был назначен директором Института геологических наук и заместителем председателя президиума Казахского филиала Академии наук СССР (КазФАН СССР). В 1942 г. Сатпаев был назначен председателем президиума казахского филиала Академии наук СССР.
Вначале войны СССР фактически остался без марганца, так как в августе 1941 г., немецкая армия захватила Никополь, основное месторождение марганца в Советском Союзе, а в конце ноября перерезала железнодорожный путь к Чиатурскому месторождению, второму по значимости после Никополя.
Сатпаев заметил марганцевые проявления в Джезды, в Джезказганской области, ещё в 1928 г. Вспомнив об этом, он организовал геологоразведочный отряд в целях изучения местности на наличие марганца. Затем несмотря на отрицательное заключение комиссии наркомата черной металлургии СССР, Сатпаев добился рассмотрения вопроса об открытии рудника в Джезды в ЦК КП (б) Казахстана. Руководство Казахстана признало правоту Сатпаева и сообщило о своём решении ГКО, который поручил построить в Джезды рудник и начать выдавать руду уральским заводам. К 1943 г. рудник выдавал 70,9 % марганцевых руд страны.
«Они нашли какое-то Джезды», — говорят, в раздражении бросил Гитлер в 1942 году, когда уральский танкоград, лишенный никопольского и практически отрезанный от чиатурского марганца, вопреки ожиданиям стал увеличивать производство броневой стали. «…Первый марганец поступил в Магнитогорск уже 12 июня 1942 года. Врагов поливал казахстанский свинец, броня „тридцатьчетверок“ была легирована казахстанскими металлами, которые разведывались в спешном порядке и необычайно скоро шли в дело», — писали в своей статье «Академик» спецкор журнала «Знание — сила» Александр Гангнус и доктор геолого-минералогических наук Наталья Фогельман. И кто знает, насколько затянулся бы исход Великой Отечественной, не будь принято то судьбоносное решение, реализовал которое Каныш Сатпаев.
В 1942 г. Сатпаеву присудили Сталинскую премию за монографию «Рудные месторождения Джезказганского района», обобщавшую результаты исследований, полученные им за 15 лет изучения региона. Помимо этого, к тому моменту Канышем Сатпаевым было опубликовано более сорока научных трудов. По совокупности работ 17 августа 1942 г. Высшая аттестационная комиссия присвоила Сатпаеву степень доктора геолого-минералогических наук.
Летом 1943 г. Каныш Имантаевич был избран членом-корреспондентом Академии наук СССР и утверждён в должности председателя Президиума КазФАН СССР.
В том же году Сатпаев, по совету первого секретаря Фрунзенского райкома партии, подал заявление о вступлении в ряды Коммунистической партии. Он хотел сделать это, ещё будучи в Джезказгане, однако тогда, узнав о том, что он потомок бия, ему отказали. Но на этот раз, в 1944 г., ему был выдан билет члена ВКП (б). В том же году Президиум Верховного Совета КазССР присвоил Сатпаеву звание «Заслуженный деятель науки Казахской ССР».
В 1945 г., учитывая быстрые темпы развития КазФАН СССР, его руководитель Сатпаев был награждён вторым орденом Ленина. Также он был удостоен ордена Отечественной войны 2-й степени за мобилизацию ресурсов в годы войны (за марганец Джезды) и был приглашен руководством страны участвовать в знаменитом, легендарном параде Победы в июне 1945 г.
В 1944 г. Сатпаев стал задумываться над созданием в Казахстане Академии наук. С августа 1944 г. были начаты подготовительные мероприятия. Активно велась переписка с отделом науки ЦК КПСС.
1 июня 1946 г. состоялась официальная церемония открытия Академии наук КазССР. Два дня спустя, 3 июня, на первом общем собрании Академии, состоявшемся в зале заседаний Президиума Верховного Совета КазССР, Каныш Сатпаев был избран её академиком и президентом. В том же году Сатпаев был избран академиком Академии наук СССР и депутатом Верховного Совета СССР 2 созыва. В 1947 г. он был избран членом Президиума комитета по Ленинским и Государственным премиям при Совете министров СССР и оставался им до конца жизни.
Каныш Сатпаев стоит у истоков становления нефтяной геологии и геофизики, создания нефтегазовой отрасли в Казахстане. В конце июня 1946 г., спустя месяц после учреждения в Казахстане национальной Академии наук, К. И. Сатпаев создал в Гурьеве Урало-Эмбенскую научно-исследовательскую лабораторию, ставшую первым региональным центром академии. В 1960 г. на базе этой лаборатории был создан институт геологии и геофизики с филиалом в городе Актюбинске, а несколько раньше — институт химии и природных солей. Спустя годы эти учреждения стали крупными научными центрами, внесшими большой вклад в изучение и освоение нефтяных богатств Казахстана, создании в нем мощного нефтегазового комплекса.
В марте 1947 г. Каныш Сатпаев в качестве депутата Верховного Совета СССР встретился в Лондоне с Уинстоном Черчиллем, который в то время возглавлял оппозицию и принимал гостей дома. Черчилль поинтересовался национальностью Сатпаева. Когда ему сказали, что он казах, то удивился, что бывают такие «казаки». Пришлось объяснять, что казахи и казаки — вовсе не близнецы-братья. И тут выяснилось, что Черчилль вообще-то никогда не слышал о таком народе. Чтобы как-то сгладить неловкость, он спросил Сатпаева, который отличался монументальной фигурой:
— А все казахи такие богатыри?
— Нет, — нашёлся Каныш Имантаевич. — Я — самый маленький!..
В 1949 г. Каныш Имантаевич был избран членом ЦК КП Казахстана. В 1950 г. он был утверждён в учёном звании профессора по специальности «геология» и избран депутатом Верховного Совета СССР 3 созыва. В 1951 г. Сатпаев, по поручению Президиума АН СССР, принял участие в организационной сессии Академии наук Таджикской ССР. На данной сессии Каныш Имантаевич был избран почётным членом таджикской академии.
В 1951 г. Сатпаев из-за предисловия к народному эпосу «Ер Едиге» и по обвинению в «националистических» ошибках и «популяризации ханско-феодального строя и восхвалении Ер Едиге», а также в «засорении кадров Академии наук КазССР не внушающими политического доверия и случайными в науке людьми» и «непринятии должных мер к очищению Академии наук от этих людей» (в 1951 г. Каныш Сатпаев отказался уволить писателя Мухтара Ауэзова, композитора Ахмета Жубанова, ученых Хажима Джумалиева и Есмагамбета Исмаилова, обвиненных в национализме), сокрытии социального происхождения при вступлении в партию ВКП (б) и из-за ряда других «прегрешений» был снят с должности президента академии.
В сентябре 1949 г. Инструктор Отдела пропаганды и агитации ЦК КП (б) Казахской ССР Я. Гончарок в письме Г. М. Маленкову насчитал в Академии наук Казахской ССР «свыше ста бывших баев, алаш-ординцев, их родственников, белогвардейцев и судимых ранее за контрреволюционные преступления, что составляет 13 процентов к общему составу сотрудников Академии», а также обвинил его в кумовстве и устройстве в Академию родственников — среди работающих в Академии насчитывалось «4 зятя, дети, племянники, одноаульцы и другие сородичи Сатпаева».
Хотели снять Сатпаева и с должности директора Института геологических наук, но за него заступилось руководство АН СССР.
В это время президентом Академии наук был Динмухаммед Кунаев.
В 1952 г. Сатпаев с группой геологов занялся составлением металлогенических прогнозных карт полезных ископаемых Центрального Казахстана. Геологи под его руководством разработали отличный от существовавших прежде «Комплексный метод формационного металлогенического анализа и прогноза месторождений», который впоследствии служил основой для
