В тот же день русский гарнизон из Петро-Александровска был усилен прибывшим отрядом Красной армии численностью от 60 до 100 человек под началом Н.А. Шайдакова, большевика и бывшего моряка, а ныне военного комиссара Чарджоу. Шайдаков через Петроалександровский Совет потребовал освобождения всех русских арестованных во время налета на Ургенч. Джунаид согласился, но отказался вернуть конфискованные деньги и собственность и посоветовал Шайдакову не вмешиваться в дела Хивы. Предчувствуя, что Исфандияр может обратиться к Шайдакову за помощью, Джунаид 30 сентября послал своего старшего сына в столицу убить хана. Брат Исфандияра Абдулла, унаследовавший трон, хорошо подошел на роль марионетки в руках Джунаида.
В отношении Советского Туркестана Джунаид-хан проводил откровенно агрессивную политику. Он считал коммунистов врагами не потому, что они были марксистами или революционерами, а потому, что они, подобно царским войскам в 1916 году, стояли на пути его амбиций. Несмотря на то что он не был инструментом в чьих-либо руках и в августе 1918 года отказался откликнуться на мольбу Ашхабада задержать наступление Советов на Закаспийскую область, атаковав красных в Петро-Александровске, через три месяца он почувствовал себя достаточно сильным, чтобы напасть на Россию, преследуя собственные цели. До тех пор пока Амударьинский отдел оставался в руках русских, Хива не была гарантирована от вторжения, поскольку их плацдарм, Петро-Александровск, находился внутри состоящего из пустынь периметра, являвшегося для Хивы природным оборонительным рубежом. Имевший для защиты только маленький гарнизон и изолированный от России зимой, когда прекращалась навигация на Амударье, Петро-Александровск казался легкой добычей. 25 ноября войска Джунаида перешли реку в шести местах и начали занимать правый берег. Несмотря на то что сезон близился к концу, пароходу с подкреплениями из Чарджоу удалось добраться до Петро-Александровска и помочь гарнизону отбить 11-дневную осаду. Туркмены Джунаида в беспорядке отступили на левый берег. Последовавшее за этим затишье кончилось в марте следующего года. 28-го русские войска из Чарджоу снова разбили людей Джунаида, на сей раз на хивинской стороне реки возле Питняка. Петроалександровский Совет призвал к аннексии Хивы, но Ташкент уже решил заключить с Джунаидом мир, чтобы высвободить как можно больше войск для наступления на Закаспийском фронте. Потерпев поражение еще в нескольких мелких стычках, Джунаид принял русскую мирную миссию и 9 апреля 1919 года подписал с ней Тахтинский договор о мире. Договор предусматривал немедленное прекращение военных действий, подтверждение независимости Хивы со стороны России, установление нормальных дипломатических отношений, взаимные гарантии свободного движения торговли и амнистию для всех туркменских граждан России, осужденных за антисоветскую деятельность.
После прекращения военных действий русско-хивинские отношения оставались далекими от сердечных. В конце мая Чарджоу попросил Джунаида поставить 700 всадников для наступления на Ашхабад, но, поскольку Джунаид выдвинул неприемлемые условия их оплаты и настаивал, чтобы его людей не использовали в действиях против единоверцев-мусульман, сделка не состоялась. В июле отношения Джунаида с Ташкентом обострились и едва не дошли до разрыва, когда он отказался принять постоянного дипломатического представителя России, которого Туркестан назначил в соответствии с мирным договором. Разгневанный этим отказом, так нарочито контрастировавшим с сердечным приемом, который сразу после этого Джунаид оказал бухарскому посольству, Ташкент потребовал, чтобы его посол был принят, чтобы Джунаид восстановил телеграфную линию, соединяющую Чарджоу с Петро-Александровском, которую он повредил в ноябре предыдущего года, чтобы Хива выдала беглых русских преступников и продала Ташкенту зерно. Джунаид согласился только на то, чтобы позволить русским самим восстановить телеграфную линию, но даже после этого не дал никаких гарантий ее сохранности в будущем. Все остальные требования он отверг.
Летом русско-хавинские отношения дополнительно осложнились из-за мятежа уральских казаков, стоявших в Амударьинском отделе возле Чимбая. К середине августа казаки при содействии местного каракалпакского населения уже контролировали всю дельту Амударьи от Аральского моря до Нукуса. Шайдаков, который 19 августа вернулся в Петро-Александровск в качестве командующего вновь сформированной Хивинской группы войск Закаспийского фронта, попытался подавить восстание, но вскоре обнаружил, что ему придется бороться не только с казаками и каракалпаками. Его пароход, который возил русские войска вверх и вниз по Амударье, был обстрелян с левого берега Джунаидом. После повторного взятия Нукуса Шайдакову пришлось в начале сентября отступить в Петро-Александровск, чтобы защитить свою штаб-квартиру от возможного нападения хивинцев. В конце августа Джунаид-хан снова разорвал телеграфную линию до Чарджоу и начал обсуждать с чимбайскими командирами совместное нападение на Петро-Александровск. К середине сентября Ташкент ожидал, что Хива в любой момент может начать военные действия.
В то время как Джунаид-хан угнетал своих соплеменников в Хиве и планировал распространить свою власть на правый берег Амударьи, младохивинские эмигранты в Туркестане мечтали о его свержении. В конце 1918 года Мулла Джуманияз Султанмурадов создал Петроалександровский комитет младохивинцев. Несмотря на то что первоначально в его состав вошли всего 10–15 человек, комитет быстро расширялся за счет растущего потока хивинцев, бежавших от налогов и трудовых повинностей Джунаид-хана. К концу 1919 года младохивинцы могли похвастаться партийной милицией численностью 500 человек и подпольной ячейкой в столице ханства. Как и у их бухарских коллег, к началу 1919 года в движении возникла коммунистическая фракция, которой руководили русские из парторганизации Петро-Александровска.
Свержение Джунаид-хана
Осенью 1919 года военная ситуация сдвинулась однозначно в пользу коммунистов. В середине сентября снова заработала железная дорога Оренбург – Ташкент, и в течение следующих четырех недель войска Советов из европейской части России разгромили армию Дутова на северной окраине казахской степи под Кустанаем, в то время как силы Ташкента взяли Кизыл-Арват, расположенный на полпути между Ашхабадом и Каспийским морем. К 22 октября Красная армия отбила вторую попытку Юденича осадить Петроград и начала свой финальный поход на Деникина с повторного взятия Орла, находящегося в 200 милях южнее Москвы. Впервые у Советской России появилась возможность консолидировать свои позиции в Центральной Азии и вернуть себе контроль над Бухарой и Хивой. В начале октября Москва создала комиссию по делам Туркестана, подчиненную Всероссийскому центральному исполнительному комитету, съезду Советов и Совету народных комиссаров, которая фактически стала новым правительством Туркестана. «Известия» опубликовали обращение Комиссариата иностранных дел к рабочим и крестьянам Бухары и Хивы, призывая их свергнуть своих правителей и объединиться с рабочими и крестьянами Туркестана и России во имя свободы, равенства и братства. IV съезд КПТ объявил о своей поддержке младобухарцев и младохивинцев в общей борьбе за уничтожение власти британского империализма над ханствами.
Причиной того, что Ташкент и Москва решили устроить судьбу Хивы, прежде чем заняться более важной проблемой Бухары, была откровенно агрессивная политика Джунаид-хана, его повторяющиеся нападения на русскую территорию и войска, его нескрываемая поддержка казачьего мятежа в дельте Амударьи, а также менее
