные, окружные и местные комендатуры.
Вопросами обеспечения порядка на оккупированных территориях занимались соответственно главные фюреры СС и полиции Сербии и Хорватии. В административном отношении они подчинялись рейхсфюреру СС Гиммлеру, а в оперативном — соответствующим генералам-наместникам в Сербии и Хорватии. Полицейская власть на местах осуществлялась посредством подчиненных им областных комендатур и полицейских участков.
Таким образом, в захваченных районах Югославии немцы установили режим военной оккупационной администрации.
В отличие от немецкой зоны оккупации Италия в своей зоне установила гражданскую администрацию. Так, всю свою часть Косово, а также населенную в основном албанцами западную Македонию Италия 12 августа 1941 г. формально передала Албании, которая с апреля 1939 г. находилась с ней в «личной унии». Все эти территории были объявлены «Великой Албанией» и управлялись сначала Высшим гражданским комитетом, а потом — итальянским Министерством освобожденных областей через органы на местах — префектуры, подпрефектуры и коммуны. Однако реальная власть здесь находилась в руках королевского наместника в Албании генерала Ф. Якомони.
В Черногории и Санджаке вся власть находилась в руках сформированного 28 апреля 1941 г. Высшего гражданского комиссариата во главе с итальянским полномочным министром С. Маццолини.
Сразу же после раздела Югославии и установления там оккупационного режима и немцы, и итальянцы стали привлекать местное население для службы в добровольческих формированиях. Причем итальянцы делали это на основе воинской повинности, а немцы — на добровольной основе.
В 1942–1943 гг. произошел коренной перелом в ходе Второй мировой войны. Одним из его последствий стало ослабление прогерманской коалиции и стремление Италии выйти из войны, которое особенно усилилось после высадки англо-американских войск на Сицилии (август — сентябрь 1943 г.).
Поэтому, не рассчитывая на стойкость своего итальянского союзника, немецкое верховное командование 30 августа 1943 г. разослало подчиненным военным инстанциям план под кодовым названием «Ось» («Achse»), Согласно этому плану предполагалось овладеть Италией (включая все оккупированные ею территории) и как можно скорее разоружить итальянские войска и входящие в их состав добровольческие формирования, кроме тех, которые согласятся продолжать войну на стороне Германии. Вечером 8 сентября ОКБ отдало приказ о немедленном выполнении операции «Ось».
Заняв итальянскую оккупационную зону в Югославии, а также Албанию, немецкое командование распространило на нее и систему своей оккупационной администрации.
Так, в Черногории была создана областная комендатура, которая подчинялась командующему войсками вермахта и уполномоченному генералу в Албании. I ноября
1943 г. она была переподчинена непосредственно командующему войсками вермахта на Юго-Востоке, а в мае 1944 г. реорганизована в штаб командующего войсками вермахта и уполномоченного генерала в Черногории. Для осуществления полицейской власти в столице Черногории — Цетинье была учреждена полицейская дирекция Черногории, подчиненная главному фюреру СС и полиции Сербии. В ее компетенцию входила также и полицейская служба в Санджаке.
8 сентября 1943 г. в связи с уходом итальянцев немецкие войска вступили в Албанию. Последний премьер-министр проитальянского правительства Албании бежал из страны, которая была передана под управление немецкой военной администрации в лице командующего войсками вермахта и уполномоченного генерала в Албании. Полицейская власть была сосредоточена в руках главного фюрера СС и полиции Албании СС-обергруппенфюрера И. Фитцхума.
Немецкие власти официально провозгласили, что выступают «за независимую и свободную Албанию» и пришли сюда как «освободители албанского народа от итальянского ига». Поэтому уже в октябре 1943 г. по немецкой инициативе было созвано Народное собрание, провозгласившее о разрыве унии Албании с Италией и ее государственной независимости.
10 октября было сформировано албанское правительство — так называемый Регентский совет, в который вошли албанские деятели, не сотрудничавшие с итальянцами или коммунистами, — М. Фрашери, Ф. Дипра, Л. Носи и А. Харапи. Новое правительство провозгласило нейтралитет Албании в войне.
В Германии было объявлено, что Албания является не оккупированной, а «дружественной страной». Поэтому германские войска в Албании считались не оккупационными, а союзными вооруженными силами. В действительности же албанское правительство полностью находилось под контролем якобы не существовавшей германской военной администрации.
24 сентября 1943 г. уполномоченный германского правительства при командующем на Юго-Востоке Г. Нойбахер заявил, что Германия признает «Великую Албанию». Таким образом, предполагалось, что после окончания войны Косово, Метохия и Западная Македония останутся в составе Албании. На этом основании представители албанского Регентского совета возглавили в этих регионах административный аппарат. Например, в Косово был сформирован Исполнительный комитет правительства Албании.
Наряду с тем, что до середины 1943 г. немцы осуществляли оккупационную политику на Балканах совместно с итальянцами, другим важным моментом в процессе создания и использования здесь мусульманских формирований была ситуация, сложившаяся вокруг мусульманского населения Боснии и Герцеговины, входивших в состав НГХ.
На протяжении всего периода оккупации Балкан отношения между правительством НГХ и представителями Германии и Италии неуклонно осложнялись из-за политики последних, направленной на вербовку граждан этого государства в свои вооруженные силы.
Естественно, что все проживавшие на территории НГХ мусульмане считались наравне с хорватами полноправными гражданами этого государства. Такому «мирному сосуществованию» представителей двух, казалось бы, враждебных религий способствовало то, что их объединяла общая ненависть к православным сербам, имеющая глубокие исторические корни.
Есть свидетельства, что еще задолго до войны находившаяся у власти в Хорватии в 1941–1945 гг. организация усташей установила прочные связи с лидерами боснийских мусульман-сепаратистов. После провозглашения НГХ 10 апреля 1941 г. в Загребе было сформировано временное правительство независимой Хорватии — Хорватское государственное руководство, в состав которого вошел один представитель от боснийских мусульман — И. Муфтич.
16 апреля 1941 г. после прибытия в Загреб руководителя организации усташей А. Павелича было сформировано первое Хорватское государственное правительство. Его председателем стал сам Павелич, а заместителем последнего — боснийский мусульманин О. Куленович. В дальнейшем на пост вице-президента правительства назначался исключительно мусульманин. Считалось, что на этом месте он представляет интересы всех мусульман НГХ.
