годов КНРП переживала кризис. Сиеу Хенг передал полиции документы, свидетельствовавшие о тесном сотрудничестве между КНРП и вьетнамцами. Это послужило основанием для массовых арестов среди кхмерских коммунистов, которые рассматривались как агенты Вьетнама.
К 1960 году в партии оставалось всего двести пятьдесят человек. Деятельность КНРП оказалась парализованной. Возрождение КНРП началось с приходом к руководству партией радикальной группы Пол Пота. Сам Пол Пот (вместе со своим братом Салот Чхаем) вступил в КНРП сразу после возвращения из Франции, в 1953 году.
28—30 сентября 1960 года в товарном вагоне на железнодорожной станции Пномпеня проходил второй съезд КНРП, который сформулировал главную задачу — организационное и политическое укрепление партийных комитетов с целью повышения эффективности революционной работы». Высшим партийным органом стал центральный комитет. Генеральным секретарем ЦК КНРП избрали Ту Самута, а его заместителем — Нуон Чеа. Пол Пот и Йенг Сари вошли в состав ЦК партии. Пол Пот также возглавил комиссию ЦК КНРП, занимавшуюся проверкой и отбором кадров для парторганизаций всех уровней — от центрального аппарата до первичных ячеек. Кроме того, Пол Пот стал личным секретарем Ту Самута. К этому времени Пол Пот возглавлял партийную организацию Пномпеня. Делегаты съезда переименовали КНРП в Партию трудящихся Камбоджи по аналогии с Партией трудящихся Вьетнама.
В последующие годы продолжилось организационное укрепление партии. В 1961 году создается Организация кампучийских женщин во главе с Кхиеу Поннари (женой Пол Пота), а в 1962 году — Альянс молодежи Демократической Кампучии, что-то типа комсомола.
20 июля 1962 года бесследно исчез генсек Ту Самут. Позже появилась версия, что Ту Самута ликвидировали по инициативе Пол Пота, который стал исполнять его обязанности. 20–21 февраля 1963 года на очередном съезде Пол Пот избирается генеральным секретарем партии, которая в сентябре 1966 года опять переименовывается, на этот раз — в Коммунистическую партию Кампучии.
Коммунистической партии Кампучии (ПКК — аббревиатура с кхмерского языка, «Пак Комуёних Кампучие») были присущи коллективный способ принятия решений, конспиративный характер подбора и расстановки кадров, а также максимальная анонимность: рядовой член партии имел право знать не более десяти партийцев. ПКК создавалась как кадровая партия профессиональных революционеров. Организационная структура имела три уровня: центральный комитет, партийные ячейки профессиональных революционеров, относительно массовое движение. Существование ПКК было засекречено. Использовалось кодовое наименование партии — «Онгка» («Организация»). Законспирированные первичные ячейки ПКК насчитывали не более десяти членов, которые активно работали среди сочувствующих.
В начале 1960-х годов ЦК ПКК приступил к комплектованию военизированных формирований, которые обеспечивали безопасность руководящих партийных кадров, охраняли тайные базы и склады оружия в труднодоступных районах Камбоджи. ПКК издавала и нелегально распространяла газеты «Голос работников физического труда», «Красное знамя» и «Красный свет», журнал «Молодые прогрессисты», брошюры «Очерки о революции».
Представление о деятельности ПКК можно составить на основе учебных инструкций для партийных кадров: «Теоретические дискуссии и самокритика не должны затрагивать массы, ибо классовые враги тотчас воспользуются этим для порождения разногласий. <…> Поэтому кадровые работники должны осуществлять тщательное наблюдение и следить за тем, чтобы не было ни одного сомнения, даже самого маленького, в решениях организации, так как это будет играть на руку контрреволюционерам. Устранение контрреволюционеров и тех, кто является их объективными союзниками, должно быть немедленным. Руководители, которые представляют народ, должны действовать не только от своего имени, но и от имени организации для того, чтобы избежать обвинений и узурпации власти, которые могут быть использованы классовыми врагами и замаскированными контрреволюционерами. Организация представляет народ, Центральный Комитет представляет организацию. <…> Все решения ЦК не подлежат обсуждению. Мобилизация должна быть постоянной, именно мобилизация против классовых врагов оправдывает строгость в организации и системе принятия решений. Классовыми врагами не являются исключительно капиталисты. Ими могут быть также и те, кто попал под влияние буржуазной пропаганды, независимо от их социального происхождения. … Главное — действие. Поддержка масс необязательна на первом этапе революции, деятельное меньшинство может играть эффективную роль и убедить народ».
Сам Пол Пот выступал в роли теоретика революционного экстремизма. В его статьях 1950—60-х годов заметны следы серьезного чтения, довольно много ссылок на различные источники, можно проследить увлеченность классиками анархизма. Например, Пол Пот написал эссе, в котором человеческая тяга к оседлости и постоянству подвергалась резкому осуждению: «Все мы начинали свою историю с кочевой жизни, со случайных и непрочных связей. Нельзя создать по-настоящему ничего нового с людьми, у которых первая заповедь — вырыть себе нору и которые большую часть энергии тратят на то, чтобы устроиться лучше и удобнее. Человек — это часть природы, он не должен идти против ее законов. У природы же нет такого закона, из которого следовало бы, что должно быть лучше».
Пол Пот четко представлял себе идеал кхмерского общества. Будущую Камбоджу он видел крестьянской страной, в которой искоренялось всякое иностранное влияние. Для этого необходимо ликвидировать города с их буржуазно-иностранными веяниями: «Освобождение кхмерского народа — это не только борьба патриотических сил против западных стран и их приспешников, это также борьба сельских масс против чужеродного явления — городов, которые символизируют угнетение, ростовщичество и коррупцию. <…> Наличие городов порождает неравенство».
В 1963 году Пол Пот и Йенг Сари ушли в джунгли жить среди племен, совершенно не адаптированных к современным условиям жизни. Позже Пол Пот говорил, что движение «красных кхмеров» «вышло из джунглей отдаленных регионов Камбоджи». Пол Пот подчеркивал, что выходцы из «лесных племен» становились его самыми преданными сторонниками.
В 1965 году Пол Пот впервые посетил Ханой, где встречался с генеральным секретарем ЦК ПТВ Ле Зуаном. Пол Пот договорился с руководителями ДРВ о направлении в школу партизанской войны под Ханоем боевиков из Камбоджи. В 1966 году спецслужбы ДРВ создали подразделение Р-36, в котором проходили военную подготовку бойцы вооруженных формирований ПКК, в основном кхмае-кром из Южного Вьетнама.
Однако в целом вьетнамцы довольно сдержанно восприняли революционный энтузиазм Пол Пота, поскольку для руководства ДРВ, ведшего изнуряющую войну с Южным Вьетнамом и США, благожелательный нейтралитет королевской Камбоджи имел важное стратегическое значение. Ханой опасался, что его открытая и активная поддержка радикальной ПКК могла подтолкнуть королевское правительство Камбоджи к союзу с США, что существенно затруднило бы для северовьетнамцев ведение боевых действий в Южном Вьетнаме.
Ле Зуан беспощадно раскритиковал революционную наивность Пол Пота и подарил ему книгу Ленина «Детская болезнь левизны в коммунизме». Глубоко оскорбленный Пол Пот затаил обиду на своего вьетнамского коллегу. Вьетнамский отчет о беседе Ле Зуана с Пол Потом заканчивался многозначительной фразой: «Пол Пот покинул встречу, не проронив ни слова». Но в тесном кругу соратников Пол Пот все же проговорился: «Мы должны полностью
