Участие авиации Черноморского флота в этих боях, если и нельзя назвать незначительным, то тяжело охарактеризовать как активное. Командующий флотом Октябрьский считал, что воевать над сушей дело ВВС Красной Армии, а его силы предназначены для действий над морем. Находившийся на Черном море заместитель наркома ВМФ адмирал Г. И. Левченко неоднократно требовал от Октябрьского выделения самолетов для действий на сухопутном фронте, но, пока в середине августа в этот вопрос не вмешался сам Н. Г. Кузнецов, дело почти не двигалось с мертвой точки. Тем временем авиационные части, дислоцировавшиеся в Южной Украине, поневоле оказались втянуты в бои, развернувшиеся близ их аэродромов. Еще с 7 августа в районе Очакова 9-й иап вел активные действия против авиации и войск противника. Сразу же выяснилось, что сухопутное командование, в оперативное подчинение которого перешел полк, заинтересовано не столько в прикрытии своих войск от ударов люфтваффе, сколько в нанесении ударов по передовым частям противника, которые своим продвижением постоянно угрожали отрезать советские войска от их тылов. Эти бои, которые находились за рамками настоящей работы, носили весьма ожесточенный характер. Достаточно сказать, что общая численность истребителей в трех полках 62-й иабр с 10 по 31 августа сократилась с 222/176 до 159/118 боевых машин. 15 августа обескровленные эскадрильи 9-го иап перебазировались на аэродромы Скадовск, Красная Знаменка и Евпатория. В тот же день перехватчикам 3-й эскадрильи 32-го иап и 9-му иап впервые пришлось отражать налеты немецких дневных бомбардировщиков на объекты Крыма — самолеты люфтваффе пытались атаковать суда в порту Ак-Мечеть и транспорт «Чехов» у мыса Тарханкут. В результате семи воздушных боев истребителям ЧФ удалось свалить в море один Ju-88, правда, при этом был потерян один Як-1. В первых числах сентября 9-й иап, потерявший к тому времени в боях 51 истребитель, был отведен для переформирования и переучивания на самолеты новых типов в находившееся в Ейске военно-морское авиационное училище (ВМАУ) имени Сталина. Вместо него на аэродромы Северной Таврии перебазировались 93,96 и 101-я оиаэ (последняя была сформирована из истребительной эскадрильи расформированного 3-го урап), 70-я обаэ (на СБ), частично 46-я ошаэ (на Ил-2) и 5-я эскадрилья 8-го иап. В конце августа — начале сентября эти самолеты бомбардировали немецкие переправы на Днепре и передовые отряды войск противника, пытаясь всячески замедлить их продвижение, но к 8—10 сентября потеряли большую часть техники и были отведены в тыл на доукомплектование. Весьма характерно то обстоятельство, что, хотя группа и действовала на сухопутном направлении, она практически не взаимодействовала с сухопутными командирами и вела собственную войну — сама находила противника, сама наносила по нему удары и т. д.
Для качественного решения данной задачи этих сил было, конечно же, мало, но одновременно ВВС ЧФ выполняли еще несколько задач. Во-первых, это уже упоминавшиеся удары по экономическим объектам в Румынии. Так, 10 и 13 августа два мощных авиаудара были нанесены по Черноводскому мосту через Дунай. В результате второго налета И-16 из «звена Вахмистрова» смогли разрушить одну из опор моста и разорвать находившийся под мостом нефтепровод Плоешти — Констанца. 14 и 18 августа самолеты 2-го мтап бомбили Плоешти, а 16 августа — Констанцу. Во-вторых, действия по поддержке сухопутных войск в районе Одессы. С 10 августа ежедневно туда вылетали главные силы 40-го бап, а в конце месяца непосредственно на одесских аэродромах была сформирована группа истребительной авиации, куда вошла 1-я эскадрилья 8-го иап и часть 46-й ошаэ. С 20-х чисел в ударах по войскам противника в районе Одессы приняли участие и ДБ-3 2-го мтап. Бомбардировщики летали туда практически без какого-либо прикрытия, и потому не случайно их потери в августе 41–го стали наиболее тяжелыми по сравнению с любым другим месяцем войны на Черном море — 14 ДБ-3 и 28 СБ и Пе-2. С 31 августа эти же полки и звенья СПБ бомбили переправы на Днепре. В ночное время их сменяли МБР-2 119-го мрап, который с середины августа базировался на крымском озере Донузлав.
В-третьих, в конце месяца обострилась обстановка и в прибрежных водах Крыма. С 20-х чисел августа германское командование перебросило на театр торпедоносную эскадрилью 1/KG 28, «хейнкели» которой приступили к «свободной охоте» у берегов полуострова. В связи с тем, что раньше в дневное время здесь появлялись только разведчики, советская ПВО оказалась неготовой к отражению новой опасности. Первый успех торпедоносцев не заставил себя долго ждать. Уже 29 августа на выходе из Керченского пролива атакой двух торпедоносцев был потоплен транспорт «Каменец-Подольск» (5117 брт; погибло 9 человек команды). Один из «хейнкелей» зацепился за мачту тонущего корабля и рухнул в воду, другой был сбит огнем сторожевого катера. Это остудило пыл нападавших, и в течение пары недель налетов на суда в море не было.
Впрочем, не исключено, что эскадрилья переключила свое основное внимание на минные постановки. Поздним вечером 30 августа после длительного перерыва вражеские воздушные миноносцы были замечены над Севастополем. По наблюдениям ВНОС, восемь мин упали на городские кварталы и сработали как бомбы, четыре — на внешнем рейде. На следующую ночь небольшие группы самолетов снова минировали подходы к Севастополю и Евпатории. Если верить советским документам, эти налеты дорого обошлись люфтваффе. В ночи на 30 и 31 августа последовательно двух побед добился командир 3-й эскадрильи 8-го иап капитан К. Д. Денисов и в ночь на 31 августа — капитан Бухтияров. По мемуарам Денисова, утром 31 августа советские солдаты нашли у береговой черты искореженную плоскость и часть хвостового оперения Ju-88, которые были выставлены для всеобщего обозрения на аэродроме Кача. Точно подтвердить эти потери из-за отсутствия немецких документов нельзя, но остается фактом, что на неделю немцы прекратили дальнейшие попытки минирования. Не было потерь и на самих минах.
Полки морской авиации с конца месяца уже были в Крыму не одиноки. Еще 14 августа директивой Верховного главнокомандующего И. В. Сталина объявлялось о формировании на полуострове 51-й отдельной армии на правах фронта. В нее целиком входили войска 9-го ск, кроме того, перебрасывалось две стрелковые (271 и 276-я) и три кавалерийские (40, 42 и 48-я) дивизии, сформированные из резервистов на Северном Кавказе. Кроме того, из местных ресурсов приказывалось сформировать еще четыре дивизии народного ополчения, которые вскоре получили номера 172, 184, 320 и 321. Всем этим наспех вооруженным соединениям не хватало не только вооружения (в первую очередь артиллерии), но в первую очередь опытных командных кадров. Но больше всего не повезло с командующим самой армии. Им был назначен генерал-полковник Ф. И. Кузнецов — тот самый, который командовал войсками Северо-Западного фронта в крайне неудачно завершившихся приграничных сражениях в Прибалтике. Характера современных операций он не понимал и, кроме того, отличался крайним высокомерием в отношениях с окружающими. Не нашел он общего языка и с адмиралом Октябрьским, который, согласно директиве, был подчинен Ф. И. Кузнецову в вопросах обороны Крыма. Октябрьский не испытывал ни малейшего желания передавать в подчинение хоть малую толику своих сил, будь то береговые орудия, морская пехота или эскадрильи ВВС ЧФ. В дополнение к этому оба военачальника не до конца отдавали себе отчет в том, что главная угроза Крыму исходит с суши — со стороны Перекопа. Это может прозвучать дико, но, в то время как немцы стремительно двигались на юг от Днепра, советское командование больше опасалось морского или воздушного десанта на полуостров. В этом немалую роль сыграла немецкая разведка, которая очень успешно поставляла дезинформацию о проходе итальянского флота через Босфор и сосредоточении большого числа транспортных судов и самолетов в портах Болгарии. Вскоре все вышеперечисленные недостатки оказали решающее значение в том, с какой легкостью немцам удалось овладеть Перекопом.